Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  162  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47836926--47837005
27
2.9
27
81
10
83
40
15
10
35
1.80
47837907--47837976
25
2.8
25
88
0
95
28
24
21
25
1.99
47840268--47840512
49
4.9
49
83
3
319
28
26
18
25
1.98
47840281--47840512
100
2.3
98
88
2
338
29
27
18
25
1.98
47844593--47844682
40
2.2
40
80
7
112
23
24
28
23
1.99
47851887--47852111
124
1.8
124
86
1
326
30
10
24
35
1.88
47852106--47852235
40
3.2
40
83
4
165
22
25
29
23
1.99
47853046--47853115
31
2.2
31
97
2
131
30
11
20
38
1.87
47854146--47854184
15
2.5
15
91
4
60
56
15
12
15
1.68
47858985--47859090
48
2.2
48
93
0
176
33
5
27
33
1.80
47859223--47859294
37
1.9
37
94
0
126
22
20
34
22
1.97
47860989--47861116
43
3.0
43
94
0
211
13
23
31
32
1.93
47861273--47861372
28
3.6
28
77
6
96
24
19
29
28
1.98
47864771--47864876
48
2.2
48
93
0
176
33
5
27
33
1.80
47865010--47865081
37
1.9
37
94
0
126
22
20
34
22
1.97
47866374--47866618
49
4.9
49
85
3
328
28
26
17
26
1.98
47866375--47866618
100
2.5
98
85
5
328
29
26
18
26
1.98
47873893--47873936
22
2.0
22
82
8
54
38
13
18
29
1.89
47874163--47874378
40
5.4
40
90
1
328
27
27
22
22
1.99
47876292--47876435
39
3.7
39
92
0
243
26
20
29
22
1.99
47876293--47876475
78
2.3
79
90
1
278
24
22
29
23
1.99
47878980--47879109
40
3.2
40
81
2
163
23
23
28
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47889526--47889659
71
1.9
71
90
0
214
30
16
23
29
1.96
47889435--47889976
160
3.4
160
96
0
980
29
17
21
31
1.96
47889686--47889819
71
1.9
71
90
0
214
30
16
23
29
1.96
47889845--47890096
74
3.5
70
82
7
274
32
16
21
30
1.95
47890042--47890283
67
3.6
65
84
7
272
28
15
14
41
1.87
47890230--47890254
13
1.9
13
100
0
50
16
16
4
64
1.44
47892307--47892472
40
4.2
40
77
8
162
25
22
27
24
2.00
47895876--47896042
40
4.2
40
78
6
160
25
22
27
24
2.00
47899115--47899150
2
18.5
2
88
5
56
44
0
2
52
1.15
47901116--47901190
10
7.8
9
77
14
62
73
2
2
21
1.08
47901111--47901197
20
4.4
19
74
15
70
71
5
2
20
1.18
47901116--47901186
37
1.9
37
82
5
90
74
2
2
19
1.07
47901172--47901219
22
2.2
22
85
14
73
64
6
4
25
1.35
47902948--47903200
68
3.9
64
78
10
228
30
16
28
23
1.97
47904910--47905012
29
3.6
29
89
0
152
25
32
15
27
1.96
47904881--47905012
58
2.3
58
81
0
156
25
33
15
25
1.95
47912177--47912324
40
3.7
40
91
1
217
23
22
29
25
1.99
47915033--47915149
62
1.9
60
84
5
155
49
2
5
42
1.38
47919676--47919732
5
11.0
5
85
14
64
78
0
0
21
0.74
47919679--47919721
6
7.5
6
87
12
56
81
0
0
18
0.69
47919670--47919732
12
5.2
12
83
16
78
76
0
0
23
0.79
47926700--47926732
11
2.8
12
86
9
50
36
3
15
45
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47928096--47928276
47
3.8
46
73
9
168
34
17
23
24
1.96
47928097--47928276
95
1.9
95
79
6
204
35
17
23
23
1.96
47928239--47928446
54
3.9
54
83
4
240
36
18
23
22
1.95
47928242--47928446
55
3.8
54
83
1
232
36
18
22
22
1.95
47934102--47934128
8
3.4
8
100
0
54
85
0
0
14
0.61
47937113--47937147
17
2.0
18
88
5
54
11
42
20
25
1.85
47941500--47941588
6
14.3
6
71
19
67
49
15
16
17
1.80
47941509--47941588
31
2.5
31
87
2
115
50
15
17
17
1.79
47941728--47941797
26
2.7
26
88
2
95
35
21
24
18
1.95
47941952--47942016
22
3.0
22
77
8
69
35
23
21
20
1.96
47942443--47942853
27
15.3
27
88
1
558
25
22
19
32
1.97
47942835--47942923
27
3.3
27
81
6
90
29
5
24
40
1.78
47942902--47942963
27
2.3
27
91
0
97
37
6
20
35
1.79
47942968--47943062
27
3.5
26
80
8
109
30
8
20
41
1.81
47948608--47948770
71
2.3
70
98
1
317
35
17
27
19
1.94
47955739--47955856
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
47955707--47955870
