genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.624.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  624  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195776640--195776805	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
195776656--195776805	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
195780770--195780804	13	2.7	13	100	0	70	22	28	42	5	1.76
195782461--195782557	40	2.5	39	83	8	119	31	28	22	16	1.96
195783464--195783517	26	2.1	25	83	10	65	3	20	1	74	1.07
195783668--195783695	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
195785023--195785056	13	2.6	13	90	0	59	41	41	0	17	1.50
195791512--195791572	17	3.4	17	72	12	59	32	3	14	49	1.60
195791510--195791581	37	1.9	37	97	0	135	33	5	15	45	1.69
195791527--195791581	17	3.0	18	70	15	58	36	5	16	41	1.71
195791580--195791613	9	3.8	9	92	0	50	26	14	23	35	1.94
195791580--195791616	18	2.1	18	94	0	65	27	13	21	37	1.91
195791975--195792013	17	2.2	18	95	4	71	53	7	5	33	1.51
195792895--195792932	19	2.0	20	94	5	69	55	2	0	42	1.14
195796236--195796269	18	1.9	18	88	5	52	55	0	2	41	1.15
195796663--195796723	28	2.1	28	84	3	77	31	1	6	60	1.32
195798096--195798121	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
195798826--195799004	40	4.5	40	82	6	195	26	23	25	24	2.00
195811803--195811933	29	4.5	29	77	5	113	23	18	32	25	1.97
195822229--195822836	44	13.8	44	84	4	649	29	13	26	30	1.94
195822221--195822836	132	4.7	132	83	4	744	29	13	26	30	1.94
195824513--195824556	19	2.2	21	88	8	65	38	2	0	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195826536--195826787	43	5.8	43	80	5	267	31	24	15	28	1.95
195826527--195826787	86	3.0	86	84	4	337	31	24	15	29	1.96
195830253--195830428	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
195830249--195830420	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
195833375--195833454	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
195833366--195833453	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
195835826--195836000	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
195835827--195836000	45	3.8	46	80	13	223	20	21	29	28	1.98
195844527--195844575	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
195845390--195845540	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
195848480--195848521	18	2.3	18	91	4	66	23	21	9	45	1.81
195851247--195851416	46	3.7	45	79	13	195	21	20	28	30	1.98
195852279--195852321	19	2.2	20	83	8	52	48	2	2	46	1.27
195858070--195858242	45	3.7	47	80	12	198	21	21	27	28	1.99
195868141--195868183	19	2.3	19	95	0	77	16	25	23	34	1.95
195869760--195870153	50	7.9	50	76	5	373	30	24	17	26	1.97
195869821--195870152	101	3.3	100	80	8	313	31	24	17	26	1.97
195869763--195870154	150	2.6	151	91	1	626	31	24	17	26	1.97
195877049--195877086	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
195877084--195877239	43	3.6	42	83	3	168	25	14	28	31	1.95
195877397--195877442	14	3.4	14	71	17	51	26	2	32	39	1.68
195877571--195877611	21	2.0	21	90	4	66	24	0	36	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195877624--195877678	21	2.6	21	88	5	76	27	0	29	43	1.55
195877613--195877712	28	3.8	28	69	23	72	30	1	25	44	1.61
195877646--195877714	28	2.4	28	83	9	86	26	0	27	46	1.53
195877794--195877866	28	2.6	29	78	10	80	19	0	35	45	1.51
195877829--195877890	21	3.0	21	83	4	74	25	1	32	40	1.66
195877849--195877920	28	2.5	29	82	10	94	27	1	30	40	1.65
195880183--195880212	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
195880283--195880651	183	2.0	183	97	0	693	26	15	15	42	1.87
195881797--195881924	9	13.6	9	76	9	112	47	20	0	31	1.56
195881814--195881891	39	2.0	39	94	0	138	47	20	0	32	1.51
195881810--195881922	57	2.0	57	87	0	163	46	22	0	30	1.58
195883917--195884024	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
195885161--195885186	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
195890040--195890085	21	2.2	21	88	0	65	26	17	56	0	1.41
195890523--195890856	100	3.5	98	82	9	395	35	20	19	24	1.95
195890670--195890714	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
