genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.388.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  388  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119348733--119348887	42	3.7	41	74	3	148	28	16	24	30	1.96
119348728--119348906	85	2.1	84	80	1	205	27	15	24	32	1.95
119350187--119350309	40	3.1	40	82	2	149	28	24	25	21	1.99
119350163--119350339	80	2.2	80	77	13	184	25	23	27	23	2.00
119352454--119352513	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
119352683--119352746	6	10.5	6	80	9	76	15	17	14	53	1.74
119352653--119352747	37	2.6	37	81	0	109	21	18	12	47	1.82
119352683--119352741	31	1.9	31	96	0	109	15	16	15	52	1.75
119355250--119355347	42	2.3	42	80	3	117	28	14	22	34	1.93
119355246--119355424	85	2.1	84	78	1	196	28	15	24	32	1.95
119358024--119358190	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
119366012--119366178	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
119370440--119370509	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
119378248--119378317	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
119381748--119381836	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
119381748--119381830	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
119381759--119381836	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
119384755--119384927	93	1.9	93	88	0	265	29	30	19	20	1.97
119405995--119406189	50	3.9	49	78	7	187	26	18	27	27	1.99
119409148--119409277	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
119409164--119409315	40	3.8	40	80	5	146	22	26	24	26	2.00
119411854--119411918	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119411850--119411918	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
119414055--119414240	49	3.8	49	79	8	189	25	18	27	28	1.98
119420998--119421270	88	3.1	87	65	16	209	28	20	21	28	1.98
119420954--119421742	177	4.4	178	83	4	826	30	19	23	26	1.98
119420954--119421742	354	2.2	355	82	3	910	30	19	23	26	1.98
119425023--119425244	46	4.7	46	76	15	190	21	27	22	29	1.99
119431727--119431893	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
119431727--119431893	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
119432719--119432764	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
119441872--119441945	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
119441929--119442004	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
119441872--119442004	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
119449749--119449822	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
119449806--119449881	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
119449749--119449881	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
119459969--119460001	13	2.6	13	90	4	50	18	0	0	81	0.68
119459970--119460016	19	2.5	19	79	6	51	17	4	0	78	0.90
119463330--119463520	39	4.9	39	91	0	301	21	31	22	24	1.98
119470856--119471045	39	4.9	39	92	1	310	22	31	21	24	1.98
119470856--119471046	77	2.4	78	91	1	312	22	31	21	24	1.98
119472787--119472855	15	4.6	15	79	0	75	15	17	10	56	1.66
119472778--119472857	30	2.7	30	76	7	90	15	17	12	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119475259--119475431	46	3.7	47	75	13	169	22	19	27	30	1.98
119475252--119475424	93	1.9	93	90	2	276	22	20	27	28	1.99
119480768--119480846	39	2.0	39	85	0	104	31	21	11	35	1.89
119499690--119499856	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
119503472--119503622	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
119514785--119514992	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
119514885--119514992	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
119518000--119518199	40	5.0	39	84	8	228	24	28	22	25	2.00
119518000--119518199	80	2.5	80	87	6	273	24	28	22	25	2.00
119519951--119520076	51	2.5	51	82	0	171	42	13	5	38	1.68
119523938--119524032	31	3.1	31	95	0	163	23	23	15	37	1.93
119524224--119524366	24	6.0	24	87	4	182	27	21	20	29	1.98
119524224--119524365	47	3.0	48	87	5	180	28	21	21	28	1.99
119524223--119524366	71	2.0	72	85	4	193	27	21	20	29	1.98
