Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  98  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28595286--28595350
34
2.0
34
81
6
80
32
24
15
27
1.95
28597191--28597271
26
3.2
26
92
3
146
37
27
4
30
1.78
28600223--28600263
21
1.9
22
85
14
59
58
2
0
39
1.11
28601839--28601935
48
2.0
48
100
0
194
32
19
26
20
1.97
28602448--28602483
18
2.1
17
89
5
54
63
0
0
36
0.94
28602729--28602767
18
2.4
17
87
12
55
33
7
5
53
1.51
28604891--28605057
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
28612896--28613062
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
28618625--28618711
18
4.8
18
86
0
120
29
24
13
32
1.94
28621703--28621732
15
1.9
16
93
6
53
73
0
3
23
0.98
28622545--28622600
19
3.1
18
80
10
60
60
0
0
39
0.97
28622553--28622600
18
2.7
17
78
9
51
60
0
0
39
0.97
28624078--28624178
50
2.0
50
100
0
202
33
5
3
56
1.42
28626751--28626799
20
2.4
21
86
6
66
32
4
8
55
1.48
28627738--28627864
61
2.1
61
98
0
245
33
8
14
43
1.76
28633328--28633373
24
2.0
24
82
4
58
58
4
4
32
1.37
28640820--28640894
17
4.9
14
78
15
60
58
2
6
32
1.38
28640868--28640944
25
3.0
26
79
7
86
66
2
2
28
1.18
28640884--28640922
10
3.9
10
89
0
60
66
0
2
30
1.05
28641102--28641173
29
2.5
29
86
0
99
61
2
1
34
1.19
28641150--28641197
25
1.9
25
95
0
87
60
0
2
37
1.09
28644362--28644396
12
2.9
12
100
0
70
51
22
0
25
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28645156--28645275
63
1.9
63
84
0
159
26
6
30
35
1.82
28650432--28650484
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
28651974--28652066
32
2.9
32
95
0
168
38
24
5
31
1.78
28654451--28654476
6
4.3
6
100
0
52
46
15
19
19
1.85
28654462--28654565
51
2.0
53
83
9
133
37
20
22
20
1.94
28654867--28654909
21
2.0
21
100
0
86
9
37
9
44
1.69
28655051--28655088
20
1.9
20
100
0
76
42
7
0
50
1.31
28655597--28655625
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18
28655966--28656011
20
2.3
19
82
10
56
54
19
2
23
1.55
28656561--28656634
36
2.1
36
100
0
148
48
16
13
21
1.80
28658227--28658309
40
2.0
41
81
2
96
38
19
1
40
1.59
28658236--28658318
26
3.2
26
79
6
78
34
21
2
40
1.67
28661007--28661049
18
2.4
17
81
14
50
60
0
11
27
1.31
28663969--28664099
26
5.2
25
94
4
196
35
4
22
37
1.75
28663969--28664099
51
2.6
50
91
4
203
35
4
22
37
1.75
28665579--28665630
25
2.0
26
85
3
70
38
23
13
25
1.91
28669774--28669882
26
4.2
26
95
1
184
33
4
24
36
1.76
28671363--28671414
25
2.0
26
85
3
70
38
23
13
25
1.91
28672850--28672884
17
1.9
19
88
11
56
42
0
5
51
1.25
28674396--28674432
15
2.3
17
86
9
51
29
2
5
62
1.31
28677152--28677204
9
5.4
9
78
14
52
49
0
1
49
1.12
28677170--28677204
18
1.9
18
94
0
61
42
0
2
54
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28678482--28678513
9
3.6
9
95
0
55
34
3
9
53
1.49
28679168--28679205
18
2.1
18
85
9
51
60
0
7
31
1.25
28680625--28681639
213
4.8
212
89
1
1435
33
20
16
29
1.95
28685969--28686003
17
1.9
19
88
11
56
42
0
5
51
1.25
28688043--28688071
12
2.3
13
94
5
51
72
0
0
27
0.85
28690038--28690099
30
2.1
30
96
0
115
37
8
16
38
1.78
28691070--28691108
18
2.2
18
90
0
60
15
0
23
61
1.33
28691251--28691286
16
2.2
16
90
5
54
52
30
0
16
1.44
28691364--28691405
8
5.4
8
82
5
50
57
26
0
16
1.40
28691364--28691411
23
2.1
23
88
0
69
54
29
0
16
1.43
28691368--28691411
15
2.9
16
86
10
65
50
31
0
18
1.47
28693028--28693087
9
7.1
8
78
14
59
26
0
1
71
0.95
28693024--28693103
20
4.2
19
78
18
69
28
0
1
70
0.96
28693036--28693112
9
8.6
9
75
19
63
31
0
1
67
0.99
28693027--28693087
17
3.6
16
84
8
77
26
0
1
72
0.94
28694720--28695254
213
2.5
213
94
1
948