195890523--195890802	100	2.8	101	89	2	413	38	18	18	23	1.93
195890683--195890858	90	2.0	87	86	3	244	36	20	18	24	1.95
195891736--195891768	12	2.8	12	86	4	50	0	15	0	84	0.61
195891736--195891768	17	1.9	17	88	11	50	0	15	0	84	0.61
195902779--195902884	25	4.2	25	95	2	187	33	4	23	37	1.76
195912872--195912913	19	2.2	20	86	4	59	47	7	19	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195922712--195923302	27	22.1	26	80	9	568	39	20	9	31	1.84
195922691--195923302	53	11.5	53	81	7	627	39	20	9	31	1.84
195922691--195923302	107	5.7	108	84	5	690	39	20	9	31	1.84
195923342--195923780	27	16.3	27	88	0	572	37	18	20	23	1.94
195922691--195923375	348	2.0	347	88	2	1016	38	20	9	30	1.85
195923342--195923780	108	4.1	108	92	0	716	37	18	20	23	1.94
195923711--195923815	35	3.2	35	74	19	118	38	20	19	21	1.94
195923711--195923834	62	2.0	62	87	0	176	36	20	20	23	1.95
195927581--195927616	18	2.0	18	100	0	72	27	11	27	33	1.91
195927848--195927872	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
195936538--195936715	46	3.9	47	78	14	183	28	29	21	20	1.98
195936546--195936715	92	1.8	92	93	2	297	27	29	22	20	1.98
195936588--195936730	46	3.1	45	73	13	139	29	28	20	20	1.98
195939090--195939178	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
195939090--195939169	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
195939101--195939178	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
195943800--195944007	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
195943800--195944005	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
195946926--195946950	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
195948459--195948762	48	6.6	48	78	10	325	33	7	27	31	1.85
195948536--195948606	34	2.1	34	100	0	142	33	8	25	32	1.86
195948488--195948750	82	3.0	82	83	14	364	33	7	26	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195948459--195948702	130	1.9	130	98	0	470	33	8	27	31	1.86
195948807--195948892	37	2.3	37	97	0	163	25	19	31	23	1.98
195950805--195951065	40	6.6	40	85	6	255	24	21	28	26	1.99
195953210--195953234	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
195954743--195955223	48	10.6	48	74	12	416	33	8	27	31	1.86
195954820--195955163	82	4.0	82	74	16	277	33	8	26	31	1.86
195954772--195955163	130	3.0	130	98	0	759	33	8	26	31	1.86
195955268--195955351	35	2.3	37	89	8	145	26	19	30	23	1.98
195962469--195962675	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	26	2.00
195962469--195962673	79	2.6	81	83	3	238	25	26	22	25	2.00
195965299--195965465	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
195965315--195965465	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
195973304--195973470	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
195973320--195973470	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
195977509--195977645	29	4.7	29	79	8	127	27	29	14	28	1.95
195977510--195977644	60	2.3	58	82	5	155	27	30	14	27	1.95
195985574--195985709	29	4.7	29	80	6	134	27	30	14	27	1.95
195985575--195985708	59	2.3	58	83	3	162	27	30	14	26	1.95
195993692--195993761	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
195995617--195995807	40	4.8	39	79	10	165	24	28	23	24	2.00
195995591--195995808	79	2.8	80	79	8	223	25	27	22	24	2.00
196001238--196001324	44	2.0	43	95	2	156	28	8	28	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196005617--196005787	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
196005609--196005784	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
196013674--196013833	29	5.5	29	82	4	180	25	31	17	26	1.97
196020474--196020626	40	3.8	40	77	9	134	23	23	27	25	2.00
196023188--196023383	65	3.0	65	98	0	374	25	15	17	42	1.88
196023270--196023370	30	3.2	29	65	26	71	23	16	16	42	1.88
196030159--196030259	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
196037460--196037485	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
196037936--196038140	24	8.6	24	93	2	315	21	19	25	34	1.96
196037936--196038140	47	4.3	48	94	0	333	21	19	25	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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