Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  711  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
224637191--224637222
11
2.8
12
86
13
50
34
0
0
65
0.93
224637346--224637408
30
2.1
30
96
0
117
57
12
3
26
1.51
224637446--224637485
11
3.6
11
82
0
53
57
5
15
22
1.57
224637578--224637604
12
2.2
12
100
0
54
14
44
25
14
1.84
224641144--224641320
40
4.4
40
85
4
234
23
22
27
25
2.00
224644059--224644092
15
2.3
15
94
0
59
14
32
23
29
1.94
224648683--224648890
40
5.2
40
82
2
202
25
23
25
25
2.00
224648685--224648890
80
2.6
80
83
3
236
25
23
26
24
2.00
224656726--224656933
40
5.2
40
82
2
202
25
23
25
25
2.00
224656728--224656933
80
2.6
80
83
3
236
25
23
26
24
2.00
224665539--224665587
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
224672750--224672798
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
224679979--224680027
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
224680849--224681015
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
224690792--224690883
28
3.3
28
92
6
152
33
28
8
29
1.87
224690796--224690880
27
3.1
27
93
5
136
32
28
9
29
1.88
224690989--224691077
27
3.2
27
87
6
126
19
24
23
32
1.97
224690989--224691102
55
2.1
55
83
9
144
18
24
21
35
1.96
224692156--224692189
10
3.3
10
84
8
50
29
8
8
52
1.62
224698728--224698911
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
224698768--224698956
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
224706829--224707012
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
224706869--224707057
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
224710303--224710354
26
2.0
26
100
0
104
26
26
11
34
1.91
224711053--224711131
28
2.8
29
80
3
88
29
35
16
18
1.93
224711030--224711130
29
3.5
28
76
10
89
26
34
17
20
1.95
224714770--224714922
41
3.8
40
87
6
186
23
27
24
24
2.00
224714729--224714922
40
4.8
40
83
6
189
24
27
23
24
2.00
224714738--224714922
81
2.3
81
78
9
198
24
26
24
24
2.00
224719025--224719166
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
224719064--224719192
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
224727010--224727170
29
5.6
29
93
0
259
26
14
32
26
1.95
224734608--224734768
29
5.6
29
93
0
259
26
14
32
26
1.95
224738443--224738506
31
2.1
31
93
0
110
23
23
15
37
1.93
224738720--224738851
22
6.1
22
93
6
211
30
22
20
26
1.98
224738720--224738851
43
3.1
43
93
6
216
30
22
20
26
1.98
224738817--224738871
18
2.9
18
91
8
83
21
27
20
30
1.98
224738918--224738984
20
3.3
20
93
0
116
32
20
11
34
1.90
224738918--224738973
11
5.5
11
71
16
57
32
19
12
35
1.89
224746539--224746601
30
2.1
31
90
3
101
23
20
15
39
1.91
224746815--224746933
23
5.1
23
95
2
211
29
21
21
26
1.99
224746984--224747050
20
3.3
20
93
0
116
32
20
11
34
1.90
224746984--224747039
11
5.5
11
71
16
57
32
19
12
35
1.89
224747390--224747432
17
2.5
17
100
0
86
27
34
30
6
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
224750413--224750620
40
5.2
40
84
2
220
25
26
22
25
2.00
224758444--224758651
40
5.2
39
84
1
218
25
25
22
25
2.00
224758444--224758649
80
2.6
81
84
3
247
25
26
22
25
2.00
224763202--224763417
38
5.7
38
87
8
289
25
28
21
24
1.99
224763202--224763417
75
2.8
76
86
8
289
25
28
21
24
1.99
224764644--224764676
10
3.4
10
87
8
50
0
15
0
84
0.61
224764645--224764681
13
2.9
13
92
4
58
0
16
0
83
0.64
224764596--224764733
62
2.2
62
80
6
145
15
18
10
55
1.68
224771233--224771478
76
3.2
75
82
8
271
26
27
20
25
1.99
224771266--224771485
39
5.7
38
87
5
273
26
28
21
23
1.99
224776027--224776186
29
5.6
29
82
3
83
25
32
16
25
1.96
224776086--224776186
29
3.5
29
94
2
186
26
29
14
28
1.95
224783853--224784041
29
6.6
29
84
4
96
25
31
15
26
1.96
224783912--224784041
58
2.3
57
95
1
233
26
29
14
29
1.95
224783883--224784041
87
1.8
86
86
4
230
26
31
15
