Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  179  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53510461--53510549
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
53510461--53510540
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
53510472--53510549
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
53513494--53513665
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
53513486--53513661
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
53515928--53516090
39
4.2
39
91
0
263
22
20
33
23
1.97
53515928--53516121
39
4.9
39
89
0
253
22
21
32
23
1.98
53518144--53518181
14
2.6
15
84
16
53
57
0
39
2
1.12
53520674--53520713
20
2.0
20
95
0
71
27
20
32
20
1.97
53526171--53526276
43
2.5
42
82
11
128
30
26
18
24
1.98
53532395--53532477
28
3.0
26
81
10
85
26
14
33
25
1.94
53532404--53532477
28
2.6
28
89
2
103
25
16
32
25
1.96
53540281--53540350
29
2.6
27
80
14
81
28
17
30
24
1.97
53544447--53544614
40
4.2
40
80
6
180
26
23
26
23
2.00
53552284--53552425
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
21
1.99
53552322--53552451
40
3.3
39
78
11
147
23
23
26
25
2.00
53557401--53557555
28
5.5
28
74
3
139
29
34
18
17
1.94
53557371--53557557
57
3.2
57
90
1
284
29
35
17
18
1.93
53557371--53557527
29
5.4
29
70
4
120
29
35
17
17
1.93
53559530--53559608
28
2.8
28
94
0
131
30
24
10
35
1.88
53565659--53565797
40
3.5
40
86
4
176
24
30
21
23
1.99
53573724--53573853
40
3.3
40
87
5
176
24
29
22
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53577958--53578005
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
53578053--53578108
11
5.5
11
71
16
57
35
12
19
32
1.89
53578048--53578108
20
3.0
20
95
0
113
34
11
19
34
1.88
53578157--53578323
24
7.0
24
93
3
257
28
22
22
26
1.99
53578157--53578324
71
2.3
71
90
4
257
29
22
22
26
1.99
53578515--53578577
31
2.1
31
90
3
101
36
15
23
23
1.94
53586080--53586127
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
53586170--53586230
20
3.0
20
92
0
104
34
11
21
32
1.89
53586280--53586398
24
5.0
24
88
5
170
28
21
22
26
1.99
53586280--53586398
47
2.5
48
89
5
170
28
21
22
26
1.99
53586590--53586652
31
2.1
31
90
3
101
36
15
23
23
1.94
53589147--53589189
19
2.2
20
83
4
52
34
0
20
44
1.52
53589782--53589911
49
2.7
49
79
2
154
30
20
26
23
1.98
53594971--53595024
27
2.0
27
85
0
72
38
7
14
38
1.75
53595270--53595514
49
4.9
50
79
3
280
27
17
26
28
1.98
53595273--53595514
100
2.4
98
83
3
306
27
18
25
28
1.98
53596931--53596963
16
2.1
16
94
0
57
24
3
51
21
1.62
53602514--53602618
27
3.9
28
82
9
119
37
21
23
17
1.94
53606040--53606092
27
2.0
27
100
0
106
30
30
11
28
1.91
53620574--53620786
94
2.3
90
81
9
236
24
19
31
23
1.98
53620620--53620786
46
3.7
44
81
4
172
23
18
32
24
1.97
53620616--53620786
90
1.9
93
84
9
235
23
19
32
23
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53620616--53620833
90
2.4
92
78
11
225
24
19
31
24
1.98
53622306--53622344
19
2.1
19
85
0
51
2
30
0
66
1.05
53624281--53624350
27
2.5
28
88
2
106
28
14
25
31
1.95
53624281--53624362
27
3.0
27
80
8
103
29
13
23
34
1.93
53632192--53632261
27
2.5
28
88
2
106
28
14
25
31
1.95
53632192--53632273
27
3.0
27
80
8
103
29
13
23
34
1.93
53638040--53638074
15
2.3
15
90
0
61
34
0
20
45
1.51
53639825--53639878
24
2.2
24
84
12
67
29
38
16
14
1.89
53643185--53643761
47
12.3
47
91
0
940
32
8
31
27
1.87
53651918--53651971
24
2.2
24
84
12
67
29
38
16
14
1.89
53657889--53657960
28
2.5
28
90
2
90
23
31
16
27
1.96
53657897--53657960
28
2.2
29
94
2
112
23
28
17
31
1.97
53659133--53659189
25
2.3
24
84
6
69
7
15
1
75
1.10
53665786--53665858
29
2.5
29
90
0
92
24
31
16
27
1.96
53667027--53667083
25
2.3
24
84
6
69
7
15
1
75
1.10
53670618--53670681
20
