Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  755  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
239320016--239320114
27
3.7
27
87
5
121
45
20
7
27
1.76
239320041--239320160
27
4.4
27
83
4
109
40
18
13
27
1.88
239323852--239323941
27
3.3
27
85
3
119
40
17
10
32
1.83
239323852--239323958
54
2.0
54
81
7
128
38
20
10
30
1.86
239323947--239324263
27
11.8
27
85
1
323
28
22
8
41
1.83
239323947--239324263
54
5.9
54
90
1
449
28
22
8
41
1.83
239323947--239324263
81
3.9
81
89
1
424
28
22
8
41
1.83
239324242--239324327
27
3.2
27
86
6
86
41
24
5
27
1.78
239324256--239324382
54
2.4
53
79
11
141
43
19
9
27
1.82
239324256--239324354
27
3.7
27
87
5
121
45
20
7
27
1.76
239324281--239324400
27
4.4
27
83
4
109
40
18
13
27
1.88
239328075--239328133
26
2.2
26
85
8
75
40
15
8
35
1.77
239328090--239328178
27
3.3
27
85
6
110
39
16
10
33
1.83
239328192--239328502
27
11.5
27
85
0
388
28
20
8
41
1.82
239328481--239328566
27
3.2
27
86
6
86
41
24
5
27
1.78
239328192--239328502
54
5.8
54
90
0
442
28
20
8
41
1.82
239328495--239328621
54
2.4
53
79
11
141
43
19
9
27
1.82
239328495--239328593
27
3.7
27
87
5
121
45
20
7
27
1.76
239328520--239328639
27
4.4
27
83
4
109
40
18
13
27
1.88
239329256--239329325
29
2.5
28
90
4
106
44
25
10
20
1.82
239331479--239331524
11
4.5
11
78
13
53
32
19
13
34
1.90
239335143--239335202
21
2.6
23
79
17
70
28
18
21
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
239356578--239356648
24
3.0
24
82
12
76
19
14
33
32
1.92
239356588--239356658
24
3.0
24
87
0
88
21
12
32
33
1.91
239368456--239368641
40
4.7
40
88
5
218
25
21
26
26
1.99
239368509--239368664
80
2.0
79
82
8
192
26
20
26
26
1.99
239377618--239377833
39
5.5
40
86
4
271
25
27
22
24
2.00
239377651--239377837
39
4.7
40
86
5
272
25
27
22
24
2.00
239377651--239377837
79
2.4
79
87
6
272
25
27
22
24
2.00
239380721--239380820
28
3.5
28
86
5
112
30
27
14
29
1.95
239382078--239382106
11
2.6
11
100
0
58
6
6
0
86
0.72
239385081--239385215
29
4.7
29
86
3
155
23
31
15
29
1.95
239385027--239385216
58
3.3
58
77
4
179
24
33
16
26
1.96
239393066--239393200
29
4.7
29
86
3
155
23
31
15
29
1.95
239393012--239393201
58
3.3
58
77
4
179
24
33
16
26
1.96
239400726--239400752
10
2.7
10
100
0
54
18
11
29
40
1.85
239405913--239405948
14
2.8
14
84
16
51
13
8
5
72
1.27
239407567--239407593
10
2.7
10
100
0
54
18
11
29
40
1.85
239410147--239410177
12
2.6
12
100
0
62
45
12
16
25
1.83
239410180--239410204
12
2.1
12
100
0
50
76
0
16
8
1.02
239410174--239410229
18
3.1
18
76
5
51
69
3
19
7
1.27
239410180--239410261
30
2.7
31
81
5
105
64
1
21
12
1.33
239412796--239412822
10
2.7
10
100
0
54
18
11
29
40
1.85
239413739--239413821
30
2.7
30
81
9
89
13
21
1
63
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
239413772--239413827
18
3.1
18
76
5
51
7
19
3
69
1.27
239413797--239413821
12
2.1
12
100
0
50
8
16
0
76
1.02
239413824--239413853
12
2.5
12
100
0
60
23
16
13
46
1.82
239413932--239413964
10
3.4
10
87
4
50
0
18
6
75
1.00
239415359--239415438
41
2.0
41
100
0
160
43
15
5
36
1.68
239415935--239416030
47
2.0
49
95
4
178
41
22
8
27
1.82
239418946--239419075
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
239418962--239419113
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
239418962--239419111
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
239426925--239427053
40
3.3
39
82
5
170
24
27
23
24
2.00
239426941--239427090
40
3.8
39
82
5
153
22
27
23
27
1.99
239426925--239427090
80
2.1
78
83
8
203
22
27
22
27
1.99
239428632--239428733
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
239432267--239432299
2
16.5
2
93
0
57
51
3
0
45
1.16
239433374--239433399
12
2.2
12
100
0
52
0
0
7
92
0.39
239434460--239434710
88
2.9
88
77
9
246
36
18
18
25
1.94
239434729--239435081
74
4.9
70
78
6
328
33
22
15
28
1.95
