genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  314  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95964036--95964074	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
95969792--95969822	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
95970744--95970787	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
95985539--95985599	28	2.2	28	90	0	95	27	21	27	22	1.99
95994527--95994567	19	2.2	19	95	0	73	26	7	14	51	1.69
95998855--95999015	40	4.0	40	82	0	178	22	27	23	25	2.00
96001659--96001695	18	2.1	18	90	10	58	54	10	24	10	1.67
96004498--96004558	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
96016249--96016307	6	9.7	6	83	10	75	49	16	15	18	1.80
96016713--96016881	27	6.3	27	84	2	214	26	20	19	33	1.96
96016731--96016900	54	3.2	53	76	14	159	26	18	20	34	1.95
96016754--96016935	81	2.2	80	78	7	190	28	14	20	36	1.92
96016863--96016969	27	4.0	27	85	0	115	30	7	21	40	1.81
96016957--96017045	27	3.3	27	87	0	124	38	8	21	31	1.84
96017055--96017134	27	3.0	26	78	12	90	27	7	25	40	1.82
96018389--96018460	28	2.6	29	80	10	71	8	27	0	63	1.23
96026082--96026129	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
96026173--96026234	19	3.3	19	91	6	99	35	9	22	32	1.87
96026172--96026231	20	3.0	20	92	4	104	35	10	21	33	1.87
96026281--96026400	24	5.0	24	90	3	170	28	22	22	26	1.99
96026591--96026654	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
96036184--96036253	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96036184--96036265	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
96044109--96044178	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
96044109--96044190	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
96048380--96048577	50	4.0	50	80	3	184	26	18	27	27	1.98
96051571--96051626	15	3.7	15	79	15	71	10	14	12	62	1.55
96056484--96056670	50	3.8	49	84	7	225	25	18	28	28	1.98
96070769--96071052	40	7.1	40	90	2	394	25	29	22	22	1.99
96073494--96073595	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
96081023--96081124	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
96089158--96089416	40	6.5	40	89	3	355	25	29	22	22	1.99
96092706--96092737	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
96094732--96094792	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
96097494--96097770	50	5.5	50	75	8	222	31	25	17	25	1.97
96097543--96097723	100	1.8	101	88	1	283	29	25	19	25	1.98
96100812--96100933	37	3.3	37	95	0	208	22	32	18	26	1.97
96101035--96101419	49	8.1	49	91	5	601	29	33	8	28	1.87
96101035--96101654	98	6.2	98	78	14	629	29	33	8	28	1.87
96101035--96101654	186	3.4	186	82	13	796	29	33	8	28	1.87
96101351--96101491	72	2.0	72	97	0	264	29	34	8	28	1.87
96101302--96101540	121	2.0	121	95	0	433	28	34	8	28	1.86
96101197--96101640	219	2.0	222	94	1	786	29	33	8	29	1.86
96101423--96101654	49	4.7	49	95	0	392	28	33	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96101500--96101584	27	3.3	27	65	15	81	30	34	4	30	1.78
96101253--96101589	170	2.0	170	99	0	665	29	34	8	28	1.86
96104821--96104894	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
96104698--96104911	47	4.6	47	91	0	302	25	28	12	34	1.91
96108666--96109142	40	11.9	41	86	4	627	26	28	20	24	1.99
96108666--96109142	120	4.0	120	91	1	715	26	28	20	24	1.99
96110694--96110769	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
96110691--96110953	47	5.6	47	94	0	391	25	28	12	33	1.92
96110837--96110911	24	3.2	24	62	24	59	26	32	13	28	1.94
96110676--96110981	141	2.2	141	82	0	387	27	29	11	32	1.91
96116308--96116676	42	8.8	42	88	0	497	23	19	24	31	1.98
96123977--96124180	40	5.1	40	87	4	243	29	28	18	23	1.97
96127400--96127495	28	3.4	29	82	7	108	31	26	14	28	1.95
96129456--96129488	8	4.1	8	100	0	66	75	12	0	12	1.04
96132504--96132674	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
