genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  149  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43943993--43944144	80	1.9	80	85	5	209	25	23	27	23	2.00
43951287--43951603	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
43951287--43951603	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
43953532--43953743	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
43953726--43953903	43	4.1	43	95	0	302	14	21	32	30	1.94
43957645--43957961	47	6.7	47	89	2	447	31	8	31	28	1.86
43957645--43957961	96	3.3	93	87	6	447	31	8	31	28	1.86
43962712--43962863	80	1.9	80	83	5	200	26	23	26	23	2.00
43962712--43962879	40	4.2	39	80	6	151	26	22	26	24	2.00
43966187--43966230	23	2.0	23	82	13	56	40	11	9	38	1.73
43973711--43973756	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
43973718--43973768	23	2.2	24	82	10	61	39	15	9	35	1.81
43978922--43979018	40	2.5	40	89	1	142	24	29	23	21	1.99
43980448--43980599	39	3.9	39	92	0	241	25	30	19	24	1.98
43988373--43988592	39	5.8	39	86	7	247	24	30	21	24	1.99
43988408--43988593	39	4.9	39	87	8	276	23	31	20	24	1.98
43988408--43988594	72	2.5	74	89	6	279	23	31	20	25	1.98
43990224--43990299	40	1.9	40	89	5	118	31	23	18	26	1.97
43992037--43992077	11	3.5	11	87	12	64	78	7	0	14	0.96
43992036--43992079	13	3.5	13	90	9	74	79	6	0	13	0.92
43992160--43992194	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
43992669--43992711	3	14.3	3	90	9	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43992670--43992715	14	3.1	16	84	15	71	36	0	0	63	0.95
43992668--43992723	30	1.9	30	85	7	80	39	1	0	58	1.08
43992816--43992869	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
43992663--43992944	147	1.9	146	82	7	356	31	4	6	57	1.44
43993088--43993160	33	2.3	30	80	11	83	35	5	2	56	1.37
43997221--43997259	12	3.2	12	88	0	51	25	28	7	38	1.83
44005481--44005509	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
44005432--44005738	166	1.8	166	96	0	569	27	18	20	32	1.96
44005750--44005947	53	3.5	53	70	15	173	25	14	23	36	1.93
44005678--44006010	116	2.9	116	96	0	603	26	14	24	34	1.94
44005803--44006011	63	3.5	62	70	19	217	24	15	25	33	1.95
44006030--44006058	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
44006063--44006285	76	2.8	77	80	11	243	28	17	21	32	1.96
44005976--44006285	164	1.9	164	97	0	584	26	18	21	33	1.96
44008062--44008116	3	18.3	3	96	0	101	30	0	1	67	1.01
44008220--44008279	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
44008317--44008348	14	2.1	16	88	11	50	28	6	0	65	1.16
44008497--44008569	33	2.3	30	80	11	83	35	5	2	56	1.37
44010529--44010777	23	10.9	23	80	4	220	33	4	21	40	1.74
44011016--44011062	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
44011326--44011553	43	5.3	43	84	5	300	25	19	29	25	1.99
44011326--44011551	85	2.6	86	90	2	348	25	19	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44011741--44011868	43	3.0	43	95	0	229	11	21	32	34	1.89
44015481--44016010	48	11.0	48	91	0	808	36	6	26	30	1.81
44016151--44016253	37	2.8	37	89	2	154	23	21	31	24	1.99
44022664--44022723	30	2.0	30	96	0	111	25	0	43	31	1.55
44024067--44024102	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
44024071--44024114	18	2.4	18	85	7	54	38	13	9	38	1.77
44024521--44024833	46	6.8	46	91	1	439	22	23	14	39	1.90
44024686--44024761	25	3.2	25	64	27	65	22	25	13	39	1.90
44026368--44026477	26	4.2	25	87	6	148	34	5	21	38	1.77
44026368--44026477	52	2.1	52	89	0	166	34	5	21	38	1.77
44028259--44028533	136	2.0	137	97	0	516	25	19	24	31	1.98
44035010--44035093	11	7.6	10	79	15	60	82	10	5	1	0.90
44035028--44035090	9	7.2	8	80	16	56	84	12	3	0	0.75
44035044--44035089	20	2.3	20	85	7	67	82	15	2	0	0.76
44036523--44037012	68	7.2	68	88	1	680	27	23	21	27	1.99
