genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.600.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  600  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187759236--187759379	72	2.0	71	94	1	252	39	23	15	21	1.91
187767800--187767851	12	4.2	12	85	7	61	42	5	23	28	1.77
187770964--187771098	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
187770910--187771099	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
187780360--187780434	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
187780418--187780491	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
187788294--187788367	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
187788235--187788367	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
187791732--187791764	8	4.1	8	92	0	57	57	30	0	12	1.35
187793842--187793940	39	2.6	38	81	3	126	26	23	27	23	2.00
187793790--187793971	40	4.6	40	77	9	160	25	24	26	23	2.00
187793790--187793940	78	1.9	80	85	8	211	25	23	27	23	2.00
187800160--187800206	22	2.1	21	81	14	51	57	25	0	17	1.40
187800986--187801068	43	1.9	43	82	0	103	33	26	15	24	1.95
187812246--187812540	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
187813144--187813274	29	4.6	29	88	1	156	29	15	31	23	1.95
187813145--187813265	57	2.1	58	85	1	163	32	15	28	23	1.95
187820160--187820453	143	2.1	140	97	1	552	21	10	29	38	1.87
187821098--187821228	29	4.5	29	89	0	163	29	16	31	22	1.96
187825136--187825208	26	2.8	26	91	0	119	26	21	24	27	2.00
187830126--187830381	55	4.8	53	79	11	233	36	16	24	22	1.94
187830134--187830334	108	1.8	110	86	4	291	34	15	25	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187830578--187830608	16	1.9	16	93	0	53	38	0	22	38	1.54
187832078--187832253	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
187832075--187832246	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
187849694--187849901	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
187849694--187849900	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
187851850--187852037	39	4.8	39	87	0	214	22	31	21	23	1.98
187851886--187852038	39	3.9	39	91	0	234	22	32	20	24	1.98
187857610--187857925	27	11.7	27	83	9	362	40	22	8	28	1.83
187857610--187857922	81	3.9	82	85	7	401	40	22	7	28	1.82
187857610--187858047	27	16.3	27	81	10	224	40	21	10	27	1.86
187857611--187858047	54	8.1	54	78	11	281	40	21	10	27	1.86
187857610--187858033	81	5.2	81	81	8	357	40	21	10	27	1.85
187857907--187858057	27	5.6	27	89	3	232	41	18	15	25	1.89
187857903--187858074	54	3.2	54	85	4	222	40	17	16	25	1.90
187858691--187858742	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
187862784--187862882	28	3.5	29	91	2	157	29	11	27	32	1.91
187864884--187865070	39	4.8	39	88	2	223	24	31	21	23	1.99
187864920--187865071	39	3.9	39	92	2	243	23	31	20	24	1.98
187864889--187865070	77	2.3	79	88	2	260	23	30	21	24	1.99
187871993--187872141	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
187872034--187872141	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
187875843--187876024	39	4.6	39	88	1	231	23	30	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187875874--187876025	39	3.9	39	91	1	234	23	30	21	24	1.99
187881115--187881159	23	2.1	22	88	12	67	15	31	28	24	1.96
187881138--187881241	40	2.6	39	84	4	129	22	25	23	29	1.99
187889092--187889260	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
187890084--187890129	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
187896181--187896213	8	4.1	8	96	0	57	27	21	0	51	1.48
187912380--187912460	29	2.9	28	83	3	99	28	16	25	29	1.96
187917975--187918226	40	6.5	40	90	5	351	23	23	26	26	2.00
187925999--187926242	40	6.1	40	92	3	361	22	23	27	26	2.00
187929304--187929488	40	4.7	40	83	6	216	25	28	22	24	1.99
187929306--187929488	79	2.3	81	83	7	214	25	27	22	24	2.00
187932505--187932744	9	27.6	9	75	9	176	37	1	14	46	1.53
187932608--187932726	33	3.6	32	77	15	116	37	0	14	47	1.50
187932519--187932758	42	6.0	41	72	19	177	37	1	13	47	1.51
187932505--187932734	77	2.9	78	86	5	306	37	1	13	46	1.52
