genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.742.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  742  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235118430--235118477	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
235118520--235118580	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
235118629--235118745	46	2.5	48	86	8	152	29	20	23	27	1.99
235118629--235118745	24	5.0	24	87	6	152	29	20	23	27	1.99
235118936--235118999	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
235128985--235129032	22	2.2	23	81	7	55	20	4	0	75	0.97
235135286--235135388	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
235135529--235135722	48	4.0	48	93	0	316	31	28	5	35	1.79
235138349--235138516	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
235142008--235142080	28	2.6	28	84	2	92	23	34	16	26	1.95
235149799--235149877	29	2.7	29	86	0	86	22	32	16	27	1.96
235157641--235157719	29	2.7	29	86	0	86	22	32	16	27	1.96
235161454--235161657	40	5.1	40	87	2	243	25	28	22	24	1.99
235169421--235169624	40	5.1	39	86	3	239	25	27	22	24	1.99
235177497--235177660	40	4.2	40	78	9	142	25	27	20	26	1.99
235177511--235177639	40	3.2	40	82	3	154	25	27	20	25	1.99
235177511--235177660	79	1.9	80	80	4	178	26	28	20	26	1.99
235182370--235182536	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
235182370--235182536	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
235183361--235183406	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
235190361--235190527	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
235190377--235190527	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235191352--235191397	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
235196865--235196996	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
235199799--235199874	26	3.0	25	92	5	125	34	5	25	35	1.78
235201072--235201144	34	2.1	35	97	2	139	19	10	35	34	1.87
235201504--235201642	27	5.2	26	87	6	179	17	24	23	35	1.95
235201504--235201642	53	2.6	55	89	3	203	17	24	23	35	1.95
235205567--235205650	26	3.2	26	94	0	141	34	4	25	35	1.77
235207264--235207343	27	3.0	27	96	0	142	21	25	22	31	1.98
235208738--235208919	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
235208768--235208920	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
235212341--235212443	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
235213977--235214003	11	2.5	11	100	0	54	18	14	33	33	1.92
235219680--235219742	30	2.1	31	90	3	101	23	25	15	34	1.95
235219954--235220096	23	6.1	23	94	3	241	28	21	22	27	1.99
235219958--235220096	70	2.0	70	95	0	251	28	22	23	25	1.99
235219933--235220097	47	3.5	47	90	5	253	27	22	22	27	1.99
235220148--235220207	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
235220250--235220296	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
235224646--235224709	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
235224922--235225105	23	8.1	23	92	7	297	28	21	21	27	1.99
235224901--235225106	45	4.5	47	89	9	302	28	22	21	27	1.99
235224900--235225101	66	3.0	66	87	9	291	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235225156--235225215	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
235225258--235225305	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
235229656--235229719	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
235229931--235230095	23	7.1	23	93	4	262	29	21	21	27	1.99
235229910--235230095	69	2.6	71	88	6	281	28	22	21	27	1.99
235230147--235230206	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
235230249--235230296	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
235234638--235234700	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
235234892--235235087	24	8.0	24	86	9	229	27	22	21	28	1.99
235234892--235235087	46	4.0	48	85	10	238	27	22	21	28	1.99
235235137--235235196	20	3.0	20	92	0	102	31	21	11	35	1.90
235235239--235235286	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
235240205--235240242	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
235241863--235241931	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
235243145--235243185	19	2.3	18	84	12	50	24	7	19	48	1.74
235248188--235248225	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
235249836--235249904	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
235258582--235258689	50	2.1	52	93	3	184	33	4	25	37	1.76
235258582--235258689	26	4.2	26	94	4	184	33	4	25	37	1.76
235260156--235260204	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
235264360--235264468	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
235265942--235265994	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235267346--235267413	3	22.7	3	100	0	136	66	0	0	33	0.92
235278337--235278561	47	4.7	47	80	10	228	24	30	18	26	1.98
235278389--235278556	93	1.8	92	88	6	259	25	30	17	26	1.97
235293205--235293391	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
235293228--235293391	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
235293228--235293425	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
235295977--235296342	44	8.2	44	68	14	198	28	16	26	28	1.97
235295820--235296316	224	2.2	223	86	3	694	29	16	23	29	1.97
235296207--235296362	44	3.5	45	84	6	212	27	14	28	29	1.95
235298779--235298944	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
235298795--235298944	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
235306766--235306932	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
235306782--235306932	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
235313731--235313800	26	2.6	27	88	11	99	28	27	14	30	1.95
235324698--235324846	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
235324739--235324846	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
235332815--235332963	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
235332856--235332963	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
235338144--235338259	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
235338157--235338259	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
235338156--235338289	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
235345666--235345781	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235345679--235345781	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
235345678--235345811	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
235353194--235353309	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
235353207--235353309	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
235353206--235353339	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
235356393--235356436	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
235356595--235356632	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
235358259--235358315	28	2.0	28	100	0	114	45	26	10	17	1.81
235362190--235362227	19	2.0	19	100	0	76	52	10	21	15	1.72
235364300--235364466	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
235364300--235364466	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
235365287--235365332	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
235372287--235372452	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
235372303--235372414	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
235372303--235372452	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
235373276--235373321	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
235380801--235380930	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
235380801--235380963	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
235383598--235383635	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
235391729--235391858	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
235391729--235391892	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
235396438--235396555	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235396406--235396569	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
235403783--235403900	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
235403751--235403914	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
235408258--235408296	19	2.1	19	100	0	78	33	25	15	25	1.95
235412036--235412069	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
235414892--235415059	40	4.2	40	80	6	180	25	22	27	25	2.00
235422856--235423022	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
235424398--235424444	21	2.1	23	88	7	71	10	12	46	29	1.76
235429259--235429428	91	1.8	92	93	2	297	28	30	20	21	1.98
235429252--235429425	46	3.8	46	76	15	198	29	29	20	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770