genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.732.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  732  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231574215--231574314	28	3.6	27	83	5	112	32	22	25	21	1.98
231574419--231574505	27	3.2	27	91	6	140	31	8	26	34	1.85
231574421--231574509	28	3.2	28	93	4	146	30	7	26	34	1.85
231574751--231574781	15	2.1	15	93	0	53	3	19	29	48	1.64
231582096--231582193	27	3.6	26	83	6	115	32	22	24	20	1.98
231585215--231585263	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
231586085--231586250	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
231593204--231593252	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
231594115--231594223	38	2.8	37	83	8	128	22	22	30	24	1.99
231594075--231594239	40	4.2	40	78	9	162	25	21	27	24	1.99
231601195--231601243	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
231602066--231602232	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
231607179--231607307	40	3.3	38	83	3	159	25	27	23	23	2.00
231607194--231607344	40	3.8	40	81	6	164	23	27	23	26	2.00
231607179--231607344	80	2.1	78	83	6	201	24	27	22	25	2.00
231615165--231615332	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
231615181--231615330	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
231618367--231618425	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
231618371--231618425	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
231618476--231618617	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
231618476--231618617	46	3.0	47	88	7	198	28	21	22	26	1.99
231618813--231618878	31	2.1	31	97	0	123	39	15	22	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231625015--231625060	24	1.9	24	86	0	65	34	21	17	26	1.95
231625104--231625162	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
231625108--231625162	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
231625214--231625353	47	3.0	47	90	5	203	26	22	22	27	1.99
231625214--231625353	24	6.0	23	90	5	201	26	22	22	27	1.99
231625541--231625621	31	2.6	31	96	1	146	41	13	20	23	1.88
231633472--231633967	248	2.0	248	98	0	965	29	17	24	27	1.98
231636967--231637149	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
231639520--231639936	47	9.1	47	88	4	600	33	11	29	24	1.92
231639528--231639610	38	2.2	38	93	0	139	33	14	28	22	1.94
231639621--231639694	23	3.2	23	62	24	55	29	12	32	25	1.92
231639922--231640028	46	2.3	46	91	0	169	35	11	30	22	1.89
231641387--231641553	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
231642378--231642423	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
231651791--231651966	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
231651788--231651959	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
231659371--231659546	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
231659368--231659539	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
231660868--231660936	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
231667207--231667244	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
231668860--231668918	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
231672121--231672214	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231672084--231672214	58	2.3	58	86	2	174	25	32	16	25	1.96
231680786--231680954	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
231688767--231688949	40	4.6	40	80	4	176	23	26	22	27	1.99
231691993--231692047	17	3.5	17	68	31	59	21	27	1	49	1.60
231691990--231692045	29	1.9	29	100	0	112	23	26	3	46	1.68
231696021--231696268	40	6.2	40	84	1	282	26	23	25	25	2.00
231708876--231709083	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
231708877--231709083	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
231713838--231713886	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
231714708--231714874	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
231721830--231721878	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
231722701--231722866	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
231725866--231726007	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
231725905--231726017	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
231731256--231731434	40	4.4	40	83	3	207	25	24	26	24	2.00
231731256--231731434	80	2.2	81	86	3	245	25	24	26	24	2.00
231731290--231731474	80	2.3	80	80	4	203	28	23	24	23	2.00
231731377--231731460	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
231735471--231735602	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
231743335--231743465	29	4.6	29	82	3	140	24	16	32	25	1.96
231743335--231743406	28	2.5	29	95	2	128	26	15	30	27	1.96
231745033--231745240	39	5.3	39	94	0	362	29	28	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231745661--231746659	495	2.0	496	98	0	1937	39	17	8	35	1.79
231747467--231747507	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
231749643--231749791	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
231749684--231749791	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
231757586--231757773	40	4.7	40	85	4	238	25	22	26	26	2.00
231757586--231757772	78	2.3	81	85	5	247	25	22	25	26	2.00
231757590--231757796	79	2.6	77	81	9	195	25	22	26	26	2.00
231767545--231767706	40	4.1	39	81	8	184	24	22	27	25	2.00
231767545--231767706	79	2.1	79	83	4	202	24	22	27	25	2.00
231774771--231774953	40	4.7	39	86	6	203	25	21	27	25	2.00
231774771--231774953	79	2.3	78	80	10	212	25	21	27	25	2.00
231774804--231774986	79	2.3	78	80	12	196	27	21	25	25	1.99
231778921--231779105	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
231778921--231779103	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
231778922--231779138	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
231786960--231787144	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
231786960--231787142	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
231786961--231787176	79	2.7	79	78	13	239	25	21	27	25	1.99
231788695--231788865	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
231788688--231788862	46	3.8	46	79	13	207	29	29	20	20	1.98
231788736--231788874	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
231804976--231805159	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231805016--231805204	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
231815954--231816027	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
231816011--231816086	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
231815954--231816086	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
231822625--231822708	26	3.2	26	96	0	150	36	23	4	34	1.76
231826861--231826908	24	2.0	25	83	4	62	25	14	20	39	1.91
231828399--231828482	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
231832635--231832683	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
231834172--231834255	26	3.2	26	94	0	141	36	22	5	34	1.79
231838876--231838983	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
231841354--231842935	529	3.0	531	91	5	2495	37	18	10	33	1.85
231842940--231843076	72	1.9	72	95	1	249	34	15	5	45	1.68
231842991--231847262	536	8.0	541	95	1	7561	37	18	11	33	1.86
231847970--231848255	136	2.1	137	94	2	504	32	25	17	24	1.97
231849804--231849943	26	5.2	26	86	10	201	36	25	5	32	1.78
231849845--231849937	31	3.2	31	79	14	133	36	27	5	30	1.79
231849820--231849937	57	2.1	56	96	1	218	36	27	5	30	1.79
231853640--231853925	136	2.1	137	96	0	520	32	25	18	24	1.97
231855683--231855808	26	5.2	26	78	18	155	36	24	3	34	1.74
231855720--231855760	19	2.2	19	95	0	73	31	29	0	39	1.57
231855694--231855783	45	2.1	42	91	6	144	35	26	2	35	1.69
231856080--231861709	535	10.5	540	95	2	10032	37	18	10	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231863348--231863411	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
231863603--231863742	23	6.0	24	88	7	200	27	22	20	29	1.98
231863602--231863742	45	3.0	47	88	9	209	27	21	20	29	1.98
231863799--231863855	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
231863795--231863857	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
231865087--231865178	27	3.4	27	89	1	132	18	25	20	35	1.95
231865314--231865441	25	4.9	27	79	13	144	30	7	21	41	1.79
231865321--231865455	52	2.6	52	80	11	159	29	6	22	40	1.80
231865237--231865533	27	11.2	26	77	11	117	33	7	20	37	1.82
231865443--231865685	50	4.8	50	87	8	323	41	9	22	27	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770