genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.511.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  511  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158363781--158363883	54	1.9	54	87	0	152	38	20	17	23	1.93
158364549--158364600	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
158368539--158368642	40	2.6	40	93	3	174	31	29	16	22	1.95
158369215--158369253	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
158376777--158376880	40	2.6	40	96	0	190	29	29	18	22	1.97
158378729--158378832	42	2.5	42	90	3	165	19	32	27	20	1.96
158381530--158381659	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
158389498--158389627	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
158395781--158395827	14	3.4	14	72	21	53	44	8	10	36	1.70
158395772--158395827	28	2.0	28	100	0	112	42	10	10	35	1.74
158404069--158404198	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
158408079--158408286	53	3.9	54	75	1	184	21	24	16	38	1.93
158410019--158410091	35	2.1	36	97	2	139	12	13	30	43	1.81
158413696--158413857	39	4.2	39	92	1	254	23	20	31	24	1.98
158413696--158413887	39	4.9	39	89	1	242	23	21	31	23	1.98
158418548--158418621	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
158418605--158418679	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
158418548--158418679	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
158426696--158426859	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
158426696--158426893	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
158434266--158434429	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
158434266--158434463	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158438655--158438852	69	2.9	66	70	8	171	35	23	21	20	1.96
158438655--158438920	138	1.9	137	82	5	331	35	22	21	19	1.96
158438816--158439108	69	4.3	68	81	6	243	34	24	21	18	1.96
158438682--158439066	138	2.8	138	76	9	320	34	24	21	18	1.96
158440757--158440914	39	4.1	39	95	3	284	20	25	31	22	1.98
158440757--158440914	76	2.1	78	95	2	284	20	25	31	22	1.98
158446462--158446580	39	3.1	39	95	2	206	20	25	31	22	1.98
158452126--158452247	39	3.1	39	95	3	210	19	24	31	23	1.98
158466539--158466745	40	5.2	40	84	1	218	25	22	26	25	2.00
158466540--158466745	79	2.6	77	83	5	241	25	22	26	25	2.00
158476323--158476490	40	4.2	40	80	5	173	23	26	21	28	1.99
158479632--158479823	40	4.8	39	81	3	179	22	22	29	25	1.99
158479632--158479823	79	2.4	80	83	5	228	22	22	29	25	1.99
158483008--158483174	47	3.5	49	77	10	134	35	19	21	23	1.96
158483064--158483241	47	3.8	47	80	9	143	37	16	23	23	1.94
158483099--158483216	47	2.5	47	95	0	209	37	13	23	25	1.92
158483207--158483420	55	4.0	54	82	4	243	38	16	24	21	1.93
158483199--158483416	54	4.0	53	82	5	240	38	16	23	21	1.92
158487796--158487994	42	4.7	43	82	9	223	22	17	26	33	1.96
158487812--158487994	85	2.1	85	88	8	282	21	16	27	33	1.95
158491278--158491407	29	4.5	29	86	6	165	31	13	26	28	1.94
158499291--158499419	28	4.5	29	84	3	154	31	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158499291--158499419	57	2.2	58	86	4	172	31	13	26	28	1.94
158506490--158506646	43	3.7	41	78	10	138	23	17	26	33	1.96
158508329--158508431	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
158514289--158514472	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
158514329--158514517	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
158521042--158521249	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
158521043--158521249	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
158529157--158529364	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
158529158--158529364	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
158537291--158537342	24	2.2	24	100	0	104	38	15	38	7	1.76
158543726--158543828	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
158551974--158552139	40	4.2	39	79	9	169	26	22	27	23	2.00
158559968--158560118	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
158560005--158560134	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
