genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.405.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  405  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124423234--124423379	37	3.9	37	93	0	238	25	30	19	23	1.98
124423525--124423917	48	8.1	48	93	2	669	31	26	5	35	1.80
124423528--124423914	98	4.0	96	94	1	666	31	26	5	35	1.80
124423525--124423917	194	2.0	193	94	2	691	31	26	5	35	1.80
124431741--124431779	17	2.3	17	90	0	60	38	38	0	23	1.55
124431747--124431780	17	2.0	17	100	0	68	35	35	0	29	1.58
124433430--124433510	31	2.6	31	90	0	135	27	27	16	29	1.97
124433533--124433623	42	2.2	42	85	0	119	37	20	12	29	1.89
124433768--124433918	26	5.8	26	87	2	214	26	21	23	28	1.99
124435957--124436086	40	3.2	40	81	4	156	23	27	24	23	2.00
124435980--124436124	40	3.6	40	80	3	150	20	26	24	27	1.99
124443930--124444096	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
124446716--124446866	40	3.8	39	84	2	151	23	27	23	26	2.00
124446716--124446866	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
124454701--124454890	80	2.4	79	82	4	213	23	26	24	25	2.00
124454701--124454850	40	3.8	40	91	2	214	23	28	25	23	2.00
124454701--124454891	40	4.8	40	85	4	185	23	26	24	25	2.00
124462098--124462272	46	3.8	46	77	7	210	29	26	21	22	1.99
124462103--124462273	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
124465808--124465886	28	2.8	28	88	0	113	34	10	25	30	1.89
124467892--124468104	29	7.4	29	73	5	191	16	17	36	28	1.92
124467862--124468104	57	4.2	57	94	2	407	17	17	36	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124467862--124468104	113	2.1	114	94	2	425	17	17	36	28	1.93
124473035--124473113	28	2.8	28	88	0	113	34	10	25	30	1.89
124475855--124476020	24	7.0	24	91	4	257	27	21	22	28	1.99
124475855--124476021	71	2.3	71	92	3	273	27	21	22	28	1.99
124475855--124476020	47	3.5	48	90	4	257	27	21	22	28	1.99
124476078--124476134	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
124476066--124476136	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
124476071--124476125	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
124476173--124476220	25	1.9	25	86	0	69	27	14	25	33	1.94
124477345--124477565	27	8.2	27	86	4	302	39	9	23	27	1.85
124477544--124477739	27	7.3	27	84	6	186	31	8	19	40	1.81
124477616--124477756	27	5.3	26	84	2	138	31	7	19	41	1.78
124480470--124480495	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
124488497--124488522	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
124490099--124490219	40	3.0	40	93	0	206	23	19	28	28	1.98
124495503--124495673	93	1.8	93	93	2	299	29	28	19	22	1.98
124495498--124495670	46	3.7	46	78	14	203	30	27	19	22	1.98
124496091--124496150	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
124504505--124504578	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
124504562--124504637	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
124504505--124504637	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
124517131--124517233	29	3.6	28	78	5	107	22	16	32	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124522789--124522852	11	5.4	13	71	21	59	51	14	0	34	1.42
124522789--124522861	23	3.2	23	92	0	119	52	13	0	34	1.41
124529424--124529569	42	3.5	42	80	4	143	30	16	24	28	1.96
124536975--124537124	42	3.5	42	83	3	176	31	17	24	27	1.97
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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