genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  111  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31875021--31875119	24	4.1	24	72	14	71	19	24	20	36	1.95
31875036--31875176	24	5.8	25	72	5	101	20	26	19	33	1.97
31877166--31877235	28	2.5	28	85	0	86	31	12	27	28	1.93
31879476--31880013	47	11.4	47	89	1	772	28	30	8	32	1.87
31879836--31879958	22	5.3	22	62	21	63	26	30	10	31	1.90
31885352--31885409	27	2.1	27	96	0	107	36	12	29	22	1.90
31888533--31888673	23	6.0	24	74	16	100	34	16	20	29	1.94
31892476--31892523	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
31892566--31892626	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
31892676--31892817	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	26	1.99
31892676--31892817	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
31893009--31893071	31	2.1	30	88	8	92	36	15	23	23	1.94
31897470--31897652	40	4.6	39	74	8	129	26	23	27	22	1.99
31903898--31903945	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
31903988--31904048	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
31904098--31904239	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	26	1.99
31904098--31904239	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
31904431--31904492	31	2.1	29	90	6	97	37	16	22	24	1.94
31904448--31904520	36	2.0	37	86	7	105	38	13	23	24	1.91
31909010--31909094	15	5.7	15	71	10	66	55	15	16	12	1.70
31912235--31912485	49	5.1	49	98	0	475	34	8	26	30	1.86
31912554--31912640	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31915346--31915512	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
31923353--31923519	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
31935479--31935538	22	2.7	23	78	5	59	35	20	20	25	1.96
31938084--31938240	42	3.7	41	76	9	147	26	15	24	33	1.95
31938071--31938238	85	2.0	84	82	3	203	26	14	23	34	1.94
31938084--31938240	43	3.7	43	77	7	151	26	15	24	33	1.95
31943598--31943675	24	3.2	24	78	5	68	21	28	19	30	1.97
31943633--31943699	24	2.8	24	80	10	66	22	23	19	34	1.97
31947468--31947638	43	4.0	43	71	13	136	25	17	26	30	1.97
31949063--31949087	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
31953095--31953279	40	4.7	40	82	6	207	16	29	17	36	1.92
31953095--31953308	40	5.4	39	81	5	200	17	29	16	35	1.93
31953095--31953307	79	2.7	79	83	3	241	17	29	16	35	1.93
31953192--31953254	20	3.2	20	68	8	56	19	28	15	36	1.92
31955397--31955505	29	3.8	28	81	10	123	25	31	13	29	1.94
31955397--31955505	58	1.9	57	84	5	148	25	31	13	29	1.94
31958870--31959046	50	3.6	50	81	7	213	24	29	18	27	1.98
31958870--31959100	50	4.9	45	80	8	212	26	29	16	27	1.97
31960909--31960985	24	3.2	24	90	0	127	12	18	3	64	1.42
31962189--31962307	50	2.3	52	87	5	163	31	17	13	37	1.89
31964127--31964162	16	2.2	16	90	9	56	72	2	0	25	0.98
31965188--31965252	29	2.2	31	79	17	77	50	1	1	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31965850--31965929	38	2.1	38	84	9	101	45	10	0	45	1.37
31974442--31974516	10	7.5	10	80	4	62	64	2	1	32	1.16
31974439--31974515	39	1.9	39	84	7	102	62	2	1	33	1.17
31975858--31975931	25	2.9	26	69	11	73	29	22	17	29	1.97
31982492--31982590	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
31990161--31990259	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
31991597--31991704	29	3.7	29	83	1	117	27	14	18	38	1.90
31991688--31991777	29	3.1	29	87	3	119	26	20	17	35	1.95
31995210--31995441	27	8.6	27	87	3	317	40	21	8	30	1.82
31995200--31995414	107	2.0	108	90	2	344	40	21	7	30	1.81
31995210--31995502	27	10.9	27	81	7	285	39	21	8	31	1.83
31995204--31995552	27	13.0	25	73	15	86	38	21	8	31	1.84
31995542--31995782	54	4.5	55	79	9	239	37	17	18	26	1.93
31995537--31995779	81	3.0	80	84	7	296	37	17	18	26	1.93
31995532--31995783	27	9.3	27	75	9	185	38	17	18	26	1.92
