genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  319  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97621136--97621209	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
97621193--97621268	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
97621136--97621268	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
97629013--97629086	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
97629070--97629145	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
97629013--97629145	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
97634488--97634546	29	2.0	30	86	3	84	30	25	6	37	1.82
97643180--97643364	40	4.7	39	83	7	198	24	23	28	23	2.00
97643177--97643387	79	2.7	80	77	10	245	25	23	26	24	2.00
97650072--97650199	43	3.0	43	80	11	145	23	18	26	31	1.98
97651435--97651489	17	3.2	17	100	0	110	29	5	29	36	1.80
97654201--97654404	53	3.8	54	78	1	194	22	22	18	37	1.94
97664292--97664495	53	3.8	53	75	7	187	19	23	19	38	1.94
97667746--97667779	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
97669445--97669760	48	6.6	46	85	6	285	28	29	15	27	1.96
97669481--97669768	48	6.0	48	91	0	387	28	29	15	26	1.96
97671444--97671583	57	2.4	58	82	4	178	29	14	22	33	1.94
97673006--97673058	21	2.5	21	100	0	106	13	28	39	18	1.88
97673295--97673525	38	6.1	38	81	0	282	32	28	23	16	1.96
97673343--97673559	114	1.9	114	81	0	263	33	28	22	16	1.95
97673404--97673552	76	2.0	76	83	0	190	34	27	22	16	1.95
97682663--97682706	22	2.0	22	86	4	61	29	20	6	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97685912--97686083	46	3.7	45	79	11	179	28	19	29	23	1.98
97698209--97698435	50	4.6	49	81	6	251	29	26	18	25	1.98
97698209--97698435	101	2.3	99	85	4	287	29	26	18	25	1.98
97708943--97709064	46	2.7	46	88	0	127	31	26	19	22	1.98
97709490--97709550	30	2.0	30	83	3	77	36	24	4	34	1.77
97713112--97713289	40	4.5	40	88	3	227	23	24	28	24	1.99
97718705--97718834	29	4.6	28	82	3	129	24	33	17	24	1.97
97725607--97725786	40	4.6	40	87	2	226	23	31	21	23	1.99
97725637--97725792	38	4.1	38	88	5	233	24	31	20	23	1.98
97733578--97733682	38	2.8	34	91	7	120	20	28	23	26	1.99
97733538--97733698	39	4.1	39	90	2	243	24	29	20	25	1.99
97733538--97733687	77	1.9	79	91	2	250	24	29	21	25	1.99
97735937--97736010	36	2.1	36	100	0	148	18	6	24	50	1.71
97737988--97738156	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
97739843--97739912	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
97747740--97747809	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
97757171--97757208	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
97757438--97757609	93	1.8	93	90	2	274	29	26	20	23	1.99
97757433--97757605	46	3.7	46	77	11	183	30	26	20	23	1.99
97757483--97757624	46	3.1	45	74	16	130	29	27	19	23	1.98
97760083--97760117	17	2.0	17	88	5	52	11	25	42	20	1.85
97770016--97770121	20	5.0	23	80	14	111	15	22	25	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97770028--97770108	21	3.8	21	86	6	110	13	24	27	34	1.93
97770028--97770108	41	1.9	43	85	7	112	13	24	27	34	1.93
97771203--97771351	53	3.1	46	72	15	140	25	16	28	30	1.96
97771359--97771392	15	2.3	15	100	0	68	23	5	29	41	1.78
97771359--97771392	8	4.5	8	89	10	54	23	5	29	41	1.78
97779651--97779809	43	3.7	43	83	7	198	32	26	18	23	1.97
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97800948--97801120	54	3.2	54	87	0	265	39	19	8	32	1.82
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97822420--97822552	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
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97840720--97841004	78	3.6	79	89	3	398	23	20	29	27	1.98
97840716--97841004	118	2.4	118	88	5	422	23	20	28	27	1.99
97848992--97849239	40	6.2	40	91	1	374	22	21	29	26	1.99
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97918849--97918889	20	2.0	20	95	0	73	24	21	14	39	1.91
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97939984--97940084	29	3.5	29	95	1	186	28	14	29	26	1.95
97939984--97940144	29	5.6	29	84	3	107	26	16	32	25	1.96
97939980--97940105	58	2.2	59	85	5	179	28	15	30	25	1.95
97947910--97948011	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
97947910--97948071	29	5.6	29	84	2	107	26	16	32	25	1.96
97947906--97948032	58	2.2	59	85	4	179	29	14	30	25	1.95
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97955375--97955545	93	1.8	93	89	2	272	29	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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