3.2
20
93
0
110
40
3
15
40
1.63
53670618--53670678
9
6.2
10
80
16
65
40
3
16
39
1.65
53672473--53672498
13
2.0
13
100
0
52
30
0
7
61
1.24
53673044--53673288
40
6.2
40
88
2
352
23
22
26
27
2.00
53673044--53673288
79
3.1
79
87
1
346
23
22
26
27
2.00
53673044--53673288
119
2.1
119
89
3
377
23
22
26
27
2.00
53677002--53677070
27
2.5
28
88
4
106
31
26
14
27
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53684921--53684990
27
2.5
28
88
2
106
31
25
14
28
1.95
53691560--53691845
40
7.2
40
92
1
450
24
22
25
27
2.00
53704417--53704509
27
3.4
27
82
11
100
16
23
22
37
1.93
53704417--53704528
54
2.1
54
81
6
129
16
23
21
39
1.92
53713236--53713762
48
11.0
48
92
0
831
35
6
25
31
1.82
53713807--53713951
37
3.9
37
94
0
245
23
18
33
24
1.97
53715183--53715415
40
5.8
40
92
0
340
25
20
27
26
1.99
53715591--53715642
25
2.1
25
85
7
70
28
7
32
30
1.85
53718903--53719523
48
13.0
48
92
1
987
35
6
26
31
1.82
53719568--53719711
37
3.9
37
94
0
245
23
18
33
24
1.97
53720665--53720707
22
2.0
22
90
0
68
9
23
0
67
1.19
53730511--53730617
27
3.9
27
83
9
128
15
23
23
37
1.93
53730511--53730620
54
2.0
54
85
3
150
15
23
22
38
1.92
53737701--53737766
30
2.2
30
88
0
105
25
25
27
21
1.99
53737802--53737832
14
2.2
14
94
0
53
29
48
16
6
1.70
53740457--53740624
40
4.2
40
85
5
198
26
27
22
23
1.99
53740457--53740624
80
2.1
80
86
4
232
26
27
22
23
1.99
53748466--53748633
40
4.2
40
85
5
207
26
28
22
23
1.99
53748466--53748633
80
2.1
80
87
4
241
26
28
22
23
1.99
53752141--53752316
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
53752138--53752309
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
53759677--53759852
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53759674--53759845
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
53764097--53764274
67
2.7
63
73
8
169
31
16
29
23
1.96
53767604--53767783
87
2.1
87
98
0
351
46
6
23
24
1.75
53770115--53770381
46
5.8
46
88
1
338
37
15
24
21
1.93
53778703--53778762
21
2.9
21
97
2
113
21
30
38
10
1.86
53779872--53780031
49
3.3
47
79
11
144
22
31
20
25
1.98
53779856--53780121
47
5.6
48
74
11
158
23
30
19
26
1.98
53783583--53783751
40
4.2
40
83
0
214
30
20
23
25
1.99
53783723--53783876
73
2.1
75
84
4
197
31
18
20
29
1.96
53784219--53784320
7
14.4
7
74
13
66
24
0
24
50
1.56
53785230--53785289
23
2.6
22
92
5
93
16
30
5
48
1.67
53785336--53785394
28
2.1
28
87
6
84
8
40
1
49
1.43
53787312--53787364
2
26.5
2
100
0
106
50
0
0
49
1.00
53789403--53789457
27
2.0
27
89
0
83
18
20
32
29
1.96
53797393--53797441
20
2.4
21
80
13
57
57
10
10
22
1.62
53801165--53801315
43
3.5
43
82
1
169
24
16
28
30
1.97
53803791--53803962
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
53803783--53803958
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
53806339--53806427
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
53806339--53806418
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
53806350--53806427
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
53809377--53809548
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53809369--53809544
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
53813630--53814290
49
13.5
49
94
0
1135
34
7
28
29
1.85
53814268--53814443
48
3.7
48
100
0
352
33
6
27
32
1.83
53816418--53816633
40
5.4
40
88
0
297
30
19
22
27
1.98
53819592--53820055
49
9.5
49
96
0
847
33
8
28
29
1.86
53820029--53820160
48
2.8
48
100
0
264
33
6
27
32
1.83
53819592--53820121
147
3.6
145
87
6
637
33
7
28
30
1.86
53820200--53820286
37
2.3
36
94
5
147
20
19
33
26
1.97
53824620--53824706
24
3.6
24
96
0
165
21
17
25
35
1.95
53824620--53824728
48
2.3
48
91
3
175
24
17
23
33
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770