genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  151  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44450574--44450718	40	3.8	38	75	14	136	22	24	28	24	2.00
44450532--44450714	76	2.4	77	81	11	196	25	23	26	24	2.00
44450529--44450733	40	5.2	39	70	13	127	25	22	26	24	2.00
44455226--44455324	18	5.5	18	77	0	90	33	17	15	34	1.91
44455213--44455324	36	3.1	35	79	2	116	35	16	14	33	1.89
44456687--44456732	22	2.2	21	81	11	51	2	23	2	71	1.08
44457778--44457881	6	16.8	6	70	16	70	47	12	20	20	1.82
44457766--44457872	37	2.9	37	83	4	135	47	11	20	20	1.80
44457814--44457881	25	2.7	25	83	0	91	47	13	19	20	1.82
44458001--44458079	27	3.0	26	83	5	86	39	18	22	18	1.93
44458238--44458302	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
44458691--44458830	27	5.2	27	83	5	167	27	20	15	35	1.93
44460064--44460111	20	2.4	21	74	22	57	39	18	4	37	1.70
44467914--44468095	40	4.6	40	78	6	138	25	28	20	25	1.99
44468779--44468812	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
44471990--44472068	27	3.0	27	89	5	110	34	22	3	39	1.72
44472022--44472110	42	2.1	42	89	0	133	32	21	5	40	1.76
44472070--44472212	27	5.3	27	90	0	196	30	21	6	41	1.79
44472064--44472212	54	2.8	54	89	2	219	29	21	6	42	1.78
44472200--44472360	27	6.0	27	82	2	171	40	22	8	27	1.83
44472205--44472360	54	2.9	55	85	1	199	41	22	8	26	1.83
44472350--44472412	26	2.4	27	76	10	67	34	22	12	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44472191--44472366	81	2.2	81	79	4	203	39	23	8	28	1.84
44472401--44472562	27	6.0	27	89	0	209	35	20	20	23	1.96
44472765--44472834	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
44472764--44472859	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
44472765--44472859	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
44482223--44482283	30	2.0	30	90	0	95	40	8	21	29	1.82
44490732--44490791	30	2.0	30	90	0	93	30	25	5	40	1.77
44494657--44494807	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
44494694--44494823	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
44505294--44505474	39	4.6	39	85	1	229	24	22	30	23	1.99
44508433--44508463	13	2.3	14	94	5	55	74	0	3	22	0.96
44508437--44508473	19	1.9	19	88	0	56	72	5	2	18	1.15
44508937--44509014	27	2.8	28	84	9	97	32	19	25	23	1.98
44508937--44509026	27	3.2	27	79	7	92	32	21	24	22	1.98
44509132--44509223	28	3.3	28	90	3	141	31	7	26	34	1.84
44514163--44514311	9	16.9	9	72	10	103	34	0	17	47	1.53
44514190--44514286	34	2.8	36	86	10	130	35	1	15	48	1.52
44518701--44518873	40	4.3	41	81	5	185	26	21	26	25	2.00
44518701--44518873	80	2.2	80	82	5	208	26	21	26	25	2.00
44529902--44530003	50	2.0	50	100	0	204	54	3	1	39	1.30
44531871--44531895	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
44552390--44552577	49	3.8	49	86	1	241	29	27	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44554710--44554773	15	4.4	15	77	16	64	64	14	12	9	1.50
44554710--44554777	30	2.3	30	80	16	81	61	17	11	8	1.54
44557878--44557961	28	3.2	28	65	25	83	29	29	16	23	1.96
44557785--44558009	49	4.5	49	87	2	297	29	28	17	25	1.97
44557772--44558009	99	2.4	100	85	2	309	28	27	17	25	1.98
44560316--44560418	7	14.7	7	72	0	71	41	33	1	22	1.65
44560332--44560418	35	2.5	35	84	3	104	43	32	1	22	1.61
44560705--44560947	41	5.9	40	80	4	227	23	22	13	40	1.89
44560764--44560947	82	2.2	82	94	0	323	21	23	13	41	1.88
44561347--44561437	7	13.0	7	75	0	65	43	31	2	21	1.65
44561364--44561449	35	2.5	35	82	3	93	46	29	1	23	1.60
44561378--44561449	21	3.5	19	76	14	63	48	26	0	25	1.51
44561752--44561976	82	2.7	80	89	4	299	22	24	13	40	1.89
44561747--44561977	123	1.9	123	83	3	304	22	23	13	39	1.90
44561747--44561979	41	5.7	41	81	3	263	23	24	13	39	1.91
44563508--44563680	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
44566632--44566700	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
