genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  124  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36296847--36296947	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
36302679--36302881	40	5.1	40	87	2	284	22	20	29	27	1.99
36302679--36302885	80	2.6	79	91	3	319	23	20	28	27	1.99
36309241--36309480	40	6.0	40	93	1	369	23	22	26	27	2.00
36313274--36313319	22	2.1	22	84	8	58	17	36	13	32	1.88
36317860--36317929	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
36317860--36317941	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
36325846--36326009	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
36327409--36327509	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
36327438--36327509	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
36336824--36336924	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
36336853--36336924	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
36340128--36340155	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
36340622--36340703	31	2.6	31	92	0	128	23	13	29	34	1.93
36340684--36340751	27	2.5	28	90	2	102	26	13	27	32	1.93
36342418--36342561	48	3.0	48	86	0	189	25	17	24	32	1.97
36343543--36343606	31	2.1	31	93	0	110	29	35	15	18	1.92
36344346--36344383	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
36345033--36345086	27	2.0	26	85	3	72	35	20	22	22	1.96
36345088--36345205	27	4.4	27	84	2	157	26	22	16	34	1.95
36345086--36345205	53	2.2	54	91	2	197	25	21	17	35	1.95
36346895--36346988	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36346857--36346988	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
36354750--36354843	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
36360649--36360718	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
36363861--36365449	806	2.0	806	93	0	2689	35	21	18	24	1.95
36363861--36365449	804	2.0	805	92	1	2673	35	21	18	24	1.95
36365412--36365464	27	2.0	26	85	3	70	35	22	24	16	1.95
36366184--36366352	27	6.3	27	83	2	187	27	18	18	34	1.95
36366213--36366352	54	2.6	54	89	0	217	28	17	17	36	1.93
36366337--36366517	27	6.7	27	75	7	109	30	9	21	38	1.85
36366214--36366381	81	2.1	81	79	2	176	30	17	17	34	1.93
36366390--36366541	27	5.7	26	78	7	108	31	8	20	39	1.83
36367322--36367368	23	2.0	23	100	0	94	29	14	21	34	1.93
36367576--36367643	30	2.3	30	89	0	109	22	25	30	22	1.99
36369348--36369599	55	4.8	53	80	11	265	36	16	25	21	1.94
36369355--36369554	107	1.8	110	90	5	327	34	17	25	23	1.96
36369789--36369819	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
36376101--36376170	35	2.0	35	100	0	140	45	8	17	28	1.77
36377057--36377299	55	4.6	53	76	8	185	34	18	24	22	1.96
36377060--36377260	108	1.8	110	84	6	275	33	16	25	24	1.96
36378408--36378499	27	3.4	27	89	3	132	26	22	9	41	1.85
36378491--36378627	27	5.1	27	78	7	127	39	22	10	27	1.86
36378489--36378627	54	2.6	54	78	10	151	39	22	10	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36378498--36378653	81	1.9	81	81	5	190	42	19	8	28	1.82
36378531--36378655	27	4.6	27	86	7	148	44	21	5	28	1.75
36378584--36378712	27	4.7	27	80	9	111	44	19	5	31	1.73
36378758--36378836	27	2.9	27	74	12	72	37	20	20	21	1.94
36379646--36379715	25	2.8	24	84	4	86	25	25	22	25	2.00
36379646--36379742	25	4.0	23	78	10	77	27	23	22	25	2.00
36379863--36379954	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
36379977--36380091	31	3.7	31	85	1	160	29	16	24	29	1.96
36380942--36380972	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
36391224--36391390	43	3.9	43	72	6	133	32	25	13	28	1.94
36405753--36405903	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
36405789--36405919	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
36413795--36413904	40	2.8	39	82	10	134	23	24	29	22	1.99
36413795--36413904	39	2.8	37	82	11	130	23	24	29	22	1.99
