genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  238  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71348573--71348748	6	28.8	6	71	16	112	19	17	13	49	1.79
71348567--71348618	25	2.1	25	88	0	77	17	19	17	46	1.85
71348573--71348722	31	4.7	31	72	16	117	20	17	14	48	1.81
71348573--71348655	37	2.2	37	89	0	130	20	18	15	45	1.85
71348616--71348677	25	2.5	25	91	0	97	24	17	11	46	1.81
71348567--71348716	62	2.4	61	86	1	210	20	17	14	48	1.81
71348582--71348649	19	3.6	19	80	11	86	20	17	14	47	1.83
71351869--71352050	39	4.7	40	87	8	218	25	26	21	25	2.00
71351875--71352050	79	2.3	79	80	13	213	23	27	22	26	2.00
71359940--71360137	40	4.9	40	91	4	287	24	25	21	28	1.99
71362034--71362212	27	6.6	27	90	2	252	41	22	7	29	1.80
71362034--71362285	81	3.1	80	82	3	245	39	21	8	29	1.84
71362034--71362321	27	10.7	27	79	5	210	38	22	8	30	1.83
71362311--71362538	81	2.8	81	84	1	296	37	19	18	24	1.94
71362305--71362554	27	9.3	27	86	0	266	37	18	18	26	1.93
71362883--71362912	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
71363087--71363278	6	31.3	6	70	17	119	19	18	14	47	1.82
71363093--71363154	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
71363115--71363210	19	4.8	19	75	20	97	19	19	13	46	1.83
71363109--71363191	37	2.2	37	86	0	121	19	19	15	45	1.85
71363152--71363213	25	2.5	25	91	0	97	20	19	12	46	1.83
71363088--71363210	62	2.0	62	96	0	228	19	19	13	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71363087--71363253	62	2.7	61	86	5	194	19	19	14	46	1.83
71363121--71363247	25	4.8	25	72	16	80	18	19	14	46	1.84
71364886--71364925	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
71365627--71365807	40	4.5	40	78	8	172	27	23	25	23	2.00
71365629--71365779	80	1.9	81	86	4	216	25	22	27	24	2.00
71365629--71365807	80	2.2	80	82	6	202	26	23	26	23	2.00
71365663--71365847	80	2.3	80	79	6	180	29	23	24	22	1.99
71368790--71368962	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
71371913--71371981	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
71371904--71371991	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
71374372--71374547	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
71374369--71374539	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
71377534--71377714	40	4.5	40	78	8	172	27	23	25	23	2.00
71377536--71377686	80	1.9	81	86	4	216	25	22	27	24	2.00
71377536--71377714	80	2.2	80	82	6	202	26	23	26	23	2.00
71380442--71380718	27	10.3	27	84	1	279	39	20	8	30	1.83
71380699--71380755	27	2.2	26	83	3	69	33	24	8	33	1.86
71380748--71380984	27	8.8	27	86	2	289	37	17	20	24	1.94
71380748--71380984	81	2.9	81	87	3	325	37	17	20	24	1.94
71381317--71381346	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71381521--71381719	6	32.3	6	70	16	122	20	19	13	46	1.83
71381524--71381588	25	2.6	25	80	0	76	20	23	13	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71381542--71381624	37	2.2	37	82	0	103	19	22	14	43	1.87
71381521--71381659	62	2.2	62	89	0	224	20	20	14	45	1.85
71381521--71381719	19	10.8	18	72	15	122	20	19	13	46	1.83
71381571--71381650	25	3.2	25	87	1	108	18	20	15	46	1.84
71390708--71390902	39	5.0	39	89	2	259	21	19	27	31	1.97
71391035--71391070	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
71394445--71394494	25	2.0	25	88	0	73	30	24	20	26	1.98
71394534--71394673	40	3.5	40	98	0	271	34	12	20	32	1.90
71394538--71394673	20	6.8	20	93	0	236	34	12	20	32	1.90
71394726--71394892	24	7.0	24	89	6	250	30	20	20	27	1.98
71395085--71395148	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
71403757--71404087	50	6.6	50	81	4	344	26	16	26	31	1.96
71403813--71404095	151	1.9	151	91	2	471	26	16	26	30	1.97
71407585--71407772	49	3.8	49	83	1	250	28	24	17	29	1.97
71410570--71410745	46	3.8	46	76	14	191	21	20	29	28	1.98
71410567--71410738	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	27	1.98