44566623--44566710	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
44569091--44569266	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
44569087--44569258	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
44573109--44573205	6	15.8	6	69	16	65	47	12	19	20	1.81
44573141--44573233	25	3.7	25	91	0	141	45	11	20	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44573351--44573416	27	2.5	26	80	7	69	40	21	18	19	1.91
44573520--44573577	22	2.6	23	86	8	84	34	22	22	20	1.97
44574096--44574208	27	4.2	27	88	0	154	27	22	15	34	1.95
44574098--44574210	54	2.1	53	88	4	172	26	22	15	35	1.94
44574120--44574238	54	2.2	54	79	5	125	29	18	18	33	1.95
44580676--44580832	43	3.7	43	73	10	135	24	18	24	31	1.97
44583190--44583402	27	7.9	27	76	9	157	39	20	8	30	1.83
44583193--44583404	54	3.9	54	81	8	236	40	20	8	30	1.83
44583193--44583390	109	1.8	107	83	7	265	40	19	8	30	1.82
44583327--44583468	27	5.3	26	88	3	176	40	16	14	28	1.88
44583191--44583468	54	5.1	53	79	8	208	40	18	10	30	1.85
44583191--44583427	109	2.2	107	78	8	248	40	19	9	30	1.84
44583191--44583454	81	3.2	80	77	11	263	40	18	10	30	1.84
44583854--44583956	27	3.8	27	75	0	89	20	18	18	42	1.89
44587616--44587672	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
44587608--44587683	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
44587608--44587684	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
44595650--44595885	125	1.9	123	85	5	323	30	10	25	34	1.89
44595889--44596039	80	1.9	80	84	5	207	24	23	27	25	2.00
44595832--44596039	40	5.2	40	78	4	186	25	21	25	26	2.00
44598393--44598444	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
44599813--44601326	755	2.0	755	100	0	3028	30	15	21	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44603042--44603156	28	4.1	27	71	17	83	26	28	13	31	1.93
44609445--44609541	3	33.0	3	91	8	164	32	1	0	65	0.99
44609674--44609708	17	2.1	17	88	0	52	85	2	8	2	0.79
44616171--44616343	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
44619293--44619372	15	5.4	15	81	1	90	10	18	13	57	1.64
44619284--44619363	30	2.7	30	80	7	99	11	18	15	55	1.69
44621665--44621840	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
44621661--44621832	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
44630079--44630254	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
44630076--44630247	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
44642556--44642650	24	3.9	24	84	5	120	27	22	18	31	1.97
44649296--44649745	48	9.6	48	90	4	659	33	8	27	30	1.86
44649326--44649685	182	2.0	182	93	0	612	33	8	26	31	1.86
44649296--44649733	230	1.9	230	91	0	714	33	8	26	31	1.86
44649794--44649916	37	3.3	37	97	0	228	23	20	33	22	1.97
44655599--44655758	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
44663765--44663850	29	3.0	29	100	0	172	30	13	27	27	1.95
44663761--44663922	56	2.8	58	78	8	172	26	16	31	25	1.96
44675553--44675601	10	4.8	10	85	5	62	12	26	18	42	1.85
44675539--44675601	20	3.1	21	81	4	67	15	26	17	39	1.90
44680660--44680709	26	1.9	26	84	8	66	46	0	0	54	1.00
44681238--44681302	3	21.7	3	93	0	112	0	64	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44683445--44683482	15	2.6	15	83	4	51	50	2	7	39	1.46
44684783--44684842	14	4.3	13	71	20	50	36	1	1	60	1.17
44691637--44691822	40	4.7	40	86	5	218	25	22	26	25	2.00
44691690--44691845	80	2.0	79	82	11	194	26	21	26	25	2.00
44693456--44693599	35	4.1	35	72	7	130	34	13	24	27	1.93
44693461--44693591	70	1.9	70	82	6	167	35	15	25	24	1.94
44697202--44697395	85	2.3	85	81	0	226	29	24	20	25	1.99
44701776--44701960	40	4.7	40	90	1	255	26	27	23	22	2.00
44701776--44701957	79	2.3	80	88	0	258	26	28	22	23	1.99
44701776--44701997	79	2.8	78	85	6	252	26	28	22	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770