Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  765  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
242986447--242986511
28
2.3
28
94
0
112
33
27
7
30
1.85
242986616--242986705
28
3.2
27
85
7
119
20
24
23
32
1.98
242986616--242986730
55
2.1
56
83
8
146
19
24
21
34
1.96
242988633--242988706
34
2.2
34
95
0
130
81
12
4
2
0.94
242989181--242989242
24
2.9
21
77
20
58
29
6
8
56
1.53
242989248--242989274
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
242989362--242989400
2
19.5
2
89
0
60
43
0
2
53
1.14
242991250--242991285
12
3.0
12
87
0
54
25
22
5
47
1.73
242998141--242998304
71
2.3
70
84
6
215
22
15
20
41
1.90
242998238--242998840
137
4.5
139
90
8
964
25
17
19
37
1.93
242998845--242998987
69
2.1
69
93
2
243
34
16
16
33
1.91
242998936--242999027
48
2.0
48
93
4
161
31
17
17
33
1.93
242998867--242999098
117
2.0
117
89
5
362
31
17
17
34
1.93
242998984--242999248
77
3.6
72
85
8
358
32
16
18
32
1.93
242998984--242999254
149
1.8
146
87
5
402
33
16
18
32
1.93
243001766--243001936
42
3.8
43
80
11
193
28
29
19
21
1.98
243001774--243001941
93
1.8
89
92
5
282
27
30
20
21
1.98
243007272--243007440
93
1.8
90
93
3
293
27
30
20
21
1.98
243007264--243007442
43
4.0
44
80
7
207
28
30
20
21
1.98
243013171--243013292
29
4.2
29
87
1
138
30
14
30
24
1.95
243013182--243013319
29
4.8
29
83
0
98
31
15
30
23
1.95
243014134--243014168
18
2.1
16
89
10
52
51
0
20
28
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
243020693--243020813
29
4.2
29
87
4
156
31
15
28
23
1.96
243020694--243020813
56
2.1
58
85
3
163
31
15
29
23
1.95
243026175--243026368
47
4.1
47
89
0
280
33
10
28
26
1.90
243026204--243026275
22
3.1
22
64
24
58
33
13
29
23
1.93
243026249--243026324
23
3.2
25
62
24
63
28
13
34
23
1.92
243026338--243026526
48
3.8
48
83
10
254
37
6
25
31
1.81
243026672--243026816
37
3.9
37
97
0
263
23
19
31
25
1.98
243028084--243028469
39
9.8
40
94
2
631
24
21
28
25
1.99
243028084--243028469
118
3.3
120
92
2
631
24
21
28
25
1.99
243032575--243032768
47
4.1
47
90
0
289
32
10
29
26
1.90
243032604--243032675
22
3.1
22
64
24
58
33
13
29
23
1.93
243032649--243032724
23
3.2
25
62
24
63
28
13
34
23
1.92
243032737--243032923
47
3.8
48
82
9
243
37
5
25
31
1.80
243032596--243032815
94
2.3
93
83
6
257
35
10
28
26
1.89
243033069--243033177
37
2.9
37
93
0
182
22
19
30
27
1.98
243036885--243037044
29
5.5
29
82
4
180
25
31
16
26
1.97
243039027--243039129
27
3.8
27
88
0
143
32
20
23
24
1.98
243039331--243039409
27
3.0
26
83
5
95
20
20
21
37
1.94
243039504--243039555
22
2.4
22
80
0
59
21
25
21
32
1.98
243039719--243039787
27
2.6
27
86
4
86
18
24
20
36
1.95
243039910--243040031
25
4.8
24
80
13
127
22
18
13
45
1.84
243039935--243040090
6
25.8
6
76
15
144
21
16
12
48
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
243039913--243040000
24
3.6
24
87
4
106
20
18
15
45
1.85
243039910--243040061
55
2.8
54
88
4
216
22
17
13
46
1.83
243039910--243040085
79
2.2
79
84
9
218
22
17
13
47
1.82
243039933--243040090
30
5.4
30
82
10
202
22
16
12
48
1.79
243042099--243042602
81
6.1
81
79
7
501
26
22
10
41
1.86
243042228--243042306
38
2.1
37
84
11
99
25
25
7
41
1.81
243042099--243042602
27
18.3
26
77
13
372
26
22
10
41
1.86
243042200--243042327
64
2.0
66
92
3
215
25
25
7
40
1.82
243042174--243042422
91
2.8
92
76
12
240
27
24
8
39
1.84
243042607--243042801
27
7.3
27
83
1
239
36
18
18
25
1.94
243043003--243043080
27
3.0
25
83
9
84
21
21
19
37
1.95
243043169--243043226
22
2.6
22
80
0
62
18
25
22
32
1.97
243043391--243043459
27
2.5
28
83
4
79
20
24
18
36
1.95
243043605--243043765
6
26.8
6
76
16
156
19
16
14
49
1.80
243043580--243043765
85
2.2
84
95
0
327
19
17
14
47
1.82
243043580--243043786
30
7.1
29
77
14
194
19
17
14
47
1.82
243047862--243047909
