Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  102  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29525870--29525910
19
2.1
20
95
4
75
70
4
24
0
1.06
29529529--29529555
10
2.7
10
100
0
54
77
7
0
14
0.97
29530478--29530525
15
3.2
15
77
8
53
75
2
20
2
1.02
29530549--29530578
12
2.4
13
94
5
53
56
13
10
20
1.65
29530573--29530604
6
5.5
6
96
3
57
87
0
12
0
0.54
29530588--29530653
30
2.2
30
86
0
87
59
0
24
16
1.37
29530570--29530637
12
5.8
12
75
5
50
67
0
19
13
1.22
29530630--29530692
30
2.1
30
82
5
74
55
1
30
12
1.47
29532011--29532073
3
21.0
3
100
0
126
66
0
0
33
0.92
29532580--29532624
22
2.0
22
86
0
63
75
0
0
24
0.80
29532991--29533576
268
2.2
264
84
3
737
22
24
20
32
1.97
29532993--29533565
44
12.9
44
67
11
224
22
24
20
32
1.98
29532991--29533577
88
6.6
88
85
2
712
22
24
20
32
1.98
29533426--29533727
150
2.0
150
86
1
426
21
24
19
35
1.96
29533576--29534358
88
9.0
87
83
6
931
20
24
22
33
1.97
29533683--29533827
44
3.3
44
69
18
138
20
23
22
34
1.97
29533803--29533935
44
3.0
43
68
14
119
19
27
21
30
1.98
29533940--29534081
44
3.2
44
66
20
116
21
21
21
35
1.96
29533984--29534304
44
7.3
44
66
14
160
19
24
23
32
1.97
29533594--29534358
345
2.2
347
86
4
1049
20
23
21
33
1.97
29534427--29534554
64
2.0
64
89
0
193
38
14
15
32
1.87
29538758--29538827
15
4.8
14
73
13
52
60
17
12
10
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29539995--29540024
12
2.4
12
94
5
51
0
10
6
83
0.81
29540820--29540844
12
2.1
12
100
0
50
28
0
16
56
1.41
29543863--29543988
6
20.3
6
71
18
89
48
14
17
19
1.81
29543877--29543988
31
3.6
31
91
1
161
48
14
17
19
1.81
29543920--29543977
19
3.4
19
65
30
58
46
17
17
18
1.84
29544125--29544202
27
2.9
26
84
3
84
33
20
24
21
1.97
29544385--29544449
22
3.0
21
73
13
60
35
23
21
20
1.96
29544903--29545205
27
11.2
27
90
2
361
24
21
21
32
1.98
29544877--29545205
54
6.1
53
87
1
426
24
21
20
32
1.98
29545190--29545401
27
7.9
27
80
5
135
32
8
21
37
1.83
29544901--29545198
81
3.7
81
88
0
445
24
21
21
32
1.98
29545270--29545422
54
2.8
54
83
3
166
31
7
20
39
1.81
29545237--29545431
81
2.4
82
83
3
225
32
8
20
37
1.83
29545298--29545422
27
4.6
27
87
0
178
31
7
20
40
1.80
29547998--29548051
23
2.5
23
82
8
60
59
7
0
33
1.25
29547955--29548153
99
2.0
100
97
1
373
55
7
4
33
1.47
29547955--29548112
49
3.2
50
70
13
148
56
6
5
32
1.46
29548097--29548150
23
2.5
23
82
8
60
59
7
0
33
1.25
29548346--29548464
15
8.1
15
71
17
58
65
1
7
25
1.28
29548359--29548466
29
3.8
28
70
12
85
63
1
8
25
1.32
29548340--29548424
44
1.9
44
81
13
104
65
0
9
24
1.22
29552047--29552205
43
3.7
43
77
9
148
31
27
17
23
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29557603--29557699
30
3.2
30
76
2
106
27
16
27
27
1.97
29559880--29559962
30
2.7
30
81
9
89
13
21
1
63
1.35
29559913--29559968
18
3.1
18
76
5
51
7
19
3
69
1.27
29559938--29559962
12
2.1
12
100
0
50
8
16
0
76
1.02
29560031--29560087
5
11.0
5
75
20
55
3
17
1
77
1.00
29560031--29560087
16
3.7
14
82
15
60
3
17
1
77
1.00
29560031--29560098
21
3.2
21
76
15
61
2
17
2
76
1.04
29561011--29561053
11
3.7
11
84
6
50
18
6
2
72
1.19
29560995--29561032
17
2.4
17
91
8
62
10
10
2
76
1.12
29562729--29562825
30
3.2
30
76
2
106
27
16
27
27
1.97
29563031--29563127
30
3.2
30
70
8
81
27
14
28
28
1.95
29562695--29563294
302
2.0
301
94
1
1051
29
17
28
25
1.97
29564405--29564500
30
3.2
29
74
2
93
28
27
15
29
1.96
29568035--29568080
19
2.5
19
75
13
51
58
8
0
32
1.28
29568294--29568330
10
3.7
10
88
0
56
37
18
29
13
1.90
29568291--29568338
20
2.4
20
71
0
51
31
16
31
20
1.95
29572626--29572673
20
2.4
20
75
0
60
20
29
18
31
1.97
29574958--29575023
