genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.443.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  443  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136324500--136324555	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
136324525--136324549	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
136324552--136324582	12	2.6	12	94	0	53	29	16	9	45	1.79
136324630--136324696	5	13.0	5	75	21	59	1	17	2	77	0.97
136324630--136324692	31	2.1	29	85	11	83	1	17	3	77	0.97
136324628--136324696	15	4.4	16	78	12	81	1	18	2	76	0.98
136327149--136327246	30	3.3	30	75	0	88	29	16	25	28	1.97
136328961--136329044	30	2.8	30	72	1	80	27	17	27	27	1.98
136331773--136331802	12	2.6	12	94	5	53	13	6	10	70	1.34
136331772--136331803	11	2.6	13	85	14	50	12	6	9	71	1.29
136341293--136341420	39	3.3	39	77	3	141	23	23	28	25	2.00
136350553--136350867	43	7.3	43	76	8	221	31	26	20	21	1.98
136350553--136350871	130	2.5	127	79	9	319	31	26	20	22	1.98
136351193--136351266	21	3.5	21	96	0	130	1	52	20	25	1.54
136355633--136355787	40	3.9	40	83	9	158	20	26	23	29	1.99
136355675--136355793	40	3.0	40	91	0	184	22	26	23	27	2.00
136359936--136360153	40	5.5	39	84	6	226	22	26	24	26	2.00
136359964--136360154	40	4.8	40	86	1	240	24	26	23	25	2.00
136364456--136364592	9	14.6	9	73	8	103	32	2	20	44	1.66
136364461--136364567	30	3.7	29	80	7	101	32	1	20	44	1.62
136364456--136364586	48	2.7	50	80	4	144	32	3	20	44	1.67
136364456--136364592	57	2.4	57	81	0	148	32	2	20	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136366492--136366547	25	2.2	26	78	9	62	53	1	7	37	1.39
136367940--136367988	7	7.0	7	80	0	62	44	34	0	20	1.52
136367940--136368011	21	3.4	21	78	7	74	45	31	0	22	1.52
136369212--136369301	15	6.1	16	70	14	59	45	38	1	14	1.52
136369209--136369317	7	14.6	7	71	20	53	45	37	1	14	1.56
136369371--136369452	35	2.3	35	83	4	94	47	24	2	25	1.64
136369506--136370033	41	12.9	41	86	3	677	23	26	21	29	1.99
136371641--136371687	17	2.8	16	90	6	58	12	8	0	78	0.95
136371641--136371693	23	2.3	23	86	0	70	13	9	0	77	0.99
136371630--136371693	6	11.2	6	80	6	53	14	9	0	76	1.01
136377365--136377519	42	3.7	41	81	5	175	29	15	23	31	1.95
136377429--136377510	43	1.9	43	84	0	110	28	18	23	30	1.97
136379815--136380017	79	2.6	80	92	3	342	27	26	22	23	2.00
136379815--136380017	40	5.2	40	94	2	342	27	26	22	23	2.00
136385074--136385203	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
136385074--136385241	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
136393747--136393883	53	2.6	54	81	7	158	26	18	11	43	1.85
136393741--136393883	26	5.4	27	80	5	141	25	20	11	41	1.86
136393895--136394012	54	2.2	54	80	6	132	42	21	8	27	1.82
136393914--136394012	27	3.7	27	84	4	137	43	21	6	29	1.76
136394003--136394096	27	3.4	27	80	13	111	41	18	8	31	1.80
136394156--136394214	27	2.2	27	81	6	66	42	18	18	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136395030--136395088	25	2.4	25	82	5	66	32	25	22	20	1.98
136395332--136395401	31	2.3	31	90	2	106	30	12	24	32	1.93
136400273--136400335	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
136400526--136400689	24	7.0	23	91	6	244	27	21	20	29	1.98
136400527--136400689	47	3.5	48	91	7	257	27	22	20	29	1.98
136400527--136400689	23	7.0	24	92	6	257	27	22	20	29	1.98
136400747--136400803	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
136400735--136400805	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
136400740--136400794	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
136401304--136401347	8	5.5	8	94	0	79	11	22	22	43	1.85
136408380--136408442	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
136408634--136408773	23	6.0	24	90	8	209	27	22	21	29	1.99
136408831--136408887	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
136408819--136408889	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
136408824--136408878	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
