genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  218  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65166309--65166343	18	2.1	16	89	10	52	28	14	0	57	1.38
65167172--65167245	29	2.6	29	91	4	114	25	31	16	27	1.96
65169078--65169285	40	5.2	40	81	2	184	25	22	25	26	2.00
65169083--65169285	80	2.5	80	81	4	214	25	22	26	25	2.00
65174812--65174969	45	3.5	45	81	4	185	21	15	29	33	1.94
65178881--65179065	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
65178882--65179073	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
65178881--65179098	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
65186922--65187106	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
65186923--65187114	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
65186922--65187139	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
65188567--65188623	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
65189866--65189897	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
65191522--65191789	27	10.1	27	76	11	232	39	19	9	31	1.83
65191522--65191906	54	7.1	54	71	11	229	39	18	9	32	1.83
65191702--65191847	29	5.1	28	75	13	109	44	14	9	31	1.77
65191859--65192056	27	7.3	27	83	2	227	28	23	8	40	1.83
65191839--65192014	81	2.2	81	85	0	226	30	21	8	39	1.83
65191859--65192052	81	2.4	81	87	1	264	28	23	7	40	1.82
65192061--65192498	27	16.3	27	88	2	569	33	21	20	24	1.97
65193399--65193489	6	14.8	6	70	17	62	20	18	14	46	1.84
65193376--65193447	31	2.3	31	92	2	117	20	15	12	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65193411--65193475	25	2.6	25	92	0	103	20	20	13	46	1.84
65193389--65193480	31	3.2	30	77	17	104	20	19	13	46	1.83
65195434--65195714	27	10.3	27	80	5	262	39	18	8	32	1.82
65195693--65195890	27	7.3	27	86	0	252	28	23	8	39	1.83
65195693--65195890	81	2.4	81	89	0	297	28	23	8	39	1.83
65195895--65196463	27	21.2	27	85	7	576	34	20	20	24	1.97
65195895--65196464	81	7.1	81	85	5	658	34	20	20	24	1.97
65197092--65197193	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
65197330--65197401	31	2.3	31	92	2	117	20	15	13	50	1.78
65197365--65197428	25	2.6	25	84	0	74	18	20	12	48	1.80
65203205--65203304	27	3.5	28	82	5	112	35	28	12	25	1.91
65204147--65204171	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
65204394--65204463	30	2.2	34	78	17	78	8	17	1	72	1.16
65208941--65209040	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
65210122--65210182	27	2.3	27	85	2	79	8	13	1	77	1.07
65213724--65213763	19	2.0	20	85	4	55	42	12	17	27	1.85
65218304--65218412	22	4.9	22	87	3	128	31	18	23	26	1.97
65218303--65218425	45	2.7	46	82	5	151	32	18	22	26	1.97
65228884--65229055	48	3.6	48	78	12	194	22	27	18	31	1.97
65229234--65229292	6	9.7	6	77	17	59	50	16	13	18	1.77
65229415--65229474	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
65229471--65229504	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65229770--65229913	27	5.3	27	87	3	184	24	20	19	36	1.95
65229895--65230074	27	6.7	27	77	7	125	30	8	22	37	1.85
65229892--65230080	81	2.3	80	74	3	191	31	8	22	36	1.85
65231448--65231494	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
65237858--65237967	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
65245904--65246013	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
65249353--65249417	15	4.4	15	81	9	80	9	15	13	61	1.56
65249349--65249417	30	2.3	30	85	7	97	8	14	17	59	1.60
65251907--65252079	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
65251904--65252074	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
65259459--65259631	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
65259459--65259628	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
65263764--65263863	29	3.5	27	80	5	92	30	32	16	22	1.95
65271570--65271714	40	3.6	40	88	0	182	26	24	26	22	2.00
65271574--65271777	80	2.5	79	80	3	210	26	22	26	24	2.00