34
19
18
28
1.95
28695064--28695443
189
2.0
189
88
1
555
34
18
18
28
1.94
28699164--28699216
26
2.0
26
100
0
106
33
24
18
22
1.97
28700410--28700477
33
2.1
33
100
0
136
64
5
5
23
1.38
28703447--28703513
29
2.4
28
80
9
66
29
8
1
59
1.37
28703578--28703641
27
2.4
28
78
5
69
28
4
6
60
1.41
28704389--28704424
17
2.1
17
100
0
72
44
11
11
33
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28707684--28707755
28
2.6
28
88
0
99
29
27
12
30
1.93
28710761--28710791
3
10.3
3
100
0
62
67
0
0
32
0.91
28712284--28712317
16
2.1
16
89
10
52
14
0
29
55
1.40
28714050--28714089
20
2.0
21
85
5
55
35
20
7
37
1.81
28714246--28714343
19
5.1
19
71
22
53
39
2
1
57
1.17
28714292--28714349
18
3.0
20
78
14
68
46
1
0
51
1.11
28714447--28714482
17
2.1
17
89
0
54
22
0
0
77
0.76
28720714--28720783
31
2.3
31
84
0
86
61
7
5
25
1.44
28721412--28721444
14
2.4
14
94
0
57
18
0
12
69
1.18
28725248--28725286
15
2.6
15
91
0
60
53
7
0
38
1.30
28735954--28735995
21
2.0
20
90
4
66
28
7
0
64
1.20
28735961--28736002
18
2.4
18
84
11
52
28
7
0
64
1.20
28737282--28737327
20
2.3
20
75
17
51
32
0
2
65
1.05
28739427--28739603
50
3.5
50
89
3
275
33
16
23
25
1.96
28739579--28739728
31
4.8
31
88
4
221
26
20
28
24
1.99
28739579--28739725
63
2.4
63
88
2
217
26
20
28
24
1.99
28739750--28739910
46
3.6
46
81
9
147
31
14
24
29
1.95
28739839--28739951
42
2.7
42
91
0
172
30
15
25
28
1.95
28744267--28744443
50
3.5
50
89
3
275
33
16
23
25
1.96
28744419--28744537
31
3.8
31
89
2
184
27
21
27
23
1.99
28744419--28744537
63
1.9
62
89
1
184
27
21
27
23
1.99
28744555--28744720
47
3.7
46
83
7
162
30
15
24
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28744649--28744761
42
2.7
42
91
0
172
30
15
25
28
1.95
28753439--28753465
12
2.2
12
100
0
54
74
0
0
25
0.83
28753450--28753486
19
2.0
18
89
5
56
67
0
0
32
0.91
28753456--28753505
15
3.2
16
73
21
61
68
0
0
32
0.90
28753439--28753508
30
2.3
31
92
2
115
70
0
0
30
0.88
28758450--28759035
213
2.8
214
91
4
921
34
20
15
28
1.94
28759026--28760823
213
8.4
213
95
0
3100
34
21
16
27
1.95
28763921--28763955
16
2.2
16
90
5
54
45
11
17
25
1.81
28765904--28765928
12
2.1
12
100
0
50
32
0
0
68
0.90
28768330--28768375
11
3.9
12
75
13
51
36
4
2
56
1.31
28768331--28768374
12
3.8
12
81
6
54
36
4
2
56
1.32
28768420--28768478
25
2.4
24
81
10
66
30
5
1
62
1.26
28768534--28768570
13
2.9
13
92
4
58
18
2
0
78
0.87
28768532--28768571
17
2.3
18
91
4
64
20
2
0
77
0.88
28776447--28776488
22
1.9
22
85
9
59
19
4
40
35
1.72
28777332--28777365
2
16.5
2
87
6
50
44
2
0
52
1.16
28781657--28781764
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
28789031--28789138
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
28791538--28791566
15
1.9
15
100
0
58
20
0
0
79
0.74
28791774--28791843
24
3.0
24
74
12
65
32
0
5
61
1.20
28795516--28795592
27
2.9
27
98
0
145
24
3
32
38
1.74
28803242--28803283
20
2.0
21
90
4
68
33
4
0
61
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28803297--28803328
16
2.0
16
93
0
55
65
0
3
31
1.08
28804340--28804403
9
7.1
9
71
18
53
51
0
0
48
1.00
28804358--28804398
21
2.0
21
85
0
55
51
0
0
48
1.00
28804360--28804422
19
3.1
21
80
15
71
55
0
0
44
0.99
28806647--28807050
55
7.4
54
78
4
218
33
18
17
30
1.94
28806753--28806891
56
2.6
54
86
5
208
29
23
18
28
1.98
28806566--28807001
219
2.0
218
87
4
630
33
18
16
31
1.93
28806862--28807045
55
3.3
54
87
5
253
33
16
19
30
1.94
28807195--28807251
21
2.7
21
78
10
55
64
0
15
19
1.28
28807207--28807252
16
2.8
17
90
6
69
69
0
13
17
1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770