genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  193  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57622291--57622316	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
57622712--57622869	39	4.1	39	91	0	244	27	21	23	27	1.99
57624504--57624549	24	1.9	24	100	0	92	36	21	13	28	1.91
57624557--57624686	42	3.1	41	82	6	152	31	24	13	30	1.93
57629497--57629544	15	2.9	15	75	21	51	20	2	4	72	1.11
57631287--57631320	13	2.6	13	100	0	68	29	26	38	5	1.80
57640098--57640282	40	4.6	39	79	6	167	26	22	27	23	2.00
57640098--57640285	80	2.3	80	79	12	206	26	22	27	23	2.00
57643959--57644089	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
57651973--57652103	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
57663199--57663297	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
57670851--57670949	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
57676826--57676853	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
57677062--57677110	23	2.3	22	82	10	66	57	12	0	30	1.36
57677114--57677152	19	2.1	18	85	4	51	74	5	0	20	1.01
57678634--57678707	36	2.1	36	97	0	139	36	4	8	51	1.51
57684429--57684507	27	2.9	27	83	7	97	29	17	16	36	1.92
57684463--57684522	27	2.2	27	85	5	86	35	13	13	38	1.84
57684501--57684814	27	11.7	27	78	8	248	30	10	22	36	1.87
57684474--57684713	54	4.5	54	77	9	197	31	10	20	37	1.86
57684474--57684733	81	3.2	81	81	3	249	31	10	20	38	1.86
57685114--57685222	28	3.9	28	88	1	155	24	33	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57690797--57690822	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
57706787--57706871	43	2.0	43	81	9	102	30	29	15	24	1.95
57708730--57708853	49	2.5	50	85	6	164	25	18	29	25	1.98
57713713--57713884	40	4.3	40	80	3	186	25	26	22	26	2.00
57718041--57718362	46	6.8	49	76	9	249	26	19	29	23	1.98
57718181--57718356	96	1.8	96	85	8	248	25	19	30	25	1.98
57718186--57718359	49	3.6	48	79	9	185	25	19	29	25	1.98
57726998--57727050	26	2.0	26	100	0	106	45	28	3	22	1.70
57732266--57732322	8	6.9	8	88	7	87	36	1	0	61	1.07
57732278--57732326	13	3.8	13	78	10	64	36	2	0	61	1.08
57749178--57749263	40	2.2	40	89	0	127	23	29	25	22	1.99
57750584--57750621	18	2.1	18	90	0	58	0	13	5	81	0.85
57756797--57756963	39	4.3	38	88	6	230	25	29	20	24	1.99
57756797--57756963	76	2.2	78	88	4	241	25	29	20	24	1.99
57764838--57765008	39	4.3	40	85	3	195	26	29	19	24	1.98
57777384--57777595	40	5.3	40	82	3	223	25	28	13	32	1.93
57787931--57787995	32	2.0	32	96	0	121	30	12	24	32	1.92
57791228--57791285	20	2.9	19	78	12	55	75	6	15	1	1.09
57792142--57792194	13	3.6	14	82	12	54	69	7	16	5	1.31
57794110--57794281	68	2.5	68	88	7	244	34	14	27	23	1.94
57794136--57794330	68	2.8	68	89	3	275	33	15	28	22	1.94
57799960--57800000	21	1.9	21	85	5	55	43	21	4	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57801418--57801607	96	2.0	96	90	2	301	33	18	12	35	1.88
57802080--57802113	17	2.0	17	100	0	68	29	11	5	52	1.61
57804333--57804396	26	2.4	27	89	2	94	35	23	10	29	1.89
57804500--57804610	27	4.1	26	87	4	141	19	23	20	36	1.95
57809076--57809127	15	3.5	15	72	0	50	57	13	23	5	1.57
57810402--57810439	16	2.2	18	86	9	53	50	0	2	47	1.15
57813601--57813721	63	1.9	64	83	5	156	30	21	9	38	1.86
57813839--57813881	10	4.6	9	85	14	52	58	0	0	41	0.98
57813830--57813881	18	2.8	20	83	13	67	57	0	0	42	0.98
57814103--57814229	47	2.7	45	77	15	123	24	8	3	63	1.37
57814141--57814237	28	3.4	27	76	17	74	24	7	2	65	1.28
57814091--57814247	18	8.3	18	68	16	77	26	8	2	63	1.36
57824419--57824468	15	3.5	15	84	10	70	20	0	0	80	0.72
57824504--57824542	17	2.3	17	86	8	53	5	25	0	69	1.09
57825302--57825347	18	2.4	19	82	14	58	28	30	23	17	1.97
57825312--57825346	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