239448364--239448487
25
5.0
24
77
9
115
33
24
16
25
1.96
239452128--239452351
40
5.6
40
86
6
310
25
26
23
24
2.00
239452128--239452351
83
2.8
80
88
4
317
25
26
23
24
2.00
239460358--239460537
40
4.6
40
90
2
276
25
26
23
24
2.00
239467672--239467739
15
4.6
15
80
7
77
11
17
11
58
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
239467663--239467740
15
5.3
15
77
9
72
11
17
14
56
1.67
239467663--239467739
30
2.6
30
80
10
86
11
16
14
57
1.66
239470113--239470288
46
3.8
46
81
10
223
21
21
28
28
1.98
239470109--239470280
93
1.8
93
94
0
308
21
21
29
27
1.99
239474395--239474421
10
2.7
10
100
0
54
18
11
29
40
1.85
239476375--239476432
28
2.1
28
100
0
116
18
20
13
46
1.83
239477212--239477285
26
2.8
26
83
4
87
21
21
20
36
1.95
239477235--239477287
26
2.0
26
92
0
88
20
20
20
37
1.94
239480176--239480211
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
239486845--239486966
29
4.2
29
88
1
156
25
28
14
31
1.95
239499528--239499673
40
3.7
40
84
0
175
24
27
21
26
2.00
239499560--239499711
40
3.8
40
84
5
164
23
25
22
28
1.99
239507646--239507787
40
3.5
40
85
0
167
23
28
22
26
1.99
239507678--239507829
40
3.8
40
82
5
155
22
25
23
28
1.99
239516822--239516950
40
3.2
40
81
5
156
23
24
28
24
1.99
239524192--239524314
40
3.1
40
80
5
126
26
23
28
21
1.99
239548453--239548483
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
239552175--239552284
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
239557972--239558076
25
4.2
26
91
7
157
35
24
5
34
1.79
239564621--239564728
39
2.8
39
85
4
139
29
20
25
24
1.99
239572547--239572713
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
239576361--239576510
65
2.2
69
92
7
263
18
27
18
36
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
239576361--239576544
67
2.8
65
87
7
210
20
27
17
34
1.95
239582396--239582559
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
239582396--239582593
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
239588476--239588639
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
239588476--239588673
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
239592163--239592292
40
3.3
39
82
4
163
23
24
27
23
2.00
239596151--239596332
40
4.6
40
76
4
127
20
25
24
29
1.99
239604166--239604372
40
5.2
40
81
2
175
21
26
24
28
1.99
239604509--239604538
11
2.8
11
95
5
53
46
10
6
36
1.64
239612724--239612794
27
2.6
27
93
4
115
28
26
14
30
1.95
239615418--239615751
50
6.6
50
76
4
348
30
25
17
26
1.97
239615410--239615593
101
1.8
101
95
0
332
30
24
17
26
1.97
239615569--239615750
101
1.8
100
84
4
249
29
25
18
26
1.98
239615418--239615752
151
2.2
151
90
0
526
30
25
17
26
1.97
239616100--239616146
19
2.3
20
82
10
60
48
14
0
36
1.44
239617093--239617380
48
6.0
48
87
2
393
24
16
31
27
1.96
239617100--239617380
144
2.0
143
89
2
438
24
16
31
27
1.96
239619605--239619655
12
4.2
12
78
11
52
33
0
1
64
1.05
239619623--239619655
13
2.7
13
90
9
52
33
0
3
63
1.10
239624311--239624486
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
239624307--239624478
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
239628464--239628593
40
3.2
40
81
2
163
23
23
28
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
239636419--239636548
40
3.2
40
81
2
163
23
23
28
24
2.00
239640408--239640503
24
3.8
24
86
10
138
39
15
20
23
1.91
239640397--239640523
52
2.4
52
89
1
191
37
14
22
25
1.92
239640407--239640523
24
4.4
27
80
16
122
38
14
22
24
1.92
239640542--239640791
51
4.9
51
86
2
351
32
13
23
30
1.93
239644336--239644395
30
2.0
30
86
0
84
30
23
8
38
1.84
239649618--239649658
21
2.0
21
85
0
55
21
17
41
19
1.90
239651864--239651923
30
2.0
30
90
0
93
28
25
8
38
1.84
239655955--239656085
29
4.5
29
88
0
163
29
15
31
23
1.95
239663850--239663973
30
4.2
29
86
5
151
32
13
29
25
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770