25
1.9
25
91
0
78
35
25
14
25
1.94
243047957--243048012
11
5.5
11
71
16
57
35
12
19
32
1.89
243047946--243048012
20
3.3
20
93
0
116
34
11
20
32
1.90
243048061--243048155
23
4.1
23
93
5
165
28
20
21
30
1.98
243048061--243048155
45
2.1
47
94
4
167
28
20
21
30
1.98
243048060--243048176
24
5.0
24
89
7
170
28
20
22
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
243048369--243048430
31
2.1
31
87
6
92
38
14
22
24
1.91
243055949--243055993
20
2.2
20
96
0
81
33
11
22
33
1.89
243056045--243056099
23
2.4
23
93
0
92
27
21
21
29
1.99
243056262--243056329
30
2.2
30
89
2
100
38
14
23
23
1.92
243059657--243059799
39
3.7
39
92
1
234
25
20
30
23
1.99
243059658--243059839
77
2.3
79
89
2
269
24
22
29
23
1.99
243067644--243067787
39
3.7
39
92
0
243
26
20
29
22
1.99
243067645--243067826
78
2.3
79
90
0
276
24
21
29
23
1.99
243070292--243070489
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
243070358--243070475
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
243070326--243070489
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
243077381--243077578
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
243077447--243077564
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
243077415--243077578
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
243089330--243089367
19
2.0
19
100
0
76
73
5
15
5
1.19
243095766--243095825
30
2.0
30
90
0
93
28
25
8
38
1.84
243105911--243105975
28
2.3
28
94
0
112
33
27
7
30
1.85
243106081--243106170
27
3.2
28
81
7
112
18
24
24
32
1.97
243106091--243106181
27
3.2
28
81
4
94
20
26
20
31
1.98
243106081--243106195
55
2.1
56
82
8
137
18
24
22
34
1.96
243106647--243106671
12
2.1
12
100
0
50
24
0
0
76
0.80
243107252--243107285
10
3.3
10
84
8
50
29
8
8
52
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
243112639--243112671
12
2.6
13
85
9
50
9
45
0
45
1.35
243113884--243113938
29
1.9
28
81
3
65
23
21
20
34
1.97
243117883--243118135
49
5.4
48
89
10
391
34
5
28
31
1.80
243117883--243118135
92
2.7
94
89
8
392
34
5
28
31
1.80
243119288--243119312
12
2.1
12
100
0
50
16
16
24
44
1.86
243129745--243129842
30
3.3
30
75
0
97
29
16
26
27
1.97
243132052--243132134
30
2.7
30
81
9
89
13
21
1
63
1.35
243132085--243132140
18
3.1
18
76
5
51
7
19
3
69
1.27
243132110--243132134
12
2.1
12
100
0
50
8
16
0
76
1.02
243132137--243132167
12
2.6
12
94
0
53
29
16
9
45
1.79
243132215--243132271
5
11.0
5
75
20
55
1
17
3
77
1.00
243132215--243132271
16
3.7
14
82
15
60
1
17
3
77
1.00
243132215--243132282
21
3.2
21
76
15
61
1
17
4
76
1.03
243134867--243134964
30
3.3
30
75
0
97
29
16
26
27
1.97
243142417--243142598
39
4.6
39
89
0
247
23
31
21
23
1.98
243142447--243142599
39
3.9
39
92
0
252
23
32
20
23
1.98
243151229--243151327
28
3.5
28
81
9
112
29
25
16
29
1.96
243158892--243158990
28
3.5
28
81
9
112
29
25
16
29
1.96
243162633--243162762
66
1.9
67
84
10
174
33
16
30
20
1.94
243170060--243170232
68
2.5
66
92
5
258
33
15
28
23
1.94
243170086--243170232
68
2.2
68
100
0
294
31
14
29
23
1.95
243172949--243173001
12
4.6
12
79
9
65
77
5
1
15
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
243172952--243173001
17
2.9
18
88
8
77
76
6
2
16
1.08
243172949--243173001
6
9.2
6
79
8
56
77
5
1
15
1.04
243182358--243182384
14
1.9
14
100
0
54
14
25
14
44
1.84
243197186--243197310
40
3.2
40
96
1
225
24
20
24
31
1.98
243197190--243197345
80
2.0
79
83
6
190
23
21
25
30
1.99
243204806--243204934
42
3.1
41
88
9
192
24
20
21
33
1.97
243204802--243204969
82
2.0
83
85
7
227
25
20
22
32
1.98
243208034--243208200
40
4.2
40
85
6
198
26
28
20
23
1.99
243208034--243208200
80
2.1
79
85
5
221
26
28
20
23
1.99
243209816--243209853
16
2.4
16
100
0
76
47
18
5
28
1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770