57834306--57834428	43	2.9	43	85	2	158	26	15	26	32	1.95
57834305--57834452	43	3.4	43	77	5	156	29	15	24	31	1.96
57835509--57835820	46	6.7	46	74	11	203	25	28	18	27	1.98
57835505--57835774	94	2.9	93	79	8	264	25	28	18	27	1.98
57835699--57835857	46	3.4	46	78	10	123	23	28	18	28	1.98
57836590--57836614	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57842116--57842154	21	1.9	21	89	5	62	23	28	35	12	1.91
57843266--57843666	46	8.5	46	74	11	212	25	29	17	26	1.98
57843264--57843631	48	7.8	48	74	12	271	25	30	17	26	1.97
57843498--57843671	94	1.9	92	82	9	219	24	28	18	28	1.98
57845787--57845952	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	26	2.00
57853768--57853934	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
57857585--57857923	27	12.6	27	86	3	416	28	22	9	39	1.85
57857993--57858062	27	2.6	27	88	0	104	37	20	25	17	1.94
57857984--57858084	27	3.8	26	81	5	87	34	22	21	20	1.97
57859395--57859561	24	7.0	23	85	6	210	29	22	20	27	1.99
57859395--57859561	47	3.5	47	86	4	212	29	22	20	27	1.99
57859395--57859560	71	2.3	71	88	3	244	28	22	21	27	1.99
57859752--57859815	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
57861898--57861974	25	3.1	25	64	17	70	36	3	14	45	1.63
57861879--57861974	49	2.0	49	100	0	192	34	4	15	45	1.65
57866012--57866237	49	4.6	48	80	6	254	29	27	17	25	1.97
57866012--57866237	100	2.3	98	83	3	265	29	27	17	25	1.97
57871061--57871268	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
57871087--57871268	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
57873626--57873857	49	4.7	49	83	3	284	29	27	18	25	1.98
57873626--57873856	100	2.3	99	84	2	293	29	27	18	25	1.98
57875061--57875119	29	2.0	29	100	0	118	40	6	20	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57875575--57875616	19	2.2	19	87	12	59	33	4	33	28	1.78
57878535--57878613	25	3.3	25	64	10	65	31	30	5	32	1.79
57878485--57878789	47	6.3	49	89	5	433	29	31	8	31	1.86
57878490--57878791	100	3.1	98	90	3	425	29	31	8	31	1.87
57884245--57884405	43	3.8	44	84	4	204	26	14	26	31	1.95
57888324--57888349	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
57894259--57894284	13	2.0	13	100	0	52	15	23	7	53	1.67
57896939--57897025	34	2.6	34	83	0	102	32	8	17	42	1.78
57899180--57899286	28	3.8	28	89	0	142	33	12	25	28	1.92
57899415--57899509	43	2.2	43	81	9	104	27	20	26	26	1.99
57902104--57902274	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	22	1.98
57902099--57902271	46	3.7	46	75	13	183	30	27	20	22	1.98
57902692--57902752	30	2.0	30	87	0	86	32	22	8	36	1.84
57908748--57908834	28	3.1	28	93	3	140	34	9	26	29	1.87
57908748--57908854	28	3.8	28	89	0	133	35	10	24	29	1.88
57909071--57909175	40	2.6	40	78	1	111	27	19	28	24	1.98
57912226--57912374	38	3.9	38	83	3	174	30	26	22	20	1.98
57915890--57915955	33	2.0	33	100	0	132	33	36	3	27	1.72
57919718--57919870	38	4.0	38	85	3	182	32	24	20	21	1.98
57928245--57928376	24	5.5	24	88	1	194	36	3	35	25	1.71
57929971--57930078	27	4.1	27	85	4	132	15	24	20	39	1.91
57935948--57936050	29	3.6	29	76	2	91	30	32	14	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57937353--57937390	20	2.1	19	85	14	53	7	15	0	76	1.01
57943273--57943342	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
57943273--57943354	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
57952028--57952195	40	4.2	41	78	5	175	25	26	22	26	2.00
57952019--57952192	80	2.2	79	81	3	197	26	25	21	26	1.99
57954445--57954601	46	3.4	47	70	15	128	32	28	17	21	1.96
57957800--57958089	24	12.1	24	98	0	537	20	16	25	37	1.94
57965854--57966143	24	12.1	24	97	0	528	20	17	25	36	1.94
57972925--57973095	46	3.7	46	75	10	152	30	27	19	22	1.98
57972933--57973102	93	1.8	93	85	2	243	30	28	18	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770