Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  135  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39616592--39616764
46
3.7
46
80
11
210
29
26
21
22
1.99
39618169--39618208
20
2.0
20
100
0
80
15
15
30
40
1.87
39618693--39618883
39
4.9
39
92
0
310
24
23
30
21
1.99
39620549--39620609
30
2.0
30
83
3
77
34
24
4
36
1.77
39628208--39628242
17
2.0
18
88
5
54
20
22
37
20
1.95
39628299--39628481
29
6.3
29
87
0
260
26
14
29
30
1.95
39644519--39644626
29
3.8
29
86
1
155
25
13
30
29
1.94
39645891--39645934
22
2.0
22
95
0
79
25
13
22
38
1.91
39646841--39646892
26
2.0
26
81
7
61
46
3
0
50
1.20
39649711--39649746
18
2.0
18
100
0
72
33
22
27
16
1.95
39658009--39658213
40
5.2
40
82
5
209
26
21
26
24
2.00
39658008--39658213
80
2.6
77
83
5
232
26
21
26
25
2.00
39666015--39666199
40
4.6
39
85
4
217
28
22
25
23
2.00
39666014--39666220
80
2.6
80
83
4
247
26
22
26
25
2.00
39666013--39666220
40
5.2
39
83
5
211
26
22
25
25
2.00
39668557--39668672
61
1.9
59
82
6
144
42
4
2
50
1.35
39675153--39675271
43
2.8
40
80
15
123
20
15
32
31
1.93
39675181--39675271
43
2.1
43
89
2
139
21
16
31
29
1.95
39678866--39678923
15
3.9
15
79
0
71
55
15
17
12
1.70
39686266--39686530
44
6.0
44
78
3
246
35
18
17
28
1.94
39686477--39686594
51
2.3
52
83
1
148
38
17
16
27
1.91
39687129--39687242
3
38.7
3
78
3
106
32
2
5
59
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39688482--39688536
20
2.8
20
86
10
85
50
0
27
21
1.49
39690457--39690586
66
2.0
65
96
3
244
47
7
16
27
1.74
39693178--39693277
32
3.2
29
76
13
85
62
2
3
33
1.22
39693224--39693275
22
2.5
22
81
15
65
63
1
1
32
1.16
39693227--39693264
20
1.9
20
89
10
60
68
0
2
28
1.03
39693178--39693252
32
2.4
33
78
10
86
62
1
2
33
1.17
39694019--39694094
33
2.3
33
80
6
84
48
0
2
48
1.15
39694159--39694217
20
2.9
21
82
14
70
38
3
1
55
1.26
39695189--39695261
37
2.0
37
100
0
146
35
9
16
38
1.81
39697499--39697543
23
2.0
23
90
0
72
11
22
26
40
1.87
39697606--39697661
26
2.3
27
79
17
68
19
16
21
42
1.89
39699904--39699944
21
2.0
21
85
0
55
29
2
7
60
1.36
39706526--39706795
46
5.7
48
82
5
250
30
20
25
22
1.98
39706623--39706795
95
1.8
96
91
3
287
30
20
26
22
1.98
39706716--39706937
49
4.7
49
75
10
210
27
21
28
22
1.99
39714546--39714665
45
2.6
46
84
5
145
31
17
27
23
1.97
39714731--39714857
49
2.6
49
80
9
152
28
22
27
22
1.99
39714640--39714807
92
1.8
91
80
8
198
27
16
27
27
1.97
39716211--39716255
21
2.1
21
91
0
72
15
35
22
26
1.94
39718278--39718306
14
2.0
15
93
6
51
27
0
20
51
1.47
39719105--39719134
15
2.0
15
93
0
51
36
0
13
50
1.42
39721174--39721234
30
2.1
29
84
9
79
62
6
6
24
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39721278--39721328
20
2.4
22
83
6
70
64
0
1
33
1.05
39721280--39721328
23
2.2
22
85
10
64
63
0
2
34
1.06
39726762--39726819
25
2.3
26
82
11
68
44
1
5
48
1.35
39726777--39726834
31
1.9
29
82
6
71
39
3
5
51
1.41
39726865--39726889
12
2.1
12
100
0
50
52
0
0
48
1.00
39729332--39729380
20
2.5
20
86
0
62
40
10
8
40
1.69
39729520--39729565
22
2.2
20
84
7
56
32
21
6
39
1.79
39730170--39730216
18
3.1
15
78
21
53
27
4
0
68
1.08
39732372--39732411
20
2.1
19
86
13
55
35
10
7
47
1.65
39736723--39736856
62
2.2
59
82
5
162
42
3
5
48
1.43
39736965--39737015
25
2.0
24
85
7
66
43
9
9
37
1.71
39738907--39738959
15
3.4
16
80
17
58
49
7
1
41
1.42
39738925--39738956
17
1.9
16
93
6
55
50
9
0
40
1.35
39740791--39740824
11
3.0
11
86
4
50
76
2
0
20
0.92
39740845--39740942
19
5.2
18
72
10
63
60
6
3
30
1.36
39740833--39740955
9
13.1
9
71
14
70
60
6
2
30
1.34
39741539--39741577
3
13.0
3
94
0
69
33
0
2
64
1.08
39745079--39745257
40
4.6
40
80
7
192
26
23
24
25
