Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  198  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59148476--59148519
19
2.4
19
85
7
56
50
0
9
40
1.34
59149303--59149357
16
3.5
16
85
2
76
3
29
0
67
1.08
59151699--59151768
27
2.6
27
93
2
113
30
25
14
30
1.95
59153979--59154078
34
3.0
34
77
14
109
28
21
24
27
1.99
59154880--59155110
43
5.4
43
85
0
309
25
15
28
31
1.95
59155067--59155404
56
6.1
56
83
3
355
28
16
23
31
1.96
59155086--59155400
168
1.9
163
83
5
400
28
15
23
32
1.95
59156862--59157037
46
3.8
46
77
15
191
22
21
28
28
1.99
59156859--59157029
93
1.8
93
93
0
297
22
21
28
27
1.99
59161164--59161357
27
7.2
27
80
4
230
26
21
10
40
1.86
59161164--59161352
54
3.5
54
91
0
306
26
22
10
40
1.86
59161370--59161557
27
7.0
27
86
0
232
35
18
20
26
1.95
59161370--59161557
54
3.5
54
86
1
261
35
18
20
26
1.95
59161756--59161838
27
3.1
26
87
5
112
19
21
21
37
1.94
59161926--59161984
22
2.7
22
81
0
64
20
25
22
32
1.98
59162149--59162222
27
2.8
27
85
6
89
17
24
21
36
1.95
59162340--59162429
6
14.8
6
72
19
71
20
15
14
50
1.79
59162346--59162394
19
2.6
19
87
9
66
22
16
14
46
1.82
59162365--59162429
30
2.2
30
94
0
112
20
13
13
52
1.74
59162340--59162429
24
3.7
24
79
7
101
20
15
14
50
1.79
59162387--59162450
18
3.6
18
79
8
67
17
15
15
51
1.77
59165612--59165648
18
2.1
19
90
10
60
35
27
8
29
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59173177--59173308
29
4.6
29
88
0
165
29
15
31
24
1.95
59181089--59181220
29
4.6
29
88
0
165
29
15
31
24
1.95
59188214--59188271
21
2.7
22
84
10
77
32
12
24
31
1.91
59194702--59194853
29
5.3
28
69
15
87
28
25
14
31
1.95
59194644--59194862
57
3.9
57
78
2
183
26
26
14
31
1.95
59194977--59195125
53
2.8
53
81
2
174
28
22
14
34
1.93
59207392--59207521
46
2.8
48
81
11
171
29
29
20
20
1.98
59207397--59207540
46
3.1
45
75
11
148
29
29
20
20
1.98
59213727--59213812
37
2.3
37
91
0
145
23
33
18
24
1.97
59213913--59214009
49
2.0
49
97
0
185
30
31
7
29
1.84
59215379--59215469
24
3.8
24
97
0
164
35
27
17
19
1.95
59215452--59215525
29
2.6
29
95
0
130
27
32
16
24
1.96
59217080--59217302
47
4.7
47
92
3
331
29
29
9
31
1.89
59217080--59217303
96
2.3
97
88
6
339
29
29
9
31
1.88
59223345--59223379
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
59223567--59223606
3
13.3
3
94
0
71
32
0
2
65
1.06
59225068--59225222
43
3.6
43
83
5
163
31
25
15
27
1.96
59225698--59225762
29
2.3
29
83
2
78
29
24
3
43
1.69
59227640--59227748
42
2.5
42
80
7
121
31
23
17
27
1.97
59227645--59227727
42
1.9
44
87
4
125
31
22
18
27
1.97
59235895--59235944
26
1.9
26
84
8
66
70
10
0
20
1.16
59236955--59236986
2
17.0
2
87
12
50
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59239275--59239339
33
2.0
33
96
3
123
66
3
15
15
1.38
59242807--59242876
27
2.5
28
97
2
133
28
12
27
31
1.93
59250726--59250795
27
2.5
28
97
2
133
28
12
27
31
1.93
59256931--59257018
44
2.0
44
95
0
158
38
19
14
27
1.91
59256951--59257020
24
3.1
24
65
23
69
35
22
15
25
1.94
59257261--59257400
42
3.3
43
84
7
160
26
25
20
28
1.99
59257287--59257408
44
2.8
44
84
6
151
27
27
18
27
1.98
59261385--59261413
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
59262007--59262063
20
2.8
20
91
0
87
28
15
17
38
1.91
59264271--59264373
29
3.6
29
87
0
143
26
15
33
25
1.95
59271896--59271998
29
3.6
29
87
0
143
26
15
33
25
1.95
59275331--59275363
18
1.9
17
88
11
50
54
9
15
21
1.68
59284666--59284808
39
3.6
40
82
7
123
30
21
25
21
1.98
59284707--59284817
39
2.8
40
86
2
152
27
21
27
22
1.99
59284662--59284847
40
4.8
38
76
10
155
29
20
26
23
1.99
59289561--59289615
29
1.9
28
96
3
101
18
23
25
32
1.97
59292670--59293131
152
3.1