31996198--31996363	6	26.8	6	73	17	135	18	18	15	47	1.83
31996198--31996363	25	6.7	24	76	13	135	18	18	15	47	1.83
31996227--31996308	37	2.2	37	86	0	119	18	18	18	45	1.86
31996198--31996363	62	2.7	62	92	0	269	18	18	15	47	1.83
31996288--31996363	37	2.1	37	89	0	116	18	19	14	47	1.83
31996297--31996375	37	2.1	37	85	0	104	18	18	11	50	1.76
31998807--31998982	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31998804--31998975	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
32006388--32006563	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
32006385--32006556	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
32009268--32009500	27	8.6	27	87	1	324	39	20	9	31	1.84
32009268--32009557	81	3.6	80	83	4	325	38	21	9	31	1.85
32009268--32009609	27	12.7	27	78	6	248	38	21	9	31	1.85
32009596--32009838	27	9.0	27	81	4	258	37	17	19	25	1.94
32010257--32010443	6	30.3	6	71	17	134	18	18	15	48	1.82
32010257--32010443	25	7.6	24	77	13	134	18	18	15	48	1.82
32010285--32010367	37	2.2	37	86	0	121	18	19	18	44	1.87
32010257--32010422	62	2.7	62	93	0	278	18	18	15	47	1.83
32010353--32010434	37	2.2	37	86	0	110	17	18	13	51	1.77
32011902--32011990	23	3.7	22	78	13	79	29	17	24	28	1.98
32021720--32021758	14	2.8	14	88	7	53	56	20	0	23	1.42
32023693--32023745	26	2.0	26	96	0	97	30	18	15	35	1.92
32024879--32024932	21	2.6	21	93	0	90	12	33	27	25	1.93
32027842--32027912	36	2.0	36	97	0	133	38	18	21	22	1.94
32036263--32036403	57	2.4	58	79	5	153	24	17	22	35	1.95
32039761--32039862	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
32047647--32047720	30	2.5	30	84	2	96	25	28	14	31	1.95
32057502--32057545	21	2.0	22	86	4	63	34	6	18	40	1.77
32061510--32061608	28	3.5	28	81	4	101	30	16	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32069416--32069516	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
32069445--32069520	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
32072275--32072372	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
32079859--32079928	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
32081426--32081520	27	3.5	26	84	5	109	35	20	23	21	1.96
32081686--32081750	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32082135--32082346	105	2.0	105	94	0	370	31	22	17	28	1.97
32082306--32082457	27	5.6	27	86	0	223	25	21	19	33	1.97
32082283--32082457	54	3.3	54	89	0	244	26	22	18	32	1.97
32082464--32083171	27	26.3	27	75	7	232	32	8	20	37	1.84
32083077--32083187	53	2.1	53	86	0	150	31	8	18	41	1.80
32085104--32085234	6	21.3	6	67	23	60	49	15	15	19	1.79
32085133--32085234	30	3.3	31	93	5	163	50	15	13	19	1.77
32085371--32085469	27	3.8	26	85	7	112	36	20	23	20	1.95
32085628--32085691	21	3.0	21	76	13	67	34	23	21	20	1.97
32086114--32086216	26	4.0	26	88	0	143	25	23	17	33	1.96
32086216--32086270	26	2.2	26	83	6	69	25	25	18	30	1.98
32086397--32086468	27	2.7	26	87	4	117	36	8	25	30	1.85
32086482--32086749	27	10.3	26	80	8	228	30	8	20	39	1.83
32086479--32086749	80	3.5	77	79	9	266	30	8	20	40	1.82
32088571--32088625	27	2.0	27	100	0	110	27	25	18	29	1.98
32088719--32088821	6	16.7	6	71	20	70	47	14	17	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32088719--32088821	31	3.3	31	86	2	136	47	14	17	20	1.82
32088958--32089044	27	3.2	28	80	4	90	40	18	19	21	1.92
32089000--32089059	27	2.2	27	88	5	86	40	25	20	15	1.90
32089709--32089830	27	4.6	27	86	5	158	25	21	19	33	1.97
32089727--32089832	27	3.9	27	88	4	160	24	19	20	34	1.96
32089831--32090303	27	17.5	27	75	7	221	31	9	20	38	1.84
32092138--32092192	27	2.0	27	100	0	110	27	25	18	29	1.98
32092286--32092388	6	16.7	6	73	20	79	47	15	17	19	1.83
32092286--32092388	31	3.3	31	86	2	145	47	15	17	19	1.83
32092291--32092365	25	3.0	24	84	11	82	48	17	17	17	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770