genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.339.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  339  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103786876--103786913	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
103793162--103793230	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
103794857--103794894	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
103797925--103798035	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
103798799--103798827	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
103802249--103802333	28	3.0	28	78	13	102	28	29	14	28	1.95
103819882--103820068	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
103819882--103820035	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
103819886--103820068	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
103819886--103820103	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
103823465--103823639	46	3.8	46	77	15	200	20	20	29	29	1.98
103823462--103823632	92	1.8	93	93	3	301	21	21	29	28	1.98
103825200--103825379	40	4.4	40	82	1	207	37	25	13	23	1.92
103825200--103825379	80	2.2	80	86	3	236	37	25	13	23	1.92
103825557--103825633	38	2.0	38	100	0	154	37	10	5	46	1.60
103830218--103830457	40	6.0	40	85	3	272	25	28	22	23	1.99
103830237--103830421	79	2.3	80	87	0	264	25	28	23	22	1.99
103833923--103834032	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
103833923--103834072	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
103841634--103841875	40	6.1	40	84	4	269	24	27	23	23	2.00
103841646--103841876	79	2.9	78	81	5	259	24	27	23	24	2.00
103856175--103856313	46	3.0	47	77	12	142	34	14	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103865562--103865619	24	2.4	24	80	8	64	63	12	5	18	1.46
103868120--103868329	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
103880432--103880580	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
103880473--103880580	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
103884983--103885160	80	2.2	80	82	4	200	26	19	26	26	1.99
103884983--103885160	40	4.5	40	79	4	173	26	19	26	26	1.99
103886800--103886961	29	5.6	29	87	1	209	25	32	16	25	1.96
103894769--103894929	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
103899497--103899531	11	3.2	11	95	0	61	8	62	0	28	1.24
103904741--103904923	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
103907271--103907339	29	2.4	29	100	0	138	30	14	27	27	1.95
103907271--103907399	29	4.4	29	84	3	102	27	16	31	25	1.96
103911656--103911738	41	2.0	41	97	0	157	27	7	21	43	1.79
103913532--103913720	56	3.2	59	90	5	294	35	14	24	24	1.93
103913562--103913720	29	5.5	29	94	4	286	37	14	24	23	1.93
103917629--103917811	40	4.6	39	80	5	154	24	24	27	24	2.00
103917629--103917813	79	2.3	82	81	7	220	23	23	28	24	2.00
103922777--103922835	29	2.0	29	96	0	109	30	15	6	47	1.71
103930684--103930944	47	5.6	45	71	16	126	29	20	27	21	1.98
103930723--103930944	47	4.7	47	76	8	177	29	20	29	21	1.98
103930684--103930944	140	1.9	141	79	11	304	29	20	27	21	1.98
103935235--103935271	18	2.0	18	89	5	56	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103935486--103935531	22	2.1	22	84	8	58	65	10	0	23	1.24
103939471--103939592	29	4.2	29	89	2	183	31	29	13	25	1.94
103939478--103939591	57	2.0	58	91	1	185	29	29	14	26	1.95
103943191--103943267	34	2.3	34	84	4	93	23	28	23	24	1.99
103946368--103946438	25	2.8	25	91	6	108	26	22	21	29	1.99
103946394--103946465	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
103946659--103946743	30	2.8	30	84	5	118	29	18	25	25	1.98
103954307--103954377	25	2.8	25	91	2	106	26	25	21	26	1.99
103954306--103954404	25	4.0	24	81	12	78	28	24	21	26	1.99
103954598--103954680	30	2.7	31	88	3	125	32	20	25	21	1.98
103962268--103962438	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
103962260--103962435	46	3.8	46	81	12	225	28	28	21	21	1.98
103970428--103970587	39	4.2	39	88	3	243	24	33	19	23	1.97
103973835--103973870	12	2.9	12	91	4	54	16	27	0	55	1.42