2.00
39745113--39745257
79
1.8
78
84
7
195
27
24
24
23
2.00
39745079--39745280
39
5.2
40
78
6
175
25
22
25
26
2.00
39753208--39753392
40
4.6
40
82
2
228
26
23
25
24
2.00
39762080--39762417
170
2.0
170
96
0
622
36
23
12
26
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39763400--39763547
39
3.8
39
86
3
201
27
26
20
25
1.99
39763386--39763540
77
2.0
78
84
3
206
27
27
20
25
1.99
39765359--39765386
13
2.2
13
100
0
56
78
0
0
21
0.75
39765343--39765432
45
2.0
45
95
4
164
60
2
8
28
1.39
39774130--39774168
20
2.0
20
94
0
69
43
0
2
53
1.14
39777169--39777341
46
3.7
46
79
10
208
21
20
27
29
1.98
39777166--39777336
93
1.8
93
93
0
297
21
21
28
28
1.98
39777566--39777603
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
39784740--39784911
45
3.7
46
78
11
190
22
20
26
29
1.99
39784737--39784909
46
3.7
47
78
12
171
22
21
27
28
1.99
39785136--39785173
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
39793229--39793363
72
1.9
71
83
5
177
40
5
6
48
1.52
39794605--39794629
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
39814430--39814566
60
2.3
61
81
11
158
25
24
20
29
1.99
39814559--39814604
20
2.3
20
82
14
60
28
28
17
26
1.98
39814571--39814614
19
2.2
20
84
4
54
34
25
18
22
1.96
39827783--39827817
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
39828742--39828930
105
1.8
105
92
2
326
24
14
16
44
1.85
39829603--39829634
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
39836136--39836216
30
2.7
30
75
3
83
22
28
27
22
1.99
39839921--39840050
40
3.3
39
83
4
163
23
28
25
23
1.99
39848905--39848982
29
2.7
29
85
0
102
26
16
33
23
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39856753--39856817
29
2.2
29
86
0
94
30
18
29
21
1.97
39858878--39859005
40
3.2
39
84
4
159
21
28
26
23
1.99
39866103--39866205
29
3.6
29
87
0
143
25
33
15
26
1.95
39869510--39869665
29
5.4
29
82
4
172
26
16
31
25
1.97
39875100--39875259
29
5.5
29
82
4
180
26
16
31
25
1.97
39882953--39883112
29
5.5
29
82
4
180
26
16
31
25
1.97
39886344--39886379
18
2.0
18
100
0
72
50
22
0
27
1.50
39901773--39901821
24
2.0
24
96
0
89
36
22
16
24
1.94
39905710--39905776
33
2.0
33
94
0
116
25
5
17
50
1.69
39906123--39906200
30
2.6
30
85
4
95
25
28
25
20
1.99
39917514--39917559
19
2.4
19
85
10
67
32
0
8
58
1.28
39918117--39918197
31
2.6
29
79
11
81
48
2
0
49
1.14
39918117--39918196
30
2.5
32
80
9
85
48
2
0
48
1.14
39918185--39918224
17
2.6
16
84
15
57
60
0
0
40
0.97
39918202--39918254
27
2.0
27
81
7
63
50
0
0
49
1.00
39920611--39920653
22
1.9
22
95
4
77
37
13
6
41
1.72
39926279--39926450
93
1.8
93
94
0
308
27
29
20
21
1.98
39926271--39926446
46
3.8
46
79
10
214
28
28
20
21
1.98
39932438--39932537
27
3.5
28
84
5
121
35
28
13
24
1.92
39935258--39935368
24
4.6
24
87
3
134
27
16
22
34
1.95
39940867--39941076
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
39949001--39949210
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39953514--39953614
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
39953543--39953618
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
39961405--39961505
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
39961434--39961509
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
39968157--39968235
41
1.9
41
100
0
158
25
8
35
30
1.86
39970141--39970210
27
2.5
28
86
2
97
32
25
14
27
1.94
39970218--39970324
42
2.5
42
96
0
196
22
33
14
28
1.94
39974765--39974834
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
39983608--39983899
27
10.9
27
77
5
207
39
22
8
29
1.83
39983607--39983900
81
3.7
80
84
3
349
38
22
8
29
1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770