187932680--187932725	24	1.9	24	86	0	65	39	0	10	50	1.38
187932864--187932904	19	2.2	19	90	0	64	60	0	0	39	0.96
187932864--187932901	10	3.9	10	86	6	60	57	0	0	42	0.98
187932893--187932934	22	1.9	22	85	9	59	66	0	2	30	1.04
187932905--187932943	16	2.4	16	82	0	51	64	0	2	33	1.08
187932893--187932946	23	2.4	22	79	14	56	64	0	1	33	1.04
187932895--187932948	17	3.5	16	78	14	51	62	0	3	33	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187933443--187933488	23	2.0	23	95	0	83	41	13	2	43	1.55
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187934170--187934232	25	2.5	25	84	5	83	26	14	42	15	1.86
187934219--187934261	22	2.0	22	85	0	59	25	27	37	9	1.87
187934343--187934387	14	3.5	14	71	22	53	40	4	13	42	1.64
187934344--187934396	24	2.2	24	93	0	88	43	3	9	43	1.55
187937507--187937598	46	2.0	46	97	0	175	66	6	14	13	1.43
187939096--187939155	22	2.8	22	78	14	63	40	33	3	23	1.71
187939456--187939554	7	13.7	7	71	5	54	23	0	29	47	1.52
187940927--187941003	20	3.8	20	77	1	73	22	6	14	57	1.60
187942589--187942718	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
187942605--187942756	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
187942605--187942754	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
187950573--187950702	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
187950589--187950739	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
187950589--187950737	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
187956533--187956662	40	3.2	40	80	6	156	23	23	27	24	2.00
187958191--187958384	39	4.9	39	90	0	280	24	31	20	23	1.98
187962058--187962103	23	2.1	21	84	8	56	50	21	4	23	1.67
187969603--187969784	66	2.9	63	78	5	195	30	17	29	22	1.97
187970862--187970892	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
187973257--187973302	23	2.1	21	84	8	56	50	21	4	23	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187974169--187974221	26	2.0	26	82	13	65	35	1	13	49	1.53
187975934--187976036	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
187978216--187978326	40	2.8	41	77	10	104	30	17	25	27	1.97
187979555--187979598	20	2.1	21	84	12	56	27	2	25	45	1.65
187981040--187981206	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
187981056--187981206	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
187982032--187982077	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
187991036--187991138	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
187998978--187999080	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
188006604--188006784	39	4.6	39	87	2	229	23	31	20	23	1.98
188006634--188006785	39	3.9	39	90	2	234	24	32	19	23	1.98
188006634--188006784	77	1.9	79	91	2	252	24	31	19	23	1.98
188008499--188008559	28	2.3	26	83	8	77	11	22	26	39	1.88
188017193--188017378	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00
188017193--188017411	80	2.8	80	80	11	245	26	21	26	25	2.00
188025095--188025252	40	4.0	40	87	4	160	25	22	26	25	2.00
188025095--188025252	80	2.0	80	82	9	198	25	22	26	25	2.00
188027255--188027365	28	4.2	26	82	9	125	36	23	23	17	1.95
188027255--188027365	53	2.1	54	84	5	145	36	23	23	17	1.95
188031847--188034471	763	3.5	757	88	2	3710	25	16	25	32	1.96
188040002--188040047	24	1.9	24	81	0	56	73	0	17	8	1.07
188041332--188041462	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188048057--188048102	24	1.9	24	81	0	56	73	0	17	8	1.07
188049377--188049536	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
188057501--188057673	46	3.7	46	75	14	167	22	20	27	30	1.98
188057498--188057668	93	1.8	93	88	2	263	22	20	28	29	1.98
188057898--188057935	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
188063051--188063401	49	7.4	49	90	7	562	28	9	32	29	1.88
188063503--188063587	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
188065404--188065648	40	6.1	40	95	0	346	28	20	26	24	1.99
188065822--188066014	29	6.7	29	96	0	341	26	16	32	24	1.96
188069392--188069744	49	7.4	49	91	5	571	29	9	32	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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