genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  50  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14331713--14331877	45	3.6	45	89	4	224	24	15	30	28	1.96
14333169--14333202	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
14336966--14336992	14	1.9	14	100	0	54	40	7	14	37	1.74
14337671--14337729	30	2.0	30	82	0	73	33	8	25	32	1.86
14339809--14339894	43	2.0	43	86	8	122	24	31	20	23	1.98
14349788--14349826	17	2.3	17	95	0	69	20	7	12	58	1.58
14352635--14352671	13	2.8	13	95	0	65	67	10	8	13	1.41
14356325--14356366	20	2.1	20	100	0	84	23	4	21	50	1.68
14357235--14357296	30	2.1	30	100	0	124	32	3	37	27	1.73
14358246--14358301	27	2.1	27	89	0	85	37	21	10	30	1.87
14358256--14358453	27	7.3	27	78	5	186	37	19	16	26	1.92
14358256--14358474	81	2.7	81	85	2	262	37	18	17	26	1.93
14358291--14358478	27	7.0	27	77	4	164	36	18	18	26	1.94
14358990--14359046	6	9.3	6	75	17	55	17	17	15	49	1.81
14359963--14360146	67	2.8	64	75	10	178	29	16	29	23	1.97
14361232--14361262	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
14363014--14363144	45	3.0	44	86	4	183	26	29	20	23	1.99
14368858--14368999	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
14368897--14369025	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
14375541--14375581	17	2.4	17	88	8	57	70	0	19	9	1.14
14376867--14377032	40	4.2	40	79	7	171	26	21	27	24	1.99
14383883--14383981	24	4.1	24	98	0	189	37	28	16	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14398054--14398086	15	2.2	16	89	10	52	24	0	21	54	1.45
14398378--14398407	11	2.6	11	94	5	51	80	3	6	10	1.01
14404044--14404233	101	1.9	101	87	0	281	30	25	18	24	1.98
14404041--14404238	50	3.9	50	77	3	218	30	26	18	25	1.98
14404636--14404682	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
14407069--14407276	27	7.7	27	81	1	229	28	20	9	41	1.83
14407069--14407277	81	2.6	81	85	3	269	28	20	9	41	1.83
14407069--14407332	81	3.3	81	78	5	207	31	20	8	38	1.83
14407255--14407565	54	5.7	54	75	9	231	39	19	9	31	1.83
14407255--14407558	80	3.7	80	74	7	231	40	19	8	31	1.82
14407255--14407564	27	11.4	27	78	5	207	39	19	9	31	1.83
14407609--14407660	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
14408388--14408454	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
14408504--14408634	26	5.2	26	90	2	198	28	20	22	28	1.99
14408775--14408863	42	2.1	42	91	0	142	24	12	22	40	1.88
14408887--14408965	31	2.5	31	97	0	149	27	17	26	27	1.98
14428882--14429049	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
14436910--14437076	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
14440733--14440780	25	1.9	25	91	0	78	33	22	14	29	1.94
14440811--14440864	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
14440910--14440982	26	2.8	26	86	8	105	24	26	21	27	2.00
14441202--14441285	31	2.7	31	94	1	143	30	17	27	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14448887--14448979	46	2.0	46	95	0	168	45	11	18	24	1.83
14452199--14452366	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
14463909--14463979	24	2.9	25	78	4	72	28	25	16	29	1.97
14467512--14467756	49	4.9	49	83	3	319	28	26	18	25	1.98
14468404--14468463	30	2.0	30	87	6	86	30	26	6	36	1.82
14469289--14469435	75	2.0	75	87	0	213	46	8	13	30	1.74
14469536--14469624	44	2.0	44	95	0	160	42	8	6	41	1.63
14471168--14471324	43	3.7	43	80	3	172	31	22	15	29	1.95
14475558--14475876	46	7.0	46	92	1	498	38	14	25	22	1.92
14475563--14475881	137	2.3	136	90	1	388	38	14	25	22	1.92
14478934--14478971	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
14480846--14481165	46	7.0	46	92	0	498	38	14	25	22	1.91
14484218--14484255	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
14486140--14486229	46	2.0	46	95	0	162	35	14	25	24	1.93
14487597--14487944	184	1.9	184	100	0	696	27	8	18	45	1.78
14490143--14490352	52	4.2	51	75	13	179	32	27	15	25	1.95
14498429--14498483	20	2.8	20	84	10	62	36	12	16	34	1.87
