genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  185  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55389127--55389309	47	3.8	48	89	6	291	31	26	6	35	1.82
55389185--55389468	47	6.1	45	83	10	217	28	28	9	33	1.88
55389324--55389399	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
55389280--55389448	47	3.7	47	91	3	256	26	28	11	33	1.92
55393620--55393929	40	7.8	40	90	0	480	25	27	21	25	2.00
55395197--55395304	36	2.9	37	93	2	182	26	31	18	23	1.97
55395451--55395635	48	3.8	48	92	4	309	30	26	7	35	1.83
55395451--55395634	98	1.9	97	93	4	318	30	26	7	35	1.83
55395605--55395797	47	4.1	47	89	0	271	26	30	10	32	1.90
55406920--55406969	21	2.3	21	83	13	57	12	12	10	66	1.46
55408337--55408365	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
55410818--55410906	24	3.9	24	78	16	82	22	21	13	42	1.87
55410840--55410895	5	11.6	5	78	21	66	21	21	16	41	1.90
55410834--55410890	19	3.0	19	97	0	105	22	21	14	42	1.88
55414709--55415635	131	7.1	131	82	4	935	28	17	25	28	1.97
55414756--55415635	260	3.3	259	85	3	984	28	17	25	28	1.97
55415816--55416439	44	14.2	44	92	0	1005	26	15	32	25	1.95
55418546--55418574	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
55423886--55424014	46	2.8	46	96	0	231	19	22	29	28	1.98
55428341--55428501	77	2.1	78	94	2	281	32	12	18	36	1.88
55431245--55431313	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
55431236--55431323	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55433707--55433882	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
55433703--55433874	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
55436830--55436898	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
55436821--55436908	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
55439292--55439467	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
55439288--55439459	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
55443797--55443957	77	2.1	78	94	2	281	32	12	18	36	1.88
55446880--55447167	40	7.2	39	82	7	312	25	22	27	24	2.00
55446880--55447167	80	3.6	80	89	2	393	25	22	27	24	2.00
55446880--55447167	120	2.4	120	85	0	398	25	22	27	24	2.00
55455115--55455382	40	6.7	39	85	5	315	25	22	27	23	2.00
55455115--55455375	80	3.3	80	92	1	398	25	22	27	23	2.00
55455115--55455382	120	2.2	120	89	0	392	25	22	27	23	2.00
55459122--55459331	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
55466195--55466247	27	2.0	27	88	7	81	32	26	24	16	1.97
55467848--55467899	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
55473352--55473460	40	2.7	41	80	9	134	22	23	27	25	2.00
55477765--55477877	40	2.8	40	92	4	176	23	23	29	23	1.99
55480094--55480211	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55480062--55480225	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
55488569--55488721	40	3.8	40	87	2	202	24	21	26	26	1.99
55512924--55512975	27	1.9	27	84	0	68	23	23	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55516151--55516209	26	2.2	26	84	3	73	25	20	18	35	1.95
55520167--55520202	18	1.9	19	88	5	56	61	11	8	19	1.54
55522859--55522915	18	3.1	18	79	18	64	71	3	7	17	1.22
55522986--55523031	10	4.5	10	77	22	51	71	0	0	28	0.86
55522986--55523031	7	6.7	7	87	12	69	71	0	0	28	0.86
55526682--55526753	31	2.4	29	78	13	74	68	2	5	23	1.24
55530700--55530892	48	3.9	48	81	7	208	25	19	28	26	1.98
55533850--55533914	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
55533846--55533914	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
55536050--55536235	50	3.8	48	83	7	221	25	18	27	27	1.98
55538043--55538147	42	2.5	43	79	4	124	25	18	21	34	1.96
55538026--55538147	42	2.9	42	75	9	122	25	17	22	34	1.96
55537989--55538160	43	4.0	43	72	8	143	23	17	25	33	1.96
55538311--55538549	119	2.0	119	99	0	469	35	7	20	36	1.80
55541152--55541321	46	3.7	45	75	17	161	30	20	28	21	1.98