26
2.6
26
76
11
75
9
21
0
69
1.15
29575386--29575430
14
3.3
14
78
6
56
35
0
15
48
1.45
29576412--29576471
29
2.1
29
93
0
102
41
30
0
28
1.56
29576418--29576465
15
3.3
15
73
5
53
43
27
0
29
1.55
29581078--29581118
15
2.8
14
85
10
55
12
26
4
56
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29581172--29581244
35
2.0
37
82
15
91
10
21
0
67
1.22
29585942--29585966
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
29592501--29592540
17
2.4
17
86
0
53
22
17
37
22
1.94
29594143--29594186
21
2.1
20
84
16
54
59
0
0
40
0.98
29594349--29594402
26
2.1
26
100
0
108
31
7
11
50
1.66
29596546--29596717
46
3.7
46
78
12
149
27
18
30
23
1.97
29596549--29596717
92
1.8
93
83
8
229
28
17
30
23
1.97
29602464--29602634
46
3.7
45
75
6
164
23
19
27
29
1.98
29602456--29602626
92
1.8
93
88
1
263
22
21
28
28
1.99
29605474--29605657
47
3.9
48
80
10
209
26
19
30
23
1.98
29606927--29606952
7
3.7
7
100
0
52
57
0
0
42
0.98
29607300--29607364
21
3.2
20
82
10
78
61
0
3
35
1.12
29607445--29607494
19
2.7
19
84
6
68
68
2
4
26
1.18
29609084--29609446
83
4.3
82
81
8
254
29
20
17
32
1.96
29609133--29609443
83
3.7
83
84
5
387
28
20
17
33
1.95
29609361--29609718
119
3.0
119
95
0
637
31
19
15
33
1.92
29619266--29619302
19
1.9
19
94
0
65
59
0
5
35
1.20
29623496--29623678
67
2.8
64
78
8
201
30
16
29
23
1.96
29623472--29623647
67
2.7
64
81
8
185
32
16
28
22
1.95
29624741--29624779
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
29627364--29627396
16
1.9
18
88
11
52
51
18
12
18
1.76
29629167--29629477
49
6.4
49
71
14
216
25
17
29
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29629106--29629522
47
8.7
46
70
16
226
28
17
28
25
1.97
29629167--29629522
96
3.7
96
84
7
370
26
17
29
26
1.98
29629206--29629479
49
5.7
49
74
10
226
26
17
28
27
1.98
29631824--29631941
27
4.4
27
90
0
164
33
16
22
26
1.96
29632163--29632190
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
29632195--29632246
27
1.9
27
84
0
68
25
25
19
30
1.98
29637279--29637348
27
2.6
27
93
2
113
28
30
14
27
1.95
29639821--29639974
45
3.4
45
84
1
193
24
18
26
29
1.98
29646634--29646681
15
3.3
15
73
5
53
29
0
27
43
1.55
29646628--29646671
14
3.1
14
74
6
52
27
0
34
38
1.57
29646628--29646687
29
2.1
29
93
0
102
28
0
30
41
1.56
29647661--29647705
14
3.3
14
78
6
56
48
15
0
35
1.45
29650526--29650573
15
3.3
15
73
5
53
29
0
27
43
1.55
29650520--29650563
14
3.1
14
74
6
52
27
0
34
38
1.57
29650520--29650579
29
2.1
29
93
0
102
28
0
30
41
1.56
29651558--29651602
14
3.3
14
78
6
56
48
15
0
35
1.45
29653371--29653427
18
3.1
17
76
16
51
59
0
29
10
1.31
29661010--29661039
15
1.9
16
93
6
53
30
26
3
40
1.72
29662032--29662100
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
29668376--29668413
20
1.9
20
88
0
58
34
2
10
52
1.50
29670035--29670102
27
2.5
28
90
7
113
44
26
10
19
1.82
29673219--29673391
79
2.2
77
86
2
229
20
32
23
23
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29673248--29673397
39
3.9
39
92
2
232
22
32
22
24
1.98
29680652--29680833
39
4.6
39
90
0
247
21
31
23
23
1.98
29680682--29680833
39
3.9
39
93
0
250
22
31
22
23
1.98
29687421--29687526
49
2.2
49
92
0
185
25
20
31
22
1.98
29698086--29698200
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
29698086--29698219
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
29704222--29704336
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
29704222--29704355
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
29729568--29729724
43
3.7
43
81
7
185
31
26
17
24
1.97
29756495--29756589
29
3.3
29
76
7
95
28
30
15
25
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770