151
90
4
699
33
8
14
43
1.76
59294145--59294186
14
2.9
15
82
10
61
50
0
0
50
1.00
59299885--59300183
46
6.4
46
74
11
236
23
29
18
29
1.97
59305642--59305697
28
2.1
27
83
6
69
64
0
3
32
1.11
59308312--59308547
83
2.8
83
82
13
259
35
10
11
42
1.75
59308321--59308547
88
2.7
82
85
7
260
34
11
10
44
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59308468--59308619
73
2.1
73
82
4
182
35
11
10
42
1.75
59310980--59311113
48
2.8
48
83
0
160
30
17
21
30
1.96
59321000--59321103
42
2.5
43
82
7
142
27
23
19
29
1.98
59321533--59321561
8
3.6
8
100
0
58
27
27
0
44
1.54
59350270--59350394
27
4.7
27
79
8
130
39
20
8
31
1.83
59350262--59350437
54
3.3
55
77
4
162
40
20
8
30
1.82
59350432--59350608
27
6.6
27
86
3
241
28
19
8
42
1.81
59350416--59350608
81
2.4
80
87
6
282
30
20
7
41
1.80
59350844--59350895
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
59351116--59351192
31
2.5
31
84
0
100
20
16
12
49
1.79
59351116--59351252
6
22.3
6
71
15
102
18
17
13
49
1.79
59351147--59351231
25
3.7
24
77
20
101
18
20
12
48
1.81
59351150--59351226
19
3.8
19
73
15
73
18
20
14
46
1.83
59351139--59351250
43
2.6
43
89
0
170
18
18
14
48
1.81
59354664--59354744
34
2.4
33
83
6
92
30
22
24
22
1.99
59359848--59359899
26
2.0
26
88
7
79
34
0
17
48
1.48
59362189--59362213
11
2.3
11
100
0
50
16
0
28
56
1.41
59372256--59372337
29
2.8
29
98
0
155
29
14
30
25
1.95
59382453--59382525
36
2.0
36
100
0
146
27
27
28
16
1.97
59385496--59385568
29
2.6
29
80
2
85
21
32
17
27
1.96
59393342--59393419
29
2.7
29
83
0
102
21
33
17
26
1.96
59395439--59395529
45
2.0
45
95
0
164
24
12
24
39
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59398877--59398901
13
1.9
13
100
0
50
40
24
4
32
1.73
59403950--59404052
40
2.4
40
84
9
116
24
13
28
33
1.93
59404036--59404110
28
2.7
28
89
0
114
25
12
32
30
1.92
59412615--59412790
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
59412611--59412782
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
59415734--59415802
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
59415725--59415812
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
59418195--59418370
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
59418191--59418362
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
59426889--59427133
40
6.2
40
79
3
255
24
27
22
24
2.00
59426905--59427091
39
4.7
39
81
9
211
24
29
23
22
1.99
59426905--59427093
79
2.4
79
98
0
360
24
29
23
22
1.99
59433949--59433974
13
2.0
13
100
0
52
30
15
7
46
1.74
59434792--59434842
22
2.3
23
89
3
77
23
21
15
39
1.92
59441023--59441139
58
2.0
58
96
0
216
33
5
24
35
1.80
59450646--59450863
40
5.5
40
92
2
334
24
27
23
23
2.00
59459460--59459677
40
5.5
40
78
7
214
24
26
23
25
2.00
59459497--59459677
78
2.3
79
82
6
224
23
25
24
25
2.00
59467534--59467739
40
5.2
40
77
5
195
25
26
22
24
2.00
59467557--59467739
78
2.3
79
81
6
210
24
25
23
26
2.00
59476364--59476546
40
4.6
40
83
3
181
23
26
22
27
1.99
59484921--59485088
40
4.2
40
79
1
158
22
27
23
26
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59484937--59485086
80
1.9
80
84
5
205
21
27
24
26
1.99
59488852--59488962
27
4.1
27
88
5
154
37
22
24
15
1.93
59490357--59490475
24
5.0
24
95
0
211
27
38
0
32
1.63
59494177--59494248
21
3.2
21
64
21
56
38
9
25
26
1.86
59494176--59494586
46
9.0
46
88
2
567
40
13
23
23
1.90
59500741--59500838
27
3.6
27
83
0
97
26
22
16
34
1.95
59500770--59500859
27
3.3
27
81
3
83
27
20
14
37
1.91
59507438--59507501
31
2.1
31
90
0
101
25
23
15
35
1.94
59507694--59507837
24
6.0
24
90
8
222
27
21
20
29
1.98
59507894--59507950
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770