103973835--103973870	18	1.9	19	88	5	56	16	27	0	55	1.42
103978164--103978369	40	5.2	39	83	6	222	25	28	21	24	1.99
103978164--103978368	39	5.2	39	84	3	232	25	28	20	24	1.99
103978164--103978369	79	2.6	77	83	6	250	25	28	21	24	1.99
103986204--103986411	40	5.2	39	85	4	240	25	27	22	24	2.00
103990297--103990331	17	2.0	18	88	5	54	5	34	40	20	1.76
103990649--103990674	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
103993545--103993577	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103998466--103998633	46	3.6	45	74	13	164	28	27	21	22	1.99
103998458--103998644	46	4.1	45	71	15	141	28	28	20	22	1.98
104001013--104001092	15	5.4	15	77	7	74	57	12	17	12	1.65
104001013--104001101	30	3.0	30	77	8	83	56	14	16	12	1.68
104001028--104001101	15	4.9	15	75	9	62	55	14	17	12	1.69
104004041--104004212	93	1.8	93	88	2	265	29	27	20	22	1.98
104004135--104004220	46	1.9	45	85	4	120	31	29	18	20	1.97
104007344--104007372	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
104025644--104025819	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
104025641--104025812	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
104031031--104031180	40	3.8	40	78	8	139	26	22	28	23	1.99
104038267--104038397	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
104042829--104043004	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
104042826--104042997	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
104052507--104052559	24	2.2	24	93	0	88	20	41	28	9	1.83
104058647--104058826	40	4.6	40	78	8	172	24	25	28	22	1.99
104058647--104058797	78	1.9	80	85	5	209	25	23	28	23	1.99
104058647--104058826	78	2.3	80	81	6	206	24	25	28	22	1.99
104062681--104062853	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
104062678--104062848	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
104063077--104063114	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
104070241--104070413	46	3.7	46	77	13	201	21	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104070238--104070408	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
104070637--104070674	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
104077436--104077495	24	2.5	24	86	0	84	28	18	28	25	1.98
104078596--104078675	40	2.0	40	100	0	160	45	10	10	35	1.71
104081047--104081116	27	2.6	27	93	2	113	28	27	14	30	1.95
104086222--104086295	30	2.5	30	88	6	114	39	22	9	28	1.85
104089335--104089422	40	2.4	35	80	17	90	19	4	4	71	1.21
104089381--104089445	22	2.9	22	78	15	62	16	4	3	75	1.10
104094482--104094708	48	4.9	48	74	10	209	29	24	17	29	1.97
104094534--104094620	42	2.1	42	80	4	95	31	21	17	29	1.96
104094502--104094669	90	1.9	90	82	2	212	29	23	16	30	1.96
104102479--104102708	48	4.9	48	76	8	213	30	23	17	29	1.97
104102534--104102620	42	2.1	42	84	0	111	32	22	16	28	1.96
104104136--104104467	48	6.9	48	75	6	253	29	17	27	25	1.98
104104146--104104419	96	2.9	96	83	4	329	30	17	27	24	1.97
104105382--104105445	31	2.1	31	87	0	92	26	23	12	37	1.90
104105659--104105854	25	8.1	24	87	5	227	27	21	20	29	1.98
104105638--104105853	46	4.5	49	85	6	239	27	22	21	28	1.99
104105665--104105853	50	3.9	48	88	4	274	28	22	21	28	1.99
104105660--104105853	23	8.1	23	84	7	253	27	22	21	28	1.99
104105967--104106014	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
104107173--104107256	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104107173--104107273	27	3.7	27	88	5	116	20	22	22	33	1.97
104107315--104107654	27	12.6	27	77	4	175	33	9	19	37	1.84
104107406--104107600	81	2.4	81	87	2	277	29	8	21	40	1.83
104107406--104107627	81	2.8	81	84	3	207	31	9	21	38	1.84
104107578--104107707	27	4.9	27	90	0	172	40	10	21	27	1.85
104110307--104110477	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
104110300--104110474	46	3.8	46	79	13	207	29	29	20	20	1.98
104110348--104110486	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
104117417--104117588	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
104117410--104117585	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770