27
1.95
224786510--224786681
80
2.2
80
83
8
208
34
23
20
20
1.96
224786510--224786681
40
4.3
41
81
10
187
34
23
20
20
1.96
224786836--224786880
14
3.2
14
80
0
54
26
0
24
48
1.51
224787702--224787733
15
2.1
15
94
0
55
59
0
9
31
1.29
224797651--224797701
25
1.9
27
84
11
70
29
17
1
50
1.57
224807220--224807274
28
2.1
28
86
10
80
32
1
20
45
1.61
224811461--224811501
9
4.7
9
93
6
75
41
0
0
58
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
224811461--224811501
17
2.4
17
95
4
73
41
0
0
58
0.98
224811495--224811881
133
2.9
133
98
0
747
21
9
18
50
1.75
224813948--224813987
21
1.9
21
94
0
71
30
10
12
47
1.74
224820431--224820742
42
7.5
43
84
8
333
25
19
23
30
1.98
224822096--224822134
20
2.0
20
100
0
78
41
5
15
38
1.69
224827215--224827367
29
5.4
28
78
7
155
27
30
15
27
1.96
224827221--224827367
58
2.6
58
80
7
174
27
29
14
27
1.96
224827424--224827458
16
2.1
17
89
5
54
22
34
22
20
1.97
224835753--224835915
38
4.2
39
77
11
140
24
26
22
25
2.00
224835844--224835920
39
2.0
39
86
0
109
23
25
20
29
1.99
224843751--224843917
40
4.2
39
78
3
156
25
25
21
26
2.00
224843846--224843922
39
2.0
39
86
0
109
23
25
20
29
1.99
224844843--224844880
20
2.1
19
85
14
53
76
0
15
7
1.01
224846189--224846291
29
3.6
29
81
2
118
23
16
32
28
1.96
224852584--224852621
20
2.1
19
85
14
53
76
0
15
7
1.01
224853928--224854030
29
3.6
29
81
2
118
23
16
32
28
1.96
224855509--224855666
49
3.2
49
98
0
307
31
25
8
34
1.86
224859377--224859558
89
2.0
89
85
4
242
37
17
14
30
1.89
224859493--224860157
73
9.0
73
72
17
412
32
19
16
31
1.94
224859493--224859935
70
6.1
73
81
10
425
32
19
16
31
1.94
224859526--224860157
143
4.3
144
72
18
491
32
19
16
31
1.94
224871938--224871967
2
15.5
2
93
6
53
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
224871974--224872028
25
2.3
23
78
12
58
43
3
16
36
1.65
224872541--224872577
19
1.9
19
94
0
65
51
2
13
32
1.55
224872634--224872689
24
2.3
24
82
14
62
57
8
3
30
1.47
224872661--224872735
30
2.5
30
81
10
82
56
6
2
34
1.40
224872764--224872822
25
2.5
23
80
17
68
62
3
0
33
1.12
224875171--224875199
4
7.2
4
100
0
58
0
24
0
75
0.80
224881532--224881642
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
224885446--224885609
40
4.1
40
79
6
179
25
21
28
25
1.99
224893480--224893643
40
4.1
40
79
6
179
25
21
28
25
1.99
224899235--224899460
24
9.5
24
93
2
348
21
19
25
34
1.96
224906513--224906542
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
224915211--224915353
39
3.7
39
90
2
234
26
20
30
22
1.99
224915212--224915393
77
2.3
79
89
2
269
24
22
29
23
1.99
224920554--224920621
25
2.7
25
73
13
68
23
26
20
29
1.99
224925950--224926080
29
4.5
29
78
5
122
25
17
32
25
1.97
224941516--224941686
79
2.2
79
83
3
209
26
25
21
26
2.00
224941516--224941686
40
4.3
40
77
5
177
26
25
21
26
2.00
224949593--224949760
40
4.2
40
82
2
196
25
27
22
25
2.00
224958231--224958402
46
3.8
45
80
11
215
21
21
27
29
1.99
224958228--224958397
92
1.8
92
96
0
313
21
21
28
28
1.99
224965789--224965958
46
3.8
45
74
15
163
22
18
27
31
1.97
224967895--224967974
41
1.9
43
85
10
112
30
27
16
26
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
224967894--224967994
44
2.4
41
80
11
107
30
28
15
24
1.96
224970041--224970095
28
2.0
28
100
0
110
29
30
7
32
1.84
224975000--224975024
13
1.9
13
100
0
50
0
32
0
68
0.90
224976094--224976150
27
2.1
27
90
0
87
47
22
12
17
1.81
224978074--224978289
40
5.4
40
87
2
294
25
27
22
24
2.00
224981763--224981836
29
2.6
29
95
0
139
27
31
14
27
1.95
224981704--224981836
58
2.3
58
80
2
133
24
33
17
24
1.96
224988476--224988605
29
4.5
29
98
0
244
23
24
14
36
1.93
224992377--224992488
29
3.9
29
97
0
206
25
31
14
28
1.95
224992357--224992488
58
2.3
58
90
0
183
25
31
15
28
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770