119524417--119524455	20	2.0	20	94	0	69	30	20	12	35	1.90
119524499--119524546	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
119525705--119525769	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
119525823--119525989	27	6.1	27	72	5	102	32	8	17	41	1.80
119525913--119525998	27	3.2	26	74	12	84	29	9	22	39	1.85
119525976--119526110	27	5.0	27	88	1	182	45	11	17	26	1.81
119525950--119526110	81	2.0	81	82	2	198	43	11	16	27	1.83
119526221--119526541	27	11.9	27	86	4	441	40	6	25	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119526538--119526644	27	4.0	27	80	4	119	32	10	19	37	1.86
119526538--119526642	54	2.0	53	85	9	142	32	10	20	37	1.86
119526199--119526549	81	4.3	81	97	0	657	39	7	25	27	1.82
119526554--119526659	27	3.9	27	74	9	74	34	9	17	37	1.83
119528589--119528641	26	2.0	26	100	0	106	37	15	11	35	1.83
119529478--119529541	23	2.8	23	80	4	76	23	21	18	35	1.95
119529429--119529541	46	2.4	46	80	10	113	22	21	18	38	1.94
119530925--119530958	16	2.1	17	88	5	52	32	0	23	44	1.54
119537717--119537773	30	1.9	29	89	3	87	10	15	17	56	1.67
119539517--119539586	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
119539517--119539598	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
119545135--119545204	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
119545135--119545216	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
119550746--119550815	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
119550746--119550827	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
119556356--119556425	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
119556356--119556437	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
119564183--119564247	23	2.8	23	83	4	87	18	29	18	33	1.95
119565734--119565839	55	1.9	55	82	3	133	26	19	23	30	1.98
119568739--119568816	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
119572979--119573012	17	2.0	17	94	0	59	32	23	14	29	1.94
119574618--119574687	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119590244--119590396	40	3.8	40	81	7	184	24	26	22	25	2.00
119590244--119590394	80	1.9	81	87	4	225	24	27	23	25	2.00
119591096--119591128	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
119595949--119596015	30	2.3	29	92	2	107	26	14	25	32	1.95
119598473--119598542	25	2.8	24	86	8	86	30	14	27	28	1.95
119598451--119598568	23	4.6	26	78	13	102	27	15	28	28	1.96
119602844--119603032	24	8.0	24	90	5	278	26	21	22	29	1.99
119602865--119603032	47	3.6	47	94	2	293	27	20	22	29	1.98
119603146--119603193	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
119604432--119604776	27	12.8	27	82	4	302	40	7	22	29	1.82
119604434--119604776	54	6.4	54	83	3	377	40	7	23	29	1.82
119604434--119604776	81	4.2	81	82	1	427	40	7	23	29	1.82
119604785--119604877	27	3.4	27	83	2	107	32	9	20	37	1.85
119604829--119605007	27	6.7	27	86	1	227	30	7	20	41	1.79
119604781--119605007	81	2.8	80	79	7	235	30	7	20	40	1.81
119607711--119607774	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
119607968--119608157	24	8.0	24	91	4	287	26	21	22	28	1.99
119607967--119608158	47	4.0	48	91	4	300	26	21	22	29	1.99
119607968--119608158	71	2.7	72	90	4	298	26	21	22	29	1.99
119608271--119608318	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
119609563--119609606	20	2.2	20	92	4	72	47	9	22	20	1.78
119609583--119609863	27	10.4	27	85	2	359	39	8	24	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119609593--119609850	134	1.9	135	89	2	403	39	8	24	27	1.84
119609817--119610094	27	10.3	26	83	5	179	32	8	20	38	1.83
119609868--119610073	81	2.5	81	83	3	227	31	8	19	40	1.81
119609944--119610111	27	6.3	26	87	2	174	31	7	19	42	1.78
119613395--119613530	43	3.2	43	70	15	129	25	27	16	30	1.96
119613378--119613571	84	2.3	84	77	11	225	27	28	17	26	1.98
119614291--119614333	22	2.0	22	90	0	68	2	20	4	72	1.14
119615573--119615680	27	4.0	26	80	8	108	15	23	21	39	1.91
119615573--119615680	54	2.0	54	85	3	146	15	23	21	39	1.91
119623010--119623215	40	5.2	40	92	3	321	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770