genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  119  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34391418--34391468	26	2.1	25	82	10	61	39	19	17	23	1.92
34391425--34391489	26	2.5	26	84	0	85	35	21	21	21	1.96
34395052--34395194	39	3.6	39	88	0	187	23	31	22	23	1.98
34403097--34403239	39	3.6	39	88	0	187	23	31	22	23	1.98
34406916--34407098	101	1.8	101	86	0	267	31	25	16	26	1.97
34406868--34407110	50	4.9	50	78	1	245	31	25	16	26	1.97
34409843--34409878	15	2.4	15	90	0	54	55	11	16	16	1.68
34412548--34412583	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
34414782--34414812	15	2.1	15	100	0	62	38	19	12	29	1.89
34427036--34427267	101	2.3	99	81	3	268	30	25	17	26	1.97
34427022--34427271	50	5.0	50	77	1	241	30	26	17	26	1.97
34436770--34436827	27	2.2	26	84	3	71	34	22	24	18	1.96
34438933--34438984	21	2.5	22	78	9	63	55	3	5	34	1.42
34446122--34446250	46	2.8	46	86	2	188	20	20	29	29	1.98
34452485--34452571	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
34452654--34453042	49	7.9	49	96	1	697	30	25	8	35	1.86
34455555--34455683	46	2.8	46	88	2	179	20	20	26	31	1.98
34462934--34463205	48	5.7	48	82	6	309	26	19	29	24	1.99
34462934--34463211	96	2.9	96	88	1	387	26	19	29	24	1.99
34462936--34463201	144	1.8	144	84	3	365	26	19	30	24	1.98
34464052--34464151	49	2.0	49	96	0	182	41	11	24	24	1.87
34470859--34470999	64	2.2	64	81	5	160	38	16	9	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34474313--34474415	42	2.5	41	77	4	109	31	15	26	27	1.96
34481801--34481914	38	2.9	38	82	3	120	23	23	25	27	2.00
34481817--34481920	38	2.7	38	84	1	127	23	23	24	29	1.99
34481918--34482024	43	2.5	43	98	0	205	10	26	32	30	1.89
34482361--34482487	45	2.9	45	80	10	122	25	21	28	24	1.99
34484744--34485073	164	2.0	165	92	1	556	41	18	6	33	1.76
34491377--34491482	40	2.7	40	86	5	144	22	28	25	23	1.99
34496753--34496925	47	3.7	47	80	13	189	21	21	28	28	1.99
34496753--34496922	92	1.8	93	93	1	297	21	21	28	28	1.99
34504291--34504463	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
34504288--34504458	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
34504687--34504724	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
34509136--34509162	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
34509425--34509521	40	2.4	40	89	0	149	26	26	20	25	1.99
34516320--34516483	42	3.9	42	78	4	177	28	17	25	28	1.98
34527066--34527435	47	7.8	46	73	14	267	24	30	18	27	1.98
34530894--34530962	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
34537217--34537254	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
34538863--34538930	27	2.5	28	90	7	113	44	26	10	19	1.82
34546081--34546438	46	7.6	50	77	11	271	29	17	28	24	1.97
34547685--34547773	38	2.3	38	98	0	169	23	8	28	39	1.85
34548353--34548388	19	1.9	18	94	5	63	25	30	38	5	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34554424--34554755	47	7.1	47	88	0	450	34	12	28	25	1.92
34554590--34554712	22	5.3	22	63	30	60	34	13	27	23	1.93
34555556--34555675	48	2.5	46	82	10	150	26	29	17	26	1.98
34566221--34566261	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
34567790--34567828	20	1.9	21	84	5	53	35	0	12	51	1.40
34579174--34579300	29	4.3	29	82	8	159	25	12	31	30	1.93
34582028--34582087	29	2.1	29	82	11	72	28	3	26	41	1.71
34582697--34582795	42	2.3	43	87	1	146	25	16	25	33	1.96
34584783--34584990	55	3.8	53	74	5	175	20	24	18	36	1.95
34589764--34589850	30	2.9	30	96	0	156	31	26	9	33	1.88
34591866--34591968	53	1.9	53	84	0	134	17	25	19	37	1.93
34597136--34597164	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
34597679--34597709	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
34598259--34598480	45	5.0	45	82	4	231	23	17	26	33	1.96
34598272--34598517	129	1.9	134	81	8	308	24	17	26	30	1.97
34603212--34603259	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
