Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  105  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30302376--30302478
30
3.4
29
79
2
98
29
23
24
23
1.99
30305376--30305616
49
4.9
49
80
5
259
29
26
18
25
1.98
30305388--30305614
101
2.3
98
82
5
269
30
26
17
24
1.97
30310458--30310640
66
2.8
64
78
9
203
28
16
30
23
1.97
30314182--30314369
49
3.8
49
80
5
207
30
24
17
27
1.97
30314188--30314374
100
1.9
100
89
2
295
30
24
18
26
1.98
30316397--30316427
15
2.1
15
94
5
55
77
0
0
22
0.77
30316792--30316836
18
2.4
18
85
7
54
62
0
2
35
1.08
30316789--30316850
20
3.2
20
81
11
65
59
1
1
37
1.17
30316789--30316960
21
8.6
20
70
20
101
55
2
2
40
1.25
30316969--30316998
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
30317110--30317163
27
1.9
27
85
7
72
77
3
11
7
1.09
30319726--30319780
27
2.0
27
100
0
110
36
10
7
45
1.67
30319880--30319926
19
2.5
18
80
16
51
46
2
0
51
1.13
30324640--30324722
41
2.0
41
100
0
166
31
16
12
39
1.85
30329040--30329232
93
2.1
93
99
1
377
37
16
3
43
1.63
30329932--30330147
107
2.0
108
96
0
398
42
9
5
43
1.60
30331445--30331491
7
6.9
7
95
4
87
25
44
0
29
1.54
30333032--30333068
14
2.4
16
86
13
51
29
51
10
8
1.65
30337283--30337412
47
2.8
47
82
2
154
23
16
26
33
1.96
30339875--30339923
24
2.0
24
84
0
62
20
36
4
38
1.72
30339904--30339954
24
2.1
24
85
7
68
11
39
5
43
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30341933--30342224
139
2.1
140
91
2
473
44
5
9
41
1.59
30342199--30342415
75
2.9
75
95
2
384
32
13
8
45
1.75
30344669--30344709
2
20.5
2
100
0
82
51
0
0
48
1.00
30355630--30355732
27
3.5
27
68
21
80
27
11
26
34
1.91
30355612--30355736
63
2.0
63
98
0
241
26
11
28
34
1.90
30356276--30356389
38
3.0
38
89
1
165
19
22
24
33
1.97
30359143--30359198
27
2.1
27
100
0
112
48
7
10
33
1.65
30361278--30361372
25
3.8
25
84
1
129
28
14
21
35
1.93
30362989--30363018
16
1.9
15
93
6
51
53
20
20
6
1.67
30364587--30364771
71
2.7
68
90
6
252
19
28
16
35
1.93
30364610--30364772
71
2.3
71
95
1
301
19
28
15
36
1.93
30364610--30364806
71
2.8
70
88
4
231
21
28
15
34
1.94
30366211--30366316
27
3.9
26
81
9
106
16
26
21
34
1.95
30367284--30367315
16
2.0
16
93
0
55
59
12
3
25
1.48
30374072--30374145
27
2.8
28
85
6
91
21
24
18
35
1.96
30375296--30375344
22
2.2
21
79
10
53
44
2
2
51
1.24
30380143--30380226
43
2.0
42
85
2
114
27
13
26
33
1.93
30386820--30386906
24
3.6
24
96
0
165
21
17
25
35
1.95
30386820--30386928
48
2.3
48
91
3
175
24
17
23
33
1.96
30386820--30386928
24
4.5
24
90
2
157
24
17
23
33
1.96
30394690--30394776
24
3.6
24
96
0
165
21
17
25
35
1.95
30394690--30394798
48
2.3
48
91
3
175
24
17
23
33
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30394690--30394798
24
4.5
24
90
2
157
24
17
23
33
1.96
30401198--30401228
15
2.1
15
100
0
62
6
38
0
54
1.26
30401272--30401321
15
3.5
14
79
15
50
42
8
24
26
1.82
30408679--30408818
27
5.2
28
88
5
166
35
22
23
19
1.96
30410430--30410539
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
30412768--30412921
39
3.9
39
91
5
240
31
18
2
47
1.63
30412772--30412921
76
2.0
77
93
1
257
31
18
2
48
1.62
30413530--30413586
22
2.5
23
85
2
71
35
31
3
29
1.75
30425683--30426224
75
7.1
75
83
7
601
33
16
17
32
1.93
30425683--30426224
149
3.5
149
84
6
615
33
16
17
32
1.93
30426163--30426314
81
1.9
82
82
13
197
25
17
17
38
1.92
30426464--30426488
13
1.9
13
100
0
50
88
0
0
12
0.53
30426791--30426839
15
3.4
15
86
5
66
69
14
4
12
1.33
30427048--30427089
19
2.2
20
86
4
59
4
11
7
76
1.15
30441281--30441307
11
2.5
11
100
0
54
0
81
0
18
0.69
30442539--30442582
22