158561661--158561724	31	2.1	31	85	5	85	25	25	15	34	1.95
158561914--158562075	23	7.0	23	80	11	170	26	21	22	29	1.99
158561914--158562075	69	2.3	69	86	8	222	26	21	22	29	1.99
158561914--158562075	46	3.5	46	82	8	195	26	21	22	29	1.99
158562133--158562207	9	7.9	9	69	16	53	36	20	9	34	1.84
158562129--158562209	20	4.2	20	90	4	130	33	18	12	35	1.88
158563518--158564091	27	21.6	27	82	7	629	40	9	22	27	1.84
158563518--158564089	79	7.2	81	81	8	591	40	9	22	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158563516--158564091	132	4.3	135	84	8	659	40	9	22	27	1.84
158563518--158564091	186	3.1	185	86	5	750	40	9	22	27	1.84
158567424--158567584	36	4.4	37	82	11	206	24	19	29	26	1.98
158567415--158567584	74	2.3	76	83	13	237	24	20	29	25	1.99
158575277--158575499	40	5.5	40	89	4	290	24	21	28	25	1.99
158577166--158577195	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
158577606--158577716	27	4.1	27	90	1	161	15	24	22	37	1.93
158579257--158579329	29	2.6	29	84	6	87	30	28	16	24	1.96
158595499--158595531	8	4.1	8	96	0	57	51	0	21	27	1.48
158595893--158596010	44	2.8	42	75	14	114	22	16	25	35	1.95
158595898--158596054	43	3.7	43	76	11	117	24	17	24	34	1.96
158609055--158609164	40	2.8	40	87	0	148	19	28	23	29	1.98
158620252--158620420	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
158623937--158624039	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
158626041--158626089	24	2.0	24	96	0	89	32	18	8	40	1.80
158630085--158630111	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
158631798--158631861	31	2.0	32	87	3	94	17	9	17	56	1.66
158633662--158633707	24	1.9	24	82	8	58	28	21	6	43	1.77
158641583--158641807	41	5.5	41	92	3	314	23	25	24	26	2.00
158645236--158645266	16	1.9	16	93	0	53	35	25	3	35	1.72
158649168--158649391	40	5.7	40	84	6	183	25	26	22	26	2.00
158649168--158649391	78	2.8	79	82	9	285	25	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158657242--158657428	40	4.6	41	81	10	181	25	27	22	25	2.00
158657240--158657428	83	2.3	80	80	11	215	25	27	22	24	2.00
158662813--158662974	41	3.9	41	73	20	156	27	26	22	22	1.99
158667771--158667858	32	2.8	32	91	0	140	29	27	18	25	1.98
158670270--158670324	21	2.6	21	100	0	110	29	16	30	23	1.96
158671883--158672149	39	7.0	39	91	2	409	21	25	28	23	1.99
158684090--158684249	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
158684090--158684249	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
158691997--158692097	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
158691996--158692097	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
158694611--158694654	22	2.0	22	91	8	72	31	4	29	34	1.78
158699609--158699671	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
158716388--158716540	29	5.4	28	79	6	155	27	15	30	27	1.96
158718570--158718701	43	3.1	42	70	12	115	27	17	28	27	1.98
158721629--158721667	20	2.0	20	100	0	78	38	15	5	41	1.69
158724553--158724627	31	2.4	31	88	0	123	13	33	34	18	1.90
158724573--158724640	31	2.2	30	82	10	75	11	35	32	20	1.89
158726289--158726433	40	3.6	40	85	4	193	23	25	25	25	2.00
158734242--158734420	40	4.6	39	81	4	175	23	26	24	25	2.00
158734277--158734420	40	3.6	40	87	3	193	22	26	25	25	2.00
158735129--158735154	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
158742128--158742277	41	3.7	41	85	1	221	21	23	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158750344--158750445	40	2.5	40	76	4	116	22	24	27	25	2.00
158754581--158754715	26	5.2	25	92	7	200	36	23	5	34	1.77
158758643--158758805	52	3.1	51	81	8	186	34	23	24	17	1.96
158758643--158758805	27	6.3	27	83	11	180	34	23	24	17	1.96
158758650--158758803	25	6.0	25	81	9	159	33	22	25	18	1.97
158760407--158760562	26	6.2	26	88	8	225	35	25	4	33	1.76
158760444--158760483	20	2.0	20	95	0	71	30	32	0	37	1.58
158760418--158760566	46	3.1	46	85	11	208	34	26	4	34	1.75
158760407--158760562	72	2.1	73	90	7	242	35	25	4	33	1.76
158764502--158764664	26	6.3	27	81	10	169	33	22	24	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770