55541293--55541350	29	2.0	29	86	6	82	25	17	31	25	1.97
55547815--55547917	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
55555054--55555156	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
55561806--55561830	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
55562947--55563022	36	2.1	36	81	13	86	38	0	6	55	1.26
55563233--55563263	14	2.2	14	100	0	62	29	0	6	64	1.18
55563908--55563947	17	2.2	20	86	13	59	17	5	2	75	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55563982--55564019	20	2.0	20	84	5	51	26	13	0	60	1.33
55564285--55564362	34	2.3	34	79	16	90	42	3	1	52	1.27
55564629--55564678	23	2.2	23	85	7	66	58	0	2	40	1.10
55569596--55569675	40	2.0	39	86	11	110	23	30	22	23	1.99
55571357--55571539	40	4.6	39	86	7	219	25	22	26	25	2.00
55571357--55571574	80	2.8	80	80	12	245	26	22	26	24	2.00
55579372--55579557	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
55579372--55579590	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
55580335--55580383	19	2.6	19	100	0	98	24	26	38	10	1.87
55584456--55584511	31	2.0	30	83	16	75	76	1	12	8	1.08
55585578--55585676	27	3.5	28	88	5	128	27	13	26	33	1.93
55585608--55585689	27	3.0	27	87	5	76	29	14	23	32	1.94
55589658--55589760	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
55600481--55600581	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
55609514--55609574	21	2.9	21	95	0	104	24	26	36	13	1.92
55612321--55612406	43	2.0	43	88	0	127	20	17	32	29	1.96
55617279--55617334	22	2.6	22	77	2	60	16	32	32	19	1.94
55618874--55618928	27	2.0	27	96	0	101	21	20	30	27	1.98
55622313--55622461	56	2.6	56	79	8	158	35	23	14	26	1.93
55625284--55625316	16	2.1	16	100	0	66	30	12	12	45	1.78
55625453--55625586	24	5.6	24	87	0	187	19	13	28	38	1.89
55630278--55630402	42	3.0	41	86	6	162	38	10	0	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55632849--55632888	15	2.9	14	82	10	55	65	17	10	7	1.46
55637322--55637354	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
55641400--55641592	96	2.0	96	89	0	296	36	13	16	33	1.88
55651923--55652089	80	2.1	80	82	5	196	25	21	27	25	1.99
55651923--55652089	40	4.2	40	76	8	162	25	21	27	25	1.99
55653479--55653698	27	8.2	26	82	4	199	41	18	13	26	1.88
55653688--55653778	27	3.4	27	92	0	137	18	16	20	43	1.87
55657568--55658345	48	16.0	48	92	2	1232	35	7	27	29	1.84
55658391--55658497	37	2.9	37	92	0	178	24	20	32	22	1.98
55659731--55660042	40	7.8	40	93	0	516	26	19	27	26	1.99
55662266--55662338	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
55669484--55669556	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
55673300--55674093	48	16.0	48	78	13	679	34	6	27	30	1.83
55673300--55674093	144	5.3	144	79	13	863	34	6	27	30	1.83
55673637--55673687	15	3.5	15	78	10	70	29	0	25	45	1.54
55673634--55673692	28	2.1	28	100	0	118	35	0	23	40	1.55
55673586--55673740	76	2.0	76	96	0	283	34	5	26	34	1.79
55674139--55674245	37	2.9	37	91	0	178	24	20	32	22	1.98
55679249--55679309	22	2.8	22	82	9	79	39	13	27	19	1.89
55680466--55680505	12	3.3	12	85	0	53	35	0	35	30	1.58
55680462--55680507	24	1.9	24	86	0	65	34	0	39	26	1.57
55681922--55682053	27	4.9	27	85	0	174	22	17	20	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55683719--55683821	37	2.8	37	93	0	170	26	32	19	22	1.97
55683962--55684395	48	9.0	48	96	0	760	31	27	5	34	1.81
55687022--55687075	27	2.0	27	100	0	108	40	25	3	29	1.73
55691231--55691257	11	2.5	11	100	0	54	14	0	11	74	1.08
55693461--55693562	29	3.5	29	82	5	116	29	24	1	44	1.65
55693486--55693577	29	3.1	29	81	3	112	31	22	3	42	1.70
55693462--55693577	59	2.0	59	84	3	153	31	23	2	43	1.67
55695033--55695078	17	2.7	18	86	6	60	32	10	13	43	1.78
55695046--55695084	17	2.2	18	86	9	53	23	12	7	56	1.62
55696865--55696967	29	3.6	29	76	2	82	19	17	33	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770