34603303--34603361	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
34603413--34603603	24	8.1	23	95	2	310	27	22	21	28	1.99
34603413--34603603	47	4.1	47	93	2	321	27	22	21	28	1.99
34603815--34603878	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
34606067--34606207	44	3.3	44	81	6	164	25	17	24	32	1.97
34609632--34609718	30	2.9	30	96	0	156	31	26	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34611735--34611837	53	1.9	53	84	0	134	17	25	19	37	1.93
34617008--34617036	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
34617551--34617581	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
34618131--34618352	45	5.0	45	82	4	231	23	17	26	33	1.96
34618144--34618389	129	1.9	134	81	8	308	24	17	26	30	1.97
34623083--34623130	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
34623174--34623232	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
34623178--34623232	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
34623282--34623495	24	9.0	24	92	3	310	27	22	21	27	1.99
34623284--34623474	47	4.1	47	93	2	321	27	22	21	28	1.99
34623687--34623750	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
34625937--34626079	44	3.3	44	78	6	150	25	18	23	32	1.97
34625939--34626077	42	3.2	42	79	7	129	25	17	23	33	1.97
34629625--34629726	42	2.4	44	78	8	111	25	13	24	36	1.92
34634452--34634619	40	4.2	40	80	3	160	25	26	22	26	2.00
34647026--34647246	50	4.4	49	74	10	180	25	17	26	30	1.97
34647020--34647201	101	1.8	100	84	4	249	25	18	24	31	1.98
34655328--34655359	16	2.0	16	100	0	64	37	0	0	62	0.95
34658889--34658928	20	2.0	20	85	9	55	52	0	5	42	1.23
34668900--34668981	38	2.2	38	97	0	155	37	23	7	31	1.82
34672029--34672318	40	7.2	40	91	1	456	22	28	23	25	1.99
34680256--34680434	40	4.7	40	95	4	309	20	29	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34683897--34683945	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
34684767--34684933	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
34691902--34691950	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
34692772--34692938	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
34698101--34698134	16	2.1	16	88	5	50	17	29	5	47	1.71
34701540--34701731	40	4.8	40	79	6	185	25	28	22	23	1.99
34704247--34704454	40	5.2	40	80	4	170	25	23	25	25	2.00
34704249--34704454	80	2.6	80	82	4	220	25	23	25	25	2.00
34709511--34709583	29	2.5	29	97	0	137	31	16	27	24	1.96
34709572--34709642	29	2.4	29	83	0	88	30	16	23	28	1.97
34714976--34715183	40	5.2	40	81	3	195	26	22	25	25	2.00
34714978--34715183	80	2.6	80	84	1	243	26	22	25	25	2.00
34719302--34719493	79	2.4	80	81	6	212	25	28	22	24	2.00
34719302--34719493	40	4.8	39	77	8	172	25	28	22	24	2.00
34727799--34728043	48	5.1	48	96	0	445	33	7	28	30	1.85
34728190--34728298	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
34735471--34735603	43	3.1	43	76	8	173	24	15	28	31	1.95
34735480--34735618	43	3.3	42	75	8	156	23	15	28	33	1.95
34735781--34735818	18	2.1	19	90	5	60	50	0	15	34	1.45
34740611--34740724	48	2.4	47	80	7	126	27	20	29	22	1.98
34742058--34742255	50	4.0	50	78	4	177	27	29	18	24	1.98
34751996--34752077	41	2.0	41	92	0	137	34	20	8	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34752423--34752557	53	2.5	55	80	2	148	18	22	20	38	1.93
34753491--34753535	24	1.9	23	86	4	63	48	4	0	46	1.22
34757331--34757363	17	1.9	17	88	11	50	33	15	33	18	1.92
34774463--34774535	29	2.5	29	88	4	103	26	16	31	26	1.96
34799868--34799934	31	2.2	31	97	0	125	17	0	28	53	1.44
34805217--34805253	18	2.1	18	100	0	74	51	21	0	27	1.48
34807403--34807663	54	4.9	54	86	4	330	22	24	16	36	1.94
34807688--34807806	47	2.5	47	78	9	134	21	21	21	36	1.96
34812616--34812720	42	2.5	42	80	10	115	25	20	26	27	1.99
34812616--34812728	43	2.7	42	76	14	106	24	19	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770