71413750--71413792	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
71413932--71413976	15	3.0	15	90	0	72	13	17	13	55	1.69
71413932--71413990	30	2.0	30	82	0	73	15	18	11	54	1.71
71418258--71418360	29	3.6	28	78	5	98	30	33	15	21	1.94
71419928--71419959	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
71421414--71421596	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71421393--71421596	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
71429463--71429645	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
71429442--71429645	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
71431423--71431556	50	2.7	50	84	1	162	27	16	24	31	1.96
71433266--71433453	80	2.3	81	82	8	222	23	14	27	34	1.94
71433266--71433454	41	4.7	40	76	10	161	23	14	27	34	1.94
71435618--71435768	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
71435618--71435768	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
71443579--71443744	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	26	2.00
71443594--71443744	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
71448923--71449107	40	4.7	39	77	9	162	27	22	26	23	1.99
71454693--71454841	28	5.2	28	75	4	136	28	35	18	16	1.93
71454663--71454820	28	5.4	29	72	6	140	28	36	17	17	1.92
71454663--71454849	57	3.2	57	91	3	286	28	36	17	17	1.93
71455977--71456016	20	2.0	20	85	0	53	45	7	2	45	1.45
71456821--71456926	28	3.8	28	91	2	151	30	24	10	34	1.89
71460198--71460349	40	3.8	40	79	5	146	26	23	26	22	2.00
71467559--71467754	68	2.9	67	75	7	180	34	17	19	28	1.95
71472191--71472260	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71474728--71474767	17	2.4	17	86	0	62	17	22	37	22	1.94
71476622--71476665	6	7.3	6	92	0	70	79	0	2	18	0.83
71482857--71482900	22	2.0	22	86	13	63	52	22	15	9	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71483031--71483141	27	4.1	27	82	5	127	35	20	24	19	1.96
71483031--71483141	54	2.1	53	87	1	159	35	20	24	19	1.96
71484577--71484641	24	2.7	24	97	0	121	20	43	4	32	1.72
71491255--71491324	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71496801--71496943	40	3.6	40	81	4	121	27	23	26	23	2.00
71496839--71496966	40	3.2	39	83	7	143	23	22	28	25	1.99
71502333--71502402	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71505880--71505919	19	2.1	19	100	0	80	30	40	10	20	1.85
71507247--71507356	27	4.1	26	76	10	96	36	20	23	20	1.95
71507247--71507356	54	2.1	53	82	1	130	36	20	23	20	1.95
71510112--71510262	40	3.8	40	88	3	232	27	29	20	22	1.98
71510100--71510262	80	2.0	80	90	2	256	26	29	20	22	1.99
71517025--71517279	40	6.4	40	89	5	369	25	27	22	24	2.00
71517051--71517279	118	1.9	120	91	3	374	26	27	22	23	1.99
71517025--71517279	78	3.2	79	90	4	381	25	27	22	24	2.00
71519022--71519098	24	3.2	24	94	0	127	20	42	3	32	1.70
71533256--71533349	40	2.3	40	80	10	95	26	17	28	27	1.97
71543370--71543553	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
71543410--71543598	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
71551102--71551284	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
71551141--71551329	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
71555249--71555279	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71565356--71565467	27	4.1	27	86	6	156	28	13	16	41	1.87
71565826--71565859	17	1.9	18	94	5	61	23	44	23	8	1.81
71565947--71566006	21	2.9	21	92	0	102	21	31	31	15	1.94
71573426--71573576	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
71573463--71573592	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
71583943--71584012	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71591672--71591741	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
71593935--71594290	46	7.6	47	73	14	164	23	28	19	28	1.98
71593935--71594430	92	5.3	91	78	9	364	23	28	18	28	1.98
71594078--71594433	46	7.7	46	76	10	323	23	29	19	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770