14498533--14498616	25	3.4	25	80	6	100	27	21	23	27	1.99
14506061--14506117	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
14506167--14506288	25	4.8	25	87	3	163	25	21	22	30	1.99
14506167--14506301	51	2.7	51	89	4	195	27	20	22	29	1.98
14508509--14508672	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14508509--14508706	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
14511153--14511325	46	3.7	46	76	13	192	22	21	26	28	1.99
14511150--14511320	93	1.8	93	93	0	297	22	22	27	28	1.99
14516147--14516251	55	1.9	55	90	0	165	20	23	27	27	1.99
14521749--14521866	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
14521717--14521880	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
14529326--14529443	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
14529294--14529457	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
14531238--14531284	20	2.3	20	100	0	94	29	0	25	44	1.54
14537584--14537806	46	4.9	45	73	15	138	23	26	19	30	1.98
14538447--14538474	13	2.2	13	100	0	56	28	42	0	28	1.56
14542161--14542261	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
14542161--14542343	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
14550255--14550438	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
14555929--14555976	23	2.1	23	100	0	96	25	16	8	50	1.73
14559126--14559223	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
14564266--14564396	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
14564265--14564396	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
14573079--14573249	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
14575345--14575475	30	4.5	30	85	8	162	28	26	13	31	1.94
14575344--14575475	58	2.3	58	84	4	167	28	27	13	31	1.94
14580965--14581062	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14587739--14587799	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14609453--14609477	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14613277--14613349	36	2.0	36	94	0	128	53	10	15	20	1.71
14616320--14616364	23	2.0	23	81	0	54	24	17	26	31	1.97
14619344--14619420	39	2.0	39	100	0	154	35	10	18	36	1.85
14621561--14621634	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
14621502--14621634	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
14629265--14629433	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
14637273--14637450	40	4.5	40	83	3	180	23	25	22	28	1.99
14643049--14643233	40	4.6	40	80	3	219	22	26	25	25	2.00
14647171--14647208	13	2.9	13	100	0	76	13	39	31	15	1.86
14650398--14650447	12	4.2	12	89	2	66	36	0	2	62	1.07
14650405--14650454	3	16.7	3	87	0	73	36	0	2	62	1.07
14650398--14650454	12	5.1	12	77	14	59	36	0	1	61	1.07
14652533--14652707	46	3.8	46	76	13	198	21	21	27	29	1.99
14658022--14658197	46	3.8	46	76	12	198	21	21	27	29	1.98
14658019--14658189	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
14705205--14705324	49	2.5	49	97	1	224	31	9	29	30	1.88
14705300--14705477	48	3.7	48	90	1	266	34	7	26	31	1.85
14705517--14705644	37	3.4	37	92	1	211	22	17	33	26	1.96
14707572--14708036	40	11.6	40	90	0	680	27	20	25	26	1.99
14711864--14711984	49	2.5	49	98	0	233	31	9	28	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14711960--14712137	48	3.7	48	86	1	239	34	7	25	32	1.85
14712185--14712304	37	3.2	37	93	0	204	23	16	35	25	1.95
14718019--14718169	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
14718019--14718168	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
14721530--14721669	72	1.9	72	89	0	217	27	14	33	25	1.94
14725137--14725162	13	2.0	13	100	0	52	7	7	7	76	1.15
14731857--14731886	14	2.1	14	100	0	60	36	0	20	43	1.52
14732360--14732396	18	2.1	18	100	0	74	51	21	16	10	1.74
14740522--14740568	6	7.8	6	80	7	51	4	2	27	65	1.22
14740511--14740568	30	2.0	29	82	3	71	10	3	24	62	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770