65279647--65279749	38	2.7	38	89	6	154	27	22	26	24	2.00
65279649--65279787	40	3.5	39	85	7	158	25	23	28	23	2.00
65291043--65291297	27	9.6	27	77	7	218	40	18	9	32	1.82
65291041--65291297	53	4.8	53	79	5	207	39	19	8	32	1.82
65291045--65291297	80	3.2	80	80	6	264	40	18	8	32	1.81
65291025--65291309	27	10.7	26	76	8	204	40	18	8	32	1.82
65291261--65291376	27	4.3	27	78	6	101	37	16	13	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65291103--65291376	54	5.1	54	76	6	168	39	17	10	32	1.85
65291103--65291322	80	2.7	78	80	5	228	40	17	9	33	1.81
65294185--65294249	28	2.3	28	89	0	94	21	16	35	26	1.95
65294566--65294846	27	10.7	27	81	6	274	38	18	10	32	1.85
65294566--65294846	53	5.3	53	78	8	245	38	18	10	32	1.85
65294624--65294877	27	9.5	28	81	6	131	37	17	12	32	1.87
65294799--65294890	27	3.5	27	84	8	91	35	13	17	33	1.88
65298415--65298488	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
65298356--65298488	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
65306292--65306365	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
65306233--65306365	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
65308619--65308766	42	3.5	42	79	12	160	24	15	27	33	1.95
65312857--65312917	27	2.3	26	80	5	68	32	22	13	31	1.92
65312860--65312917	26	2.1	27	78	9	64	31	24	13	31	1.94
65313022--65313111	28	3.3	28	87	4	130	21	22	21	35	1.96
65313021--65313136	27	4.3	27	81	9	130	21	21	21	35	1.96
65318348--65318396	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65319219--65319385	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
65326041--65326089	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65326912--65327078	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
65341876--65341964	28	3.2	28	85	4	119	21	21	21	35	1.96
65343424--65343545	42	2.9	42	87	3	165	30	15	25	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65344722--65344768	20	2.3	20	92	0	76	17	27	34	21	1.95
65349442--65349633	40	4.8	40	88	1	285	22	22	27	26	1.99
65349441--65349631	81	2.4	81	91	0	301	23	23	27	26	2.00
65352608--65352776	49	3.5	49	79	4	164	27	21	28	21	1.99
65352469--65352724	142	1.8	137	79	6	289	26	18	27	26	1.98
65362142--65362179	15	2.6	15	87	4	51	18	13	7	60	1.56
65368417--65368527	49	2.3	49	80	3	134	27	19	28	23	1.98
65370578--65370627	25	2.0	25	84	0	64	44	20	8	28	1.79
65373210--65373404	73	2.7	73	83	1	248	41	30	11	16	1.84
65376629--65376681	25	2.1	25	89	0	79	16	30	30	22	1.96
65377772--65377946	47	3.7	47	68	7	122	36	24	14	25	1.93
65377743--65377943	94	2.1	94	86	1	296	35	24	14	24	1.94
65379088--65379112	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
65385766--65385886	47	2.6	47	85	2	145	34	28	14	22	1.94
65386075--65386126	25	2.1	25	100	0	104	46	15	7	30	1.74
65390019--65390080	29	2.1	29	81	6	70	25	24	14	35	1.93
65390272--65390414	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
65390272--65390413	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
65390271--65390414	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
65390464--65390524	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
65391854--65392463	27	22.6	27	85	5	732	41	9	21	27	1.83
65395505--65395647	24	6.0	24	90	4	200	26	21	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65395505--65395646	47	3.0	48	89	5	198	26	21	22	28	1.99
65395504--65395647	71	2.0	72	87	4	211	26	21	22	29	1.99
65395697--65395757	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
65395800--65395847	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
65397088--65397563	27	17.6	27	84	6	552	41	9	21	27	1.85
65412816--65413053	49	4.8	49	81	5	271	29	26	17	26	1.97
65412832--65413060	100	2.3	98	82	4	271	29	27	17	26	1.97
65414495--65414743	49	4.9	49	80	4	264	28	26	18	26	1.98
65414508--65414743	50	4.7	49	79	5	211	28	26	18	26	1.98
65424186--65424333	53	2.8	53	90	2	208	31	27	14	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770