44036526--44037012	203	2.4	204	91	1	771	27	23	21	27	1.99
44036515--44037056	271	2.0	271	86	1	755	28	23	20	27	1.99
44037104--44038234	132	8.6	132	95	0	1976	30	19	24	25	1.98
44039071--44039097	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
44045886--44046136	27	9.3	27	86	5	292	28	22	8	40	1.84
44046086--44046280	27	7.2	27	79	0	156	36	21	8	33	1.83
44045894--44046135	54	4.5	54	91	0	376	27	22	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44045886--44046136	81	3.1	81	83	4	344	28	22	8	40	1.84
44046014--44046171	81	2.0	81	79	0	172	31	22	8	37	1.83
44046129--44046279	54	2.8	54	91	0	239	39	21	7	31	1.82
44046113--44046280	81	2.1	81	83	0	210	38	20	7	32	1.81
44048539--44048573	6	5.5	6	87	12	52	68	0	17	14	1.21
44049506--44049577	35	2.1	35	92	5	119	30	4	22	43	1.72
44051027--44051079	26	2.0	26	96	0	97	37	7	15	39	1.75
44053536--44053645	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
44055428--44055712	136	2.1	136	98	0	552	24	18	25	31	1.98
44056953--44056983	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
44059113--44059155	12	3.6	12	100	0	86	13	51	25	9	1.71
44060398--44060682	136	2.1	136	97	0	543	31	24	18	24	1.98
44062464--44062573	26	4.2	26	96	0	193	36	25	5	32	1.79
44063679--44064007	131	2.6	129	88	2	475	34	20	18	27	1.96
44064638--44064694	2	28.5	2	89	0	69	43	47	7	1	1.40
44064694--44064724	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
44067032--44067070	14	2.8	14	88	7	53	41	5	17	35	1.72
44067624--44067654	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
44067679--44067722	22	2.0	22	86	0	61	47	0	0	52	1.00
44069400--44069426	7	3.9	7	100	0	54	85	0	14	0	0.61
44071097--44071140	21	2.2	20	84	12	54	31	6	4	56	1.46
44080487--44080524	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44087139--44087169	7	4.4	7	100	0	62	61	0	0	38	0.96
44090834--44090885	10	4.8	10	76	17	50	46	0	0	53	1.00
44090872--44090903	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
44091035--44091228	96	2.0	96	100	0	388	43	20	9	26	1.82
44091793--44091841	14	2.9	18	71	22	52	36	24	8	30	1.85
44092028--44092164	41	3.4	41	94	1	240	19	23	24	32	1.97
44092260--44092297	12	3.2	12	100	0	76	44	31	15	7	1.75
44092821--44092871	14	3.5	14	82	15	59	47	7	0	45	1.32
44098986--44099146	26	6.2	26	94	1	261	33	4	24	36	1.77
44098986--44099146	77	2.1	78	96	1	297	33	4	24	36	1.77
44100930--44101216	137	2.1	137	97	0	538	24	18	24	32	1.97
44101999--44102098	42	2.3	44	83	8	118	36	1	1	62	1.09
44102051--44102084	16	2.1	17	88	5	52	38	0	2	58	1.13
44102337--44102379	17	2.7	15	80	13	50	34	0	2	62	1.08
44114290--44114764	119	4.0	119	95	0	833	33	18	18	29	1.94
44114696--44114898	83	2.4	83	95	0	361	33	18	19	28	1.95
44115608--44115671	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
44115886--44116006	47	2.6	47	90	0	170	28	19	21	29	1.98
44115886--44116005	23	5.1	23	85	3	159	29	20	21	29	1.98
44116056--44116142	20	4.3	20	88	0	111	34	18	11	35	1.87
44116061--44116135	20	3.8	20	90	0	114	33	17	12	37	1.86
44117371--44117441	27	2.7	27	79	12	69	25	22	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44117494--44117546	27	2.0	27	84	0	70	39	15	13	32	1.85
44117504--44117555	27	1.9	27	92	7	88	38	13	11	36	1.81
44117592--44117772	27	6.8	26	78	8	168	29	8	20	40	1.83
44117592--44117786	81	2.4	81	87	2	268	30	8	21	39	1.84
44117765--44117921	27	5.8	27	86	0	188	40	9	22	28	1.85
44117592--44117813	81	2.8	81	83	3	180	32	9	20	37	1.84
44117765--44117948	54	3.4	54	80	0	188	38	9	22	29	1.86
44120146--44120278	18	7.5	18	88	5	200	39	11	12	36	1.79
44120137--44120278	35	4.0	35	95	2	239	38	10	13	37	1.79
44120755--44120820	17	3.9	17	71	23	59	34	1	0	63	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770