136410092--136410125	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
136416307--136416664	48	7.4	48	79	3	387	27	26	17	28	1.98
136417852--136417914	24	2.5	26	92	5	103	33	25	4	36	1.77
136419256--136419295	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
136428151--136428190	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
136430711--136430759	22	2.2	23	81	3	55	38	14	18	28	1.90
136430999--136431058	28	2.1	28	81	6	68	40	8	13	38	1.75
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136434753--136435078	38	7.8	38	72	16	229	29	14	25	30	1.95
136434791--136435040	133	1.9	132	88	0	383	30	14	24	31	1.94
136434655--136434993	171	2.0	171	93	0	579	29	13	25	31	1.94
136434701--136435078	85	4.4	85	81	12	504	29	14	24	30	1.95
136437951--136438068	42	2.8	42	84	0	146	31	27	15	26	1.96
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136437905--136438112	42	4.6	44	77	7	145	29	25	16	28	1.97
136438037--136438256	48	4.6	48	78	6	178	27	30	16	25	1.97
136440686--136440803	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
136440654--136440817	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
136448226--136448388	70	2.3	71	98	1	319	35	17	27	19	1.94
136457952--136458235	24	11.9	24	97	0	507	20	18	25	35	1.96
136467116--136467222	50	2.1	50	87	0	151	28	12	22	36	1.90
136467119--136467198	25	3.2	24	77	13	90	28	15	22	33	1.94
136468139--136468172	18	1.9	17	88	5	50	35	2	17	44	1.64
136469005--136469070	33	2.0	34	82	8	82	27	3	3	66	1.21
136471492--136471661	86	2.0	86	96	0	313	34	35	16	13	1.88
136474904--136475108	104	2.0	104	94	0	356	28	20	19	31	1.97
136476396--136476504	30	3.4	30	76	14	110	29	14	23	32	1.94
136477896--136477995	50	2.0	50	96	0	182	27	13	21	39	1.90
136480825--136481017	70	2.7	71	74	7	194	37	23	17	21	1.93
136483143--136483271	46	2.8	46	96	0	231	28	29	22	19	1.98
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136485653--136485740	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
136485653--136485731	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
136485664--136485740	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
136488680--136488808	46	2.8	46	96	0	231	28	29	22	19	1.98
136491449--136491566	44	2.7	44	85	2	159	26	16	26	31	1.96
136491727--136491756	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
136496112--136496307	39	5.0	39	80	6	184	18	29	15	36	1.92
136496212--136496338	39	3.3	39	86	2	157	15	30	17	36	1.91
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136502752--136502958	80	2.6	80	83	4	238	27	22	25	25	2.00
136502751--136502958	40	5.2	39	83	3	209	27	22	25	25	2.00
136515630--136515759	40	3.2	40	79	2	154	25	28	23	23	1.99
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136528974--136529126	13	10.7	15	69	21	73	33	2	1	61	1.21
136529025--136529079	21	2.6	21	77	13	58	32	5	0	61	1.19
136529069--136529131	27	2.4	26	76	12	65	38	0	1	60	1.07
136528988--136529128	6	21.1	7	67	22	65	34	2	1	60	1.20
136530351--136530507	85	1.9	85	87	7	234	47	17	4	30	1.67
136541178--136541232	18	3.1	18	75	0	56	38	16	10	34	1.84
136541377--136541423	6	7.8	6	80	0	58	46	10	19	23	1.80
136541378--136541423	12	3.8	12	97	0	83	47	8	19	23	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136554855--136554980	18	7.1	17	67	18	53	59	3	2	34	1.26
136554892--136554980	36	2.5	37	75	14	96	59	2	3	34	1.26
136555097--136555149	15	3.5	15	71	2	52	37	1	0	60	1.08
136558113--136558203	43	2.1	43	84	8	114	25	16	27	30	1.97
136559978--136560111	26	5.2	26	85	1	173	32	5	23	37	1.79
136559978--136560099	52	2.3	52	92	0	199	32	5	24	36	1.79
136562851--136563034	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
136567445--136567595	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
136567482--136567611	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
136567444--136567611	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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