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
47960665--47960730
32
2.1
32
97
0
123
25
21
10
42
1.85
47962913--47962944
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
47963852--47963876
12
2.1
12
100
0
50
48
0
0
52
1.00
47968253--47968321
34
2.0
34
94
0
120
37
10
15
36
1.82
47977487--47977605
50
2.3
52
86
2
170
31
15
14
38
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47980985--47981017
17
1.9
17
93
0
57
45
0
12
42
1.41
47981079--47981113
18
2.0
18
94
5
63
40
0
22
37
1.55
47987544--47987714
93
1.8
93
96
0
315
27
29
22
20
1.98
47987536--47987716
46
3.9
46
81
9
233
27
29
21
20
1.98
47989290--47989594
46
6.7
46
90
2
400
21
24
15
38
1.92
47989318--47989593
91
3.0
91
89
1
383
21
24
15
38
1.92
47990314--47990339
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
47991772--47991808
20
1.9
20
88
5
58
51
8
0
40
1.32
47993633--47993808
46
3.8
46
76
4
183
22
20
27
28
1.99
47993629--47993800
93
1.8
93
89
0
272
22
20
28
27
1.99
47995222--47995288
27
2.5
26
85
4
89
44
10
26
17
1.81
47997051--47997213
39
4.2
39
92
0
254
25
31
19
23
1.98
48001278--48001347
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
48001278--48001359
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
48004265--48004299
18
2.0
18
88
5
54
42
0
20
37
1.52
48005008--48005069
30
2.1
30
96
0
115
32
19
4
43
1.72
48005127--48005159
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
48010515--48010565
25
2.0
25
92
0
84
37
17
5
39
1.74
48015182--48015232
25
2.0
25
92
0
84
37
17
5
39
1.74
48017141--48017188
19
2.6
19
83
3
62
37
2
12
47
1.53
48017211--48017294
42
2.0
42
92
0
141
30
9
13
46
1.74
48020118--48020143
13
2.0
13
100
0
52
30
7
23
38
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
48021714--48021797
42
2.0
42
92
0
141
29
9
14
46
1.76
48022141--48022171
9
3.4
9
100
0
62
32
12
12
41
1.81
48022322--48022395
20
3.8
20
78
12
82
60
4
1
33
1.24
48022401--48022436
18
2.0
18
88
0
54
61
2
0
36
1.11
48022779--48022818
21
1.9
21
94
0
71
55
12
12
20
1.69
48033778--48033805
14
2.0
14
100
0
56
21
14
7
57
1.61
48037687--48037726
20
2.0
20
95
0
71
30
7
10
52
1.62
48038409--48038453
14
2.9
16
87
9
58
42
8
0
48
1.34
48038407--48038453
16
2.9
16
81
12
53
42
8
0
48
1.33
48040483--48040549
27
2.5
26
83
9
80
22
25
13
38
1.90
48040720--48040922
81
2.5
81
79
4
221
30
21
13
34
1.91
48040731--48040909
27
6.6
27
85
2
198
31
21
12
34
1.91
48044831--48044891
19
3.2
19
78
17
81
29
0
8
62
1.24
48044826--48044911
38
2.2
39
89
8
140
30
1
6
61
1.29
48049645--48049821
40
4.4
40
90
2
268
24
22
27
25
2.00
48055516--48055651
59
2.4
57
82
5
148
28
22
13
35
1.92
48055816--48055968
53
2.9
52
81
7
159
29
24
13
33
1.93
48059337--48059368
16
2.0
16
100
0
64
12
6
6
75
1.19
48061474--48061510
19
1.9
19
88
0
56
16
2
5
75
1.10
48061560--48061617
19
3.0
19
76
16
57
70
1
8
18
1.21
48062978--48063029
6
8.7
6
86
0
59
1
7
13
76
1.07
48062972--48063034
18
3.5
18
71
16
67
4
6
11
77
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
48066007--48066067
29
2.1
29
96
0
113
47
11
19
21
1.81
48067247--48067302
21
2.6
22
80
2
60
12
26
44
16
1.83
48075744--48075928
52
3.6
52
79
5
187
47
23
10
18
1.80
48075785--48075928
26
5.6
26
83
4
175
47
20
11
20
1.80
48075785--48075945
26
6.3
26
79
13
149
47
20
12
19
1.82
48081747--48081779
17
2.1
16
88
11
50
30
0
0
69
0.88
48081826--48081884
21
2.8
22
85
7
70
23
0
6
69
1.12
48081855--48081902
26
1.9
24
87
8
69
31
0
4
64
1.12
48081858--48081915
25
2.3
26
79
5
66
25
0
3
70
1.03
48081994--48082027
5
6.6
5
86
6
50
5
61
32
0
1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770