genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.332.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  332  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101606651--101606810	39	4.1	39	91	0	257	24	32	20	23	1.98
101613278--101613425	37	3.9	37	93	2	242	22	33	20	22	1.98
101618710--101618798	23	3.7	26	71	13	82	42	1	4	51	1.29
101618826--101619031	15	13.6	15	70	23	73	30	2	2	64	1.21
101618822--101618997	27	6.3	27	80	13	107	29	3	1	64	1.21
101618816--101618941	12	10.9	11	76	18	73	32	3	0	63	1.13
101618818--101619000	62	3.0	61	74	20	150	29	3	1	65	1.20
101618945--101618999	11	4.5	11	75	20	56	25	1	5	67	1.22
101618927--101619012	27	3.1	27	89	5	118	26	2	4	66	1.23
101618913--101619015	38	2.7	38	82	8	113	28	1	4	65	1.24
101619029--101619102	31	2.3	33	86	6	100	51	0	4	44	1.20
101624817--101624980	40	4.1	39	81	4	168	25	28	21	24	1.99
101624817--101624980	80	2.0	80	84	2	213	25	28	21	24	1.99
101632814--101632977	40	4.1	40	81	1	186	26	28	21	24	1.99
101643631--101643797	83	2.0	83	94	0	289	33	17	20	27	1.96
101652587--101652634	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
101652678--101652736	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
101652682--101652736	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
101652787--101652858	24	3.0	24	83	6	92	27	20	23	27	1.99
101653050--101653144	31	3.1	31	93	0	163	38	15	22	23	1.92
101653675--101653766	45	2.0	45	100	0	184	13	38	20	28	1.90
101657157--101657316	30	5.5	29	87	6	207	26	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101657157--101657316	29	5.5	30	87	8	213	26	25	13	33	1.94
101657157--101657316	59	2.8	57	88	4	214	26	25	13	33	1.94
101663906--101663964	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
101663910--101663964	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
101664015--101664086	24	3.0	24	83	6	92	27	20	23	27	1.99
101664278--101664372	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
101668139--101668306	40	4.2	40	83	3	187	24	21	26	27	1.99
101670516--101670759	40	6.2	40	87	5	336	26	27	21	24	1.99
101678554--101678796	40	6.2	40	87	4	334	25	26	22	25	2.00
101685997--101686181	46	4.0	45	78	14	180	29	21	28	21	1.98
101686976--101687109	42	3.2	42	93	3	216	14	23	34	26	1.94
101690448--101690495	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
101690539--101690597	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
101690648--101690742	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
101690649--101690742	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
101690934--101691096	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
101690958--101691073	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
101690934--101691073	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
101698689--101698736	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
101698780--101698838	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
101698889--101698983	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
101698890--101698983	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101699175--101699337	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
101699199--101699314	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
101699175--101699314	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
101702261--101702386	61	2.0	63	95	4	229	23	19	25	31	1.98
101702336--101702519	100	1.8	100	88	2	280	25	18	26	29	1.98
101702336--101702525	50	3.8	50	78	6	206	25	18	25	30	1.98
101707061--101707130	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
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101717851--101717960	40	2.8	37	84	10	123	21	29	24	24	1.99
101717851--101717997	79	1.9	79	83	8	192	21	27	23	27	1.99
101720499--101720629	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
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101726586--101726628	18	2.4	18	92	0	68	13	34	30	20	1.92
101727328--101727378	24	2.1	24	88	0	75	58	9	15	15	1.62
101727778--101727822	24	1.9	24	82	13	58	42	15	20	22	1.89
101729505--101729530	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
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101743743--101743875	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
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101749615--101749838	99	2.3	99	85	3	290	25	17	26	29	1.97
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101770222--101770475	79	3.2	80	89	5	358	24	22	27	25	1.99
101770222--101770449	40	5.8	40	93	2	347	23	21	28	26	1.99
101770222--101770475	40	6.4	38	91	5	332	24	22	27	25	1.99
101772782--101772986	40	5.2	41	84	6	205	25	22	26	24	2.00
101779972--101779999	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
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101852269--101852542	89	3.1	88	83	2	327	28	23	13	35	1.92
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101907315--101907486	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
101913207--101913246	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
101914483--101914530	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
101914891--101914932	11	3.7	11	93	6	75	83	7	0	9	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101914891--101914933	12	3.7	12	87	6	70	83	6	0	9	0.80
101920144--101920183	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
101921421--101921468	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
101925878--101925916	13	3.0	13	100	0	78	15	0	7	76	0.99
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101934221--101934247	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
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101947134--101947173	11	3.6	11	93	0	71	10	0	7	82	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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