genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  178  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53212196--53212243	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
53212287--53212345	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
53212396--53212537	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	26	1.99
53212396--53212537	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
53212729--53212792	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
53215629--53215862	27	8.7	27	87	5	294	29	21	8	40	1.83
53215629--53215862	81	2.9	81	89	2	337	29	21	8	40	1.83
53217092--53217139	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
53217183--53217241	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
53217292--53217434	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
53217292--53217434	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
53217292--53217435	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
53217624--53217687	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
53223640--53223704	29	2.3	29	83	2	78	43	1	24	30	1.64
53225600--53225770	93	1.8	93	92	0	288	28	26	21	23	1.99
53225595--53225767	46	3.7	46	77	13	183	28	26	21	23	1.99
53227542--53227670	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
53229629--53229669	21	2.0	21	85	0	55	39	7	21	31	1.81
53235006--53235181	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
53235003--53235174	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
53242399--53242426	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
53242625--53242730	42	2.5	41	80	7	115	27	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53247682--53247753	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
53247887--53247992	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
53251388--53251467	28	2.8	28	77	7	90	26	30	20	23	1.98
53251658--53251858	43	4.7	43	96	1	368	31	31	24	11	1.91
53251658--53251858	85	2.3	86	96	0	368	31	31	24	11	1.91
53253558--53253628	37	1.9	37	94	0	124	22	35	19	22	1.96
53253762--53253867	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
53256633--53256706	38	2.0	37	91	2	121	24	22	13	39	1.90
53256660--53256723	31	2.1	31	90	0	101	18	23	18	39	1.93
53256931--53257013	24	3.4	23	80	16	80	27	24	19	28	1.98
53267453--53267641	55	3.5	53	81	5	218	21	23	19	35	1.96
53267442--53267649	54	3.9	54	81	4	231	22	24	18	35	1.95
53267628--53267727	47	2.1	47	94	0	173	28	25	13	34	1.93
53267878--53267962	44	1.9	44	83	4	109	25	20	14	40	1.90
53274519--53274621	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
53281754--53281856	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
53288991--53289093	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
53299189--53299261	29	2.5	29	88	0	83	24	30	16	28	1.96
53300442--53300491	15	3.6	14	76	20	52	8	16	0	76	1.02
53300422--53300473	9	5.8	9	75	6	52	3	11	1	82	0.88
53300424--53300490	33	2.1	31	83	13	82	5	13	1	79	0.99
53300971--53301158	55	3.5	53	80	6	191	21	25	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53300960--53301167	54	3.9	54	79	6	215	22	25	16	36	1.94
53301153--53301242	47	1.9	47	95	0	162	28	25	10	35	1.88
53305448--53305532	40	2.2	40	84	2	109	28	31	22	17	1.97
53305603--53305711	47	2.3	46	84	7	141	27	29	9	33	1.88
53308267--53308307	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
53311762--53311790	14	2.1	14	100	0	58	13	6	20	58	1.58
53321288--53321460	46	3.7	46	80	6	188	28	18	28	24	1.98
53321384--53321473	46	2.0	46	84	4	119	28	18	26	25	1.98
53325600--53325654	29	1.9	28	85	10	76	18	20	23	38	1.93
53327936--53328013	33	2.4	33	78	8	86	24	20	17	37	1.94
53329818--53329842	12	2.1	12	100	0	50	32	40	28	0	1.57
53336688--53336899	40	5.3	40	85	1	246	27	22	25	24	2.00
53344373--53344523	43	3.5	43	88	1	196	25	31	19	23	1.98
53344646--53344692	19	2.5	19	76	10	51	72	6	0	21	1.07
