Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  22  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6086641--6086665
13
1.9
13
100
0
50
76
8
0
16
1.02
6086870--6086895
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
6087311--6087358
19
2.5
18
78
21
53
70
0
4
25
1.04
6088062--6088096
2
17.5
2
93
0
61
45
0
0
54
0.99
6089799--6089848
2
25.0
2
100
0
100
50
0
0
50
1.00
6089848--6089881
2
17.0
2
100
0
68
0
0
50
50
1.00
6092801--6092843
5
8.6
5
86
0
59
74
0
6
18
1.04
6092801--6092840
15
2.7
15
96
0
71
72
0
7
20
1.08
6093781--6093822
21
2.0
22
85
4
59
40
0
2
57
1.12
6099874--6099908
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
6109800--6109975
71
2.5
70
85
1
237
28
14
22
34
1.93
6109975--6110373
72
5.7
71
81
8
437
24
13
24
37
1.91
6109975--6110368
134
2.9
136
84
5
456
24
13
24
38
1.91
6110034--6110413
206
1.8
204
83
5
505
23
13
24
37
1.92
6110412--6110565
73
2.1
74
88
1
229
31
14
20
33
1.93
6110276--6110770
160
3.1
160
90
2
741
29
15
21
33
1.94
6110482--6110661
87
2.1
86
88
2
270
28
15
19
36
1.93
6110568--6110729
73
2.2
74
89
1
245
29
15
20
34
1.94
6112591--6112628
19
2.0
19
85
10
51
31
10
2
55
1.48
6117794--6117871
41
1.9
41
81
5
95
51
2
6
39
1.41
6118545--6118591
24
2.0
24
84
16
62
31
0
17
51
1.46
6118750--6118888
40
3.5
40
75
10
117
29
17
22
30
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6119806--6119837
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
6119807--6119837
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
6134509--6134558
21
2.5
20
75
12
57
50
0
6
44
1.26
6143996--6144099
3
35.7
3
72
12
74
58
1
7
31
1.37
6144474--6144559
3
28.0
3
79
9
93
61
2
5
30
1.32
6144738--6144792
7
7.0
7
81
18
56
78
0
1
20
0.85
6151209--6151326
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
6151177--6151340
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
6163590--6163707
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
6163558--6163721
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
6176973--6177001
7
4.1
7
100
0
58
55
13
0
31
1.39
6183039--6183090
25
2.1
24
82
10
61
75
1
11
11
1.14
6184981--6185030
25
2.0
25
84
7
66
66
2
0
32
1.03
6187254--6187306
25
2.2
24
86
3
70
39
22
20
16
1.92
6187617--6187672
28
2.0
27
83
10
69
50
14
0
35
1.43
6187802--6187834
11
3.1
11
86
8
50
33
36
0
30
1.58
6189543--6189607
27
2.5
27
80
7
64
47
6
0
46
1.27
6189933--6189984
18
2.9
17
77
8
59
28
1
0
69
0.99
6189933--6189984
27
1.9
27
84
7
70
28
1
0
69
0.99
6190012--6190128
47
2.4
48
77
9
114
34
5
2
57
1.37
6190146--6190199
27
2.0
27
100
0
108
48
11
3
37
1.57
6190146--6190213
27
2.7
27
88
8
90
45
10
5
38
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6190662--6190727
29
2.2
30
89
2
98
57
15
0
27
1.38
6191593--6191661
35
2.0
35
97
0
129
15
50
13
20
1.77
6192062--6192139
33
2.4
33
82
6
104
64
17
6
11
1.47
6192953--6193014
31
2.0
31
96
0
115
43
0
4
51
1.23
6192958--6193075
31
3.8
31
77
11
109
39
4
4
51
1.41
6192953--6193014
2
32.0
2
83
6
83
43
0
4
51
1.23
6193170--6193206
2
18.5
2
88
0
56
45
2
2
48
1.30
6204684--6204939
40
6.5
40
93
2
412
25
27
22
24
2.00
6212847--6213108
40
6.6
40
92
2
395
25
26
22
25
2.00
6219455--6219541
23
3.8
24
74
8
92
22
22
21
32
1.98
6219465--6219570
46
2.2
49
88
8
157
23
22
23
30
1.99
6219997--6220082
23
3.7
23
75
6
86
23
22
22
32
1.98
6220007--6220158
46
3.2
46
80
9
166
25
20
22
32
1.98
6220088--6220143
24
2.3
24
87
3
76
28
19
17
33
1.95
6225091--6225298
40
5.2