2.0
22
86
8
63
70
0
2
27
0.99
30443341--30443762
208
2.0
210
96
2
778
26
15
26
31
1.96
30444145--30444197
25
2.2
24
86
6
72
30
7
0
62
1.23
30444361--30444622
125
2.1
127
84
3
332
35
12
16
36
1.85
30450411--30450462
1
52.0
1
78
0
50
3
5
1
88
0.68
30450411--30450462
15
3.3
15
86
10
68
3
5
1
88
0.68
30450445--30450484
21
1.9
21
85
10
55
25
0
2
72
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30450587--30450817
118
2.0
118
92
0
390
28
30
17
23
1.97
30451610--30451712
42
2.5
42
85
6
131
26
11
31
31
1.92
30451806--30451874
7
9.9
7
79
18
65
75
0
4
20
0.97
30451797--30451875
34
2.3
35
81
12
94
75
0
3
20
0.95
30451790--30451877
10
8.6
10
71
25
60
75
0
3
21
0.95
30456033--30456090
26
2.2
26
90
0
89
36
5
22
36
1.77
30459661--30459721
18
2.8
22
69
25
58
34
3
3
59
1.30
30459905--30459978
27
2.8
25
84
6
85
29
5
5
59
1.42
30462564--30462597
14
2.4
14
85
0
50
44
2
11
41
1.56
30462805--30462849
21
2.1
21
84
8
56
51
6
4
37
1.49
30462820--30462866
2
24.5
2
82
8
62
51
2
2
44
1.25
30462879--30462930
21
2.4
22
87
9
72
65
1
0
32
1.04
30463132--30463162
13
2.3
14
94
5
55
51
6
0
41
1.27
30463721--30463747
14
1.9
14
100
0
54
48
0
51
0
1.00
30468023--30468061
10
3.9
10
80
12
53
69
2
7
20
1.26
30468079--30468111
13
2.8
12
90
9
50
51
12
0
36
1.39
30469984--30470081
5
18.6
5
74
17
67
77
0
4
18
0.92
30469990--30470084
8
13.1
7
76
20
56
76
0
4
18
0.94
30469989--30470031
12
3.5
12
76
17
52
72
0
4
23
1.04
30469998--30470081
17
5.1
17
76
21
74
78
0
3
17
0.89
30469984--30470084
15
6.3
16
70
23
79
77
0
3
18
0.93
30469984--30470059
25
3.2
24
89
9
113
76
0
2
21
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30469984--30470084
11
9.5
10
71
15
69
77
0
3
18
0.93
30469984--30470084
32
3.2
32
84
13
120
77
0
3
18
0.93
30476614--30476646
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
30481922--30481958
18
2.1
18
89
0
56
62
5
0
32
1.18
30483319--30483470
27
5.6
27
82
2
189
40
19
7
32
1.80
30483319--30483472
54
2.8
55
88
4
224
39
18
7
33
1.80
30483319--30483470
81
1.9
81
87
2
225
40
19
7
32
1.80
30483455--30483570
27
4.3
27
84
2
162
36
18
19
25
1.95
30483319--30483553
54
4.4
53
82
7
199
38
19
12
30
1.88
30483319--30483498
81
2.2
81
82
4
222
39
18
9
32
1.83
30483455--30483593
53
2.6
54
87
2
192
35
18
20
25
1.96
30484021--30484085
22
3.0
22
80
8
78
20
23
23
33
1.97
30484244--30484345
27
3.8
26
85
5
105
20
23
19
36
1.95
30484244--30484345
54
1.9
53
81
2
123
20
23
19
36
1.95
30484492--30484549
19
3.4
19
65
30
58
18
17
17
46
1.84
30484481--30484600
6
19.3
6
69
19
68
20
17
13
48
1.81
30484481--30484616
31
4.4
31
83
3
150
20
16
13
49
1.79
30486547--30486727
27
6.7
27
87
4
258
41
20
6
31
1.77
30486547--30486753
81
2.6
81
86
6
260
41
20
7
30
1.80
30486710--30486853
27
5.2
27
78
10
139
34
19
20
25
1.96
30487281--30487345
22
3.0
22
77
8
69
21
23
21
33
1.97
30487486--30487605
27
4.5
26
81
8
100
22
23
18
35
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30487504--30487605
54
1.9
53
81
2
123
20
23
19
36
1.95
30487744--30487815
31
2.6
25
75
24
81
18
13
16
51
1.77
30487752--30487851
31
3.2
31
91
0
146
20
17
14
49
1.80
30488947--30488975
15
1.9
15
100
0
58
34
17
6
41
1.76
30489307--30489408
28
3.5
27
71
19
80
24
28
20
26
1.99
30489306--30489445
60
2.3
60
81
9
169
25
26
20
27
1.99
30491385--30491413
15
1.9
15
100
0
58
58
0
0
41
0.98
30491892--30491990
3
33.3
3
71
15
64
62
4
6
27
1.37
30496908--30496957
14
3.8
14
74
15
61
46
14
20
20
1.84
30496907--30496961
25
2.2
25
80
0
65
43
16
21
18
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770