53358711--53358784	34	2.1	35	95	5	141	32	27	6	33	1.83
53361430--53361544	27	4.3	27	93	0	185	26	20	10	41	1.85
53361530--53361593	27	2.4	27	81	0	83	39	26	7	26	1.83
53361449--53361579	54	2.4	54	84	0	163	30	22	9	37	1.87
53361430--53361578	81	1.8	81	80	0	181	30	20	10	38	1.85
53361596--53361778	27	6.8	27	79	5	183	39	19	9	31	1.83
53361571--53361776	81	2.6	80	85	1	259	40	20	8	29	1.83
53361911--53361989	27	2.9	27	88	3	88	34	21	24	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53361932--53362006	27	2.8	27	89	4	107	32	20	25	22	1.98
53362741--53362770	15	1.9	16	93	6	53	30	20	16	33	1.94
53362803--53362944	26	5.8	25	81	12	152	28	23	21	26	1.99
53362841--53362882	20	2.1	20	95	0	75	28	23	26	21	1.99
53362815--53362906	46	2.0	46	95	0	166	28	21	23	26	1.99
53363089--53363180	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
53366977--53367023	23	2.0	23	100	0	94	48	12	17	21	1.79
53367110--53367293	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
53368854--53368969	54	2.1	54	79	0	124	35	19	6	37	1.79
53368867--53368997	27	4.9	27	81	3	147	32	19	6	41	1.78
53368975--53369245	27	10.1	27	75	8	99	40	21	8	29	1.83
53368989--53369220	80	2.9	80	87	3	306	40	21	8	29	1.83
53369016--53369220	53	3.8	51	81	8	221	40	21	8	28	1.83
53368989--53369260	107	2.5	107	76	8	266	40	20	8	29	1.82
53369370--53369448	27	2.9	27	92	3	124	30	21	26	21	1.98
53370255--53370377	52	2.4	51	94	2	221	26	22	23	27	2.00
53370255--53370377	26	4.8	26	90	1	187	26	22	23	27	2.00
53370518--53370609	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
53370633--53370703	31	2.3	31	97	0	133	30	16	23	28	1.97
53373134--53373210	38	2.0	38	97	0	145	29	24	14	31	1.94
53375015--53375057	22	1.9	23	85	4	61	67	2	4	25	1.22
53375057--53375081	10	2.5	10	100	0	50	72	0	8	20	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53387516--53387629	57	2.0	57	98	0	219	51	7	9	31	1.61
53399353--53399410	29	2.0	29	96	0	107	36	24	5	34	1.78
53406766--53406814	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
53407637--53407803	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
53414446--53414494	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
53415317--53415483	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
53422879--53422910	13	2.4	14	94	5	57	18	25	18	37	1.94
53439856--53439925	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
53446732--53446918	64	2.9	64	80	10	198	27	16	29	26	1.97
53449564--53449649	37	2.3	37	93	0	154	22	33	19	24	1.97
53449703--53449966	49	5.2	49	86	10	361	30	31	7	30	1.85
53449769--53449864	31	3.2	31	62	24	78	29	34	8	28	1.86
53449763--53449928	59	3.0	59	88	11	248	30	32	7	29	1.84
53449714--53449928	108	2.0	106	97	1	403	30	32	7	29	1.85
53449822--53449965	47	3.0	47	93	2	234	29	31	8	30	1.87
53453506--53453637	29	4.6	29	98	0	246	26	32	15	25	1.95
53453506--53453669	87	1.9	87	86	5	233	26	31	16	25	1.96
53455717--53455802	37	2.3	37	93	0	154	22	33	19	24	1.97
53455860--53456106	103	2.5	96	89	7	395	30	31	8	29	1.86
53455855--53456106	49	5.1	49	92	5	400	30	31	7	29	1.86
53461621--53461658	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
53464404--53464556	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53472360--53472512	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
53474596--53474698	29	3.6	29	89	2	145	26	14	32	27	1.95
53477096--53477126	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
53486882--53486919	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
53488512--53488592	28	2.9	28	96	1	146	44	25	11	18	1.83
53496571--53496714	46	3.1	44	67	21	98	30	28	18	22	1.97
53499652--53499814	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
53499652--53499845	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
53507915--53508086	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
53507907--53508082	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770