genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.667.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  667  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209739532--209739644	27	4.2	27	84	5	124	20	23	21	34	1.97
209747220--209747278	26	2.2	26	85	8	75	37	28	8	25	1.85
209747391--209747494	27	3.8	27	87	2	129	22	25	19	33	1.97
209747385--209747499	55	2.1	54	85	7	162	20	24	20	34	1.96
209751185--209751249	34	1.9	34	100	0	130	24	33	15	26	1.95
209755037--209755491	250	1.8	250	80	2	556	32	21	10	35	1.88
209756429--209756460	16	2.0	16	93	0	55	25	46	0	28	1.53
209761540--209761684	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
209766750--209766806	22	2.8	21	76	10	64	75	1	17	5	1.07
209766759--209766805	19	2.4	20	78	3	51	76	2	17	4	1.04
209767966--209768030	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
209775860--209775924	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
209782526--209782587	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
209782975--209783037	29	2.2	29	94	0	108	31	15	28	23	1.96
209793307--209793470	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
209793307--209793504	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
209802028--209802187	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
209802028--209802187	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
209805221--209805428	55	3.8	53	80	7	240	36	16	25	22	1.94
209805228--209805428	108	1.8	110	89	4	318	35	16	25	22	1.95
209807087--209807156	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
209807087--209807168	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209812847--209813018	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
209812871--209813054	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
209819083--209819185	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
209827294--209827477	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
209827334--209827522	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
209835397--209835580	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
209835437--209835625	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
209838529--209838557	6	5.0	6	91	8	51	68	13	0	17	1.20
209843946--209844053	40	2.7	41	83	1	137	26	27	21	24	1.99
209844757--209844784	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
209850472--209850601	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
209850488--209850637	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	25	1.99
209852939--209852998	27	2.2	27	96	0	111	31	21	25	21	1.98
209856902--209857033	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
209856902--209857033	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
209858331--209858366	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
209864590--209864721	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
209864590--209864721	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
209866019--209866054	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
209872012--209872047	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
209878276--209878407	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
209878276--209878407	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209879705--209879740	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
209888679--209888808	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
209888695--209888846	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
209888695--209888844	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
209896666--209896795	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
209896682--209896833	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
209896682--209896831	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
209904658--209904824	40	4.2	40	79	2	167	22	26	23	26	2.00
209904674--209904822	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
209912649--209912816	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
209912665--209912814	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
209915245--209915310	6	10.8	6	76	15	64	18	18	16	46	1.84
209915233--209915301	31	2.2	31	92	0	111	17	18	15	47	1.82
209917129--209917663	27	19.7	27	84	3	598	39	20	8	32	1.82
209917651--209917865	27	8.0	27	85	1	281	32	20	22	24	1.98
209917653--209917866	80	2.7	80	85	1	250	33	20	21	24	1.97
209918291--209918355	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
209918506--209918560	25	2.2	25	83	6	67	16	21	21	40	1.91
209918681--209918800	6	19.3	6	71	21	61	18	14	15	51	1.76
209918689--209918791	31	3.3	31	93	0	161	17	14	15	52	1.75
209919613--209919664	22	2.5	20	85	11	77	23	0	1	75	0.91
209919666--209919690	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209919705--209919769	16	4.1	16	76	23	66	21	1	0	76	0.86
209919705--209919769	32	2.0	31	82	11	78	21	1	0	76	0.86
209919705--209919754	18	3.0	18	81	18	56	24	2	0	74	0.93
209919705--209919769	8	8.1	8	72	13	53	21	1	0	76	0.86
209919839--209919920	3	28.7	3	75	22	61	23	2	2	71	1.09
209919828--209919920	11	8.6	11	71	23	65	23	2	4	69	1.17
209919842--209919875	8	4.5	8	85	14	54	26	0	0	73	0.83
209921015--209921062	17	2.7	18	74	6	53	35	6	8	50	1.58
209924373--209924541	47	3.6	47	95	0	293	36	13	23	26	1.92
209924514--209924779	54	5.0	52	82	7	286	36	17	24	21	1.94
209924588--209924777	105	1.8	106	88	1	292	35	18	25	20	1.95
209927572--209927657	27	3.2	26	83	3	109	38	18	18	24	1.93
209931318--209931493	46	3.8	46	78	10	196	19	20	30	29	1.97
209931314--209931486	93	1.9	93	92	0	292	19	20	31	28	1.97
209934039--209934217	46	3.9	46	80	10	211	20	21	29	27	1.98
209934038--209934210	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
209935575--209935634	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
209939251--209939349	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
209941439--209941488	18	2.8	18	87	0	73	58	0	28	14	1.37
209941432--209941513	24	3.4	24	77	0	101	60	0	26	12	1.31
209941430--209941550	48	2.5	48	80	5	120	60	0	26	12	1.38
209941506--209941544	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209946173--209946247	31	2.4	31	90	0	123	18	36	32	13	1.90
209947927--209947952	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
209949070--209949110	21	1.9	21	90	5	64	21	7	31	39	1.81
209951886--209952070	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
209951879--209952070	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
209959933--209960117	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
209959926--209960117	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
209961941--209961972	6	5.3	6	100	0	64	0	0	31	68	0.90
209964545--209964585	9	4.7	9	93	6	75	41	0	0	58	0.98
209964545--209964585	17	2.4	17	95	4	73	41	0	0	58	0.98
209964579--209964965	133	2.9	133	98	0	747	21	9	18	50	1.75
209967038--209967077	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
209973521--209973837	41	7.6	42	85	9	366	25	20	24	29	1.99
209973521--209973837	83	3.8	82	88	5	399	25	20	24	29	1.99
209973520--209973837	124	2.6	123	86	6	426	25	20	24	29	1.99
209975840--209975866	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
209977991--209978024	6	5.7	6	92	0	59	2	17	0	79	0.86
209977991--209978025	18	1.9	18	100	0	70	5	17	0	77	0.96
209978052--209978100	19	2.6	18	83	6	53	8	30	2	59	1.38
209980856--209980900	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
209981974--209982012	19	2.0	20	90	5	62	25	30	15	28	1.96
209983060--209983086	14	1.9	14	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209984957--209985023	24	2.7	24	76	19	66	5	17	1	74	1.09
209986576--209986635	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
209987609--209987653	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
209990126--209990175	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
209990101--209990178	24	3.2	24	79	0	93	12	28	0	58	1.34
209991471--209991530	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
209992502--209992546	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
209995890--209995914	10	2.5	10	100	0	50	76	8	0	16	1.02
209996852--209996890	13	2.8	14	88	7	53	71	2	20	5	1.17
209998136--209998265	49	2.7	49	92	1	208	30	26	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770