96146311--96146409	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
96153940--96154038	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
96157435--96157659	40	5.7	40	85	5	235	24	20	27	27	1.99
96157509--96157692	79	2.3	77	78	10	192	26	20	26	26	1.99
96160665--96160750	28	3.0	28	84	3	109	29	15	27	27	1.96
96165318--96165346	13	2.2	13	100	0	58	6	27	31	34	1.83
96172971--96173124	25	6.2	25	89	0	227	22	20	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96180180--96180240	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
96194041--96194224	40	4.7	40	85	6	209	25	22	26	25	2.00
96194041--96194257	80	2.7	78	77	16	216	26	22	26	24	2.00
96202026--96202211	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
96202026--96202244	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
96204214--96204349	70	1.9	70	98	0	263	30	10	25	34	1.89
96207044--96207119	38	2.0	38	100	0	152	42	13	10	34	1.78
96208951--96209053	43	2.4	43	87	6	154	30	30	15	24	1.96
96211298--96211380	37	2.2	37	87	4	114	20	32	21	25	1.98
96211498--96212035	47	11.3	47	93	2	833	27	29	10	32	1.89
96211573--96211648	22	3.3	22	69	16	73	25	30	11	32	1.91
96215871--96215969	42	2.3	42	81	5	119	32	22	18	27	1.97
96215870--96215986	43	2.7	44	75	12	127	33	23	16	27	1.95
96218856--96219062	53	3.8	54	76	1	209	19	22	19	38	1.93
96225007--96225196	29	6.6	29	80	6	163	24	32	15	27	1.95
96226966--96227132	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
96226982--96227132	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
96235879--96235943	28	2.3	28	83	0	85	38	7	23	30	1.83
96236016--96236135	39	3.1	39	89	2	179	17	22	30	29	1.97
96236111--96236312	39	5.1	39	88	4	246	24	21	25	28	1.99
96236102--96236310	78	2.7	79	83	5	280	23	22	25	28	1.99
96236246--96236323	40	2.0	40	92	0	129	26	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96239850--96239981	29	4.6	29	82	1	140	25	31	16	25	1.96
96249181--96249283	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
96263878--96264205	40	8.2	40	85	3	394	25	28	23	23	2.00
96263878--96264209	120	2.8	119	86	3	436	25	27	23	24	2.00
96263905--96264209	80	3.8	80	88	1	441	23	27	23	24	2.00
96275546--96275677	29	4.6	29	93	0	210	25	32	15	27	1.95
96275488--96275677	87	2.2	87	80	5	206	25	34	15	24	1.95
96283640--96283771	29	4.6	29	93	0	210	25	32	15	27	1.95
96283582--96283771	87	2.2	87	80	5	206	25	34	15	24	1.95
96286176--96286306	42	3.1	42	72	6	129	33	25	13	26	1.94
96291654--96291689	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
96293028--96293158	29	4.5	29	95	0	226	38	14	22	25	1.92
96293946--96293980	18	2.1	16	89	10	52	57	0	14	28	1.38
96298213--96298248	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
96299095--96299119	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
96299596--96299726	29	4.5	29	99	0	244	38	14	23	23	1.92
96301156--96301671	48	10.7	49	76	8	407	26	18	29	24	1.98
96301156--96301621	144	3.2	143	85	4	573	26	18	30	24	1.98
96306640--96307002	48	7.6	48	73	7	222	29	17	28	24	1.98
96306724--96307001	96	2.9	94	84	3	324	28	18	28	24	1.98
96306736--96307005	144	1.9	143	82	4	337	29	18	27	24	1.98
96311647--96311685	13	3.0	13	84	0	51	23	20	35	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96312043--96312075	14	2.5	13	90	9	57	12	15	12	60	1.59
96314132--96314506	48	7.8	48	72	7	206	24	29	18	27	1.98
96321861--96322137	48	5.8	48	74	3	209	24	27	19	28	1.99
96321860--96322046	96	1.9	96	83	4	243	24	28	19	27	1.98
96322428--96322455	14	2.0	14	100	0	56	14	21	14	50	1.78
96325866--96325970	43	2.4	43	80	3	113	30	27	14	27	1.95
96327224--96327277	28	1.9	28	96	0	99	31	24	12	31	1.93
96332478--96332771	143	2.1	143	99	0	579	21	10	29	38	1.86
96333415--96333546	29	4.6	29	89	0	165	30	15	30	24	1.95
96339597--96339894	143	2.1	143	99	0	587	21	10	29	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770