40
87
6
253
23
22
27
26
1.99
6228671--6228872
101
2.0
101
99
0
395
29
18
25
26
1.98
6233223--6233430
40
5.2
40
87
6
262
23
22
28
26
1.99
6235420--6235473
26
2.1
26
96
0
99
22
16
27
33
1.95
6248171--6248215
22
2.0
22
83
8
56
37
8
17
35
1.81
6254639--6254694
28
2.0
28
100
0
112
35
14
10
39
1.81
6264498--6264541
21
2.0
21
86
4
61
63
2
6
27
1.31
6264446--6264713
25
10.7
26
69
12
132
58
3
6
31
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6267821--6267963
68
2.1
69
88
1
207
32
10
13
43
1.78
6276391--6276432
17
2.5
17
80
3
50
69
2
23
4
1.20
6280909--6280968
31
1.9
31
93
0
102
48
15
8
28
1.73
6281257--6281319
21
3.0
21
86
6
74
25
3
0
71
1.01
6281442--6281495
20
2.8
19
76
18
58
33
1
0
64
1.04
6281424--6281516
38
2.4
38
80
8
109
40
2
0
56
1.11
6283173--6283211
12
3.2
13
82
10
55
53
7
0
38
1.30
6283766--6283815
21
2.3
22
82
6
66
56
10
2
32
1.44
6283861--6283926
12
5.4
12
75
8
53
63
3
4
28
1.29
6283861--6283930
24
3.0
23
76
10
72
65
2
4
27
1.25
6285198--6285263
31
2.2
30
78
7
73
40
10
7
40
1.68
6285875--6285937
34
1.9
34
83
6
85
57
3
1
38
1.24
6291739--6291829
42
2.1
42
95
2
164
35
17
14
32
1.90
6300700--6300907
46
4.6
47
87
4
275
20
24
12
41
1.88
6300736--6300910
90
1.9
91
93
4
300
22
24
13
40
1.89
6308862--6309219
184
1.9
185
91
0
583
21
26
17
34
1.95
6313107--6313146
19
2.1
19
100
0
80
15
10
0
75
1.05
6319298--6319335
19
2.1
18
90
5
58
36
39
0
23
1.55
6319298--6319335
9
4.1
9
86
6
58
36
39
0
23
1.55
6325503--6325612
42
2.6
42
79
2
123
29
24
16
30
1.96
6331599--6331674
37
2.1
36
83
11
93
42
1
2
53
1.23
6332558--6332595
20
2.0
20
85
10
53
71
0
7
21
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6334261--6334307
13
3.4
14
78
18
53
76
2
0
21
0.89
6334262--6334307
7
6.4
7
80
5
56
78
2
0
19
0.86
6335015--6335055
19
2.2
19
86
4
57
4
19
0
75
0.98
6342336--6342406
29
2.5
28
78
17
76
28
2
2
66
1.20
6342431--6342469
18
2.2
18
86
9
53
28
5
0
66
1.12
6342498--6342535
15
2.4
16
82
13
51
18
0
10
71
1.14
6344243--6344269
11
2.5
11
100
0
54
37
7
14
40
1.74
6347139--6347195
23
2.5
23
88
0
78
61
8
10
19
1.54
6351410--6351528
46
2.6
45
81
9
143
28
21
27
21
1.99
6357330--6357511
100
1.8
100
90
1
292
29
26
18
25
1.98
6357335--6357517
49
3.7
49
83
3
231
29
26
18
26
1.98
6361722--6361888
46
3.6
45
83
11
180
28
20
27
23
1.99
6363340--6363421
40
2.0
40
92
0
137
17
20
35
26
1.95
6367449--6367484
14
2.6
14
90
0
63
30
19
5
44
1.73
6371459--6371554
10
10.0
10
71
24
66
55
3
2
39
1.28
6371459--6371554
19
5.0
19
74
21
69
55
3
2
39
1.28
6371621--6371699
8
8.8
8
75
17
50
65
1
5
27
1.21
6371621--6371656
17
2.1
17
89
5
54
75
0
2
22
0.94
6372927--6372962
12
3.2
12
81
18
51
47
11
25
16
1.79
6372929--6372977
21
2.3
22
86
10
75
42
12
28
16
1.84
6373035--6373139
32
3.3
32
76
0
111
16
40
19
24
1.91
6373282--6373346
10
5.4
12
73
22
57
72
0
27
0
0.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6373282--6373347
14
5.5
11
79
13
53
71
0
28
0
0.87
6373287--6373327
3
14.3
3
85
14
52
68
0
31
0
0.90
6373509--6373627
60
2.0
60
88
3
177
33
0
12
53
1.39
6373986--6374027
2
21.0
2
100
0
84
50
0
0
50
1.00
6382829--6382960
27
4.9
27
94
0
219
26
28
21
22
1.99
6382829--6382993
54
3.1
54
87
0
168
24
29
23
22
1.99
6382829--6382993
81
2.0
81
83
0
204
24
29
23
22
1.99
6390142--6390183
21
2.0
22
86
13
61
11
7
4
76
1.15
6394307--6394342
2
18.0
2
94
0
63
52
0
0
47
1.00
6397615--6397653
15
2.4
16
87
8
53
35
0
0
64
0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770