36416318--36416447	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
36416318--36416481	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
36419023--36419197	40	4.4	39	90	5	203	25	21	28	25	1.99
36419071--36419197	39	3.2	39	93	3	202	25	22	26	25	2.00
36419023--36419197	79	2.2	80	83	8	207	25	21	28	25	1.99
36427016--36427230	40	5.4	40	94	2	316	23	22	27	25	2.00
36430574--36430634	24	2.5	24	86	5	79	34	29	16	19	1.94
36439015--36439178	71	2.3	71	98	0	319	35	18	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36442887--36442947	24	2.5	24	86	5	79	34	29	16	19	1.94
36445829--36445901	29	2.6	29	80	2	85	21	32	17	27	1.96
36448483--36448705	46	4.8	46	81	10	226	29	18	29	22	1.97
36451385--36451422	19	2.0	19	100	0	76	36	15	0	47	1.46
36453142--36453271	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
36462199--36462380	49	3.7	49	80	5	222	28	25	20	26	1.99
36462186--36462378	100	1.9	100	91	0	314	27	24	20	26	1.99
36466878--36467072	49	3.9	49	80	7	232	27	26	21	25	1.99
36466878--36467070	100	1.9	100	91	0	314	27	25	21	25	1.99
36469383--36469599	46	4.7	44	76	11	161	24	29	18	27	1.98
36477268--36477505	38	6.3	38	88	0	350	20	21	25	31	1.98
36477724--36477807	24	3.5	24	96	0	159	21	16	25	36	1.94
36477724--36477832	48	2.3	48	90	3	166	24	16	23	34	1.95
36482843--36483022	40	4.4	40	79	8	195	26	25	24	23	2.00
36482843--36483022	83	2.2	80	85	3	245	26	25	24	23	2.00
36487739--36488023	49	5.9	49	93	2	479	33	8	28	29	1.86
36487738--36488023	96	3.0	96	93	3	486	33	8	28	29	1.86
36487739--36488023	145	2.0	145	99	0	561	33	8	28	29	1.86
36488015--36488118	48	2.2	48	94	0	181	32	6	28	31	1.83
36487739--36488069	145	2.2	142	93	4	455	33	8	28	29	1.87
36488158--36488248	37	2.4	37	94	1	155	24	18	31	25	1.97
36511395--36511531	29	4.7	29	79	8	127	27	29	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36511396--36511530	60	2.3	58	82	5	155	27	30	14	27	1.95
36513906--36513988	31	2.7	31	92	3	134	28	25	15	30	1.96
36514208--36514277	25	2.8	25	93	0	113	28	22	21	27	1.99
36515155--36515335	27	6.7	27	83	2	202	30	8	20	39	1.83
36515158--36515368	54	3.9	53	81	2	199	29	10	20	39	1.86
36515157--36515368	81	2.6	80	78	10	225	30	10	20	39	1.86
36515374--36515512	27	5.1	27	85	5	192	37	6	25	30	1.81
36515374--36515503	54	2.4	54	94	0	233	39	6	23	30	1.79
36515491--36515665	27	6.5	27	78	9	169	30	9	20	38	1.85
36515374--36515619	80	3.0	80	79	8	205	34	8	23	33	1.85
36515474--36515665	54	3.6	54	76	11	187	32	9	21	36	1.86
36515491--36515665	80	2.2	81	91	2	280	30	9	20	38	1.85
36515519--36515660	54	2.7	53	84	9	207	30	10	19	39	1.85
36517749--36517968	49	4.7	48	75	13	165	22	27	20	30	1.98
36519352--36519452	27	3.5	28	82	8	107	29	29	14	25	1.95
36521026--36521134	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
36521026--36521134	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
36523028--36523145	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
36522996--36523159	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
36535970--36536007	3	12.7	3	94	0	67	2	28	0	68	1.03
36545385--36545414	14	2.1	15	93	6	53	46	3	0	50	1.18
36546527--36546559	12	2.8	12	100	0	66	21	6	9	63	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36547339--36547395	29	2.0	29	89	0	87	47	8	3	40	1.52
36547676--36547848	94	1.8	94	98	0	337	40	6	19	33	1.77
36549856--36552244	153	15.6	154	85	3	2935	37	18	9	34	1.83
36549684--36552244	307	8.4	307	86	3	3198	37	18	9	34	1.84
36552388--36552417	12	2.5	12	100	0	60	26	16	16	40	1.90
36553462--36553785	48	6.8	48	78	3	332	28	18	29	23	1.98
36553456--36553785	96	3.4	96	88	1	475	27	18	29	23	1.98
36555981--36556037	30	1.9	30	96	0	105	24	10	15	49	1.76
36556151--36556273	43	2.9	43	79	9	126	28	17	26	28	1.97
36561450--36561540	6	15.7	6	84	11	86	17	3	0	79	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770