genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.506.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  506  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156617398--156617487	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
156617408--156617498	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
156617398--156617512	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
156618555--156618588	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
156623942--156623974	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
156629905--156630004	30	2.9	34	78	18	109	23	22	14	41	1.89
156629929--156630021	30	3.1	30	93	1	159	23	21	15	39	1.91
156630212--156630330	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
156630212--156630330	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
156630381--156630434	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
156630381--156630439	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
156632765--156632824	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
156639479--156639608	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
156639495--156639646	40	3.8	40	79	8	132	22	26	23	26	2.00
156642977--156643147	93	1.8	93	86	5	247	29	26	21	22	1.99
156644690--156644772	37	2.2	37	93	0	139	25	34	14	25	1.94
156644702--156644760	19	3.2	19	64	22	52	28	32	11	27	1.92
156644876--156645041	49	3.4	49	95	0	296	30	31	8	29	1.87
156648571--156648825	29	8.8	29	96	0	449	24	32	16	25	1.96
156648571--156648825	115	2.2	116	95	0	458	24	32	16	25	1.96
156650899--156651020	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
156651122--156651238	49	2.4	49	97	0	216	29	32	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156653836--156653895	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
156659448--156659579	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
156662956--156663125	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
156670986--156671152	40	4.2	40	81	6	207	25	23	28	22	1.99
156670986--156671152	78	2.1	79	83	5	205	25	23	28	22	1.99
156674856--156674925	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
156674856--156674937	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
156682614--156682683	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
156682614--156682695	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
156686172--156686322	56	2.7	56	91	0	248	29	14	23	32	1.94
156689248--156689644	27	14.7	27	82	3	327	39	19	10	31	1.85
156689248--156689611	107	3.4	108	78	5	299	40	18	9	30	1.83
156689855--156689977	41	3.0	41	82	0	147	26	20	25	28	1.99
156692767--156693013	27	9.2	26	76	6	163	40	18	10	31	1.84
156692792--156693013	54	4.1	54	77	2	189	40	18	10	30	1.84
156692980--156693109	27	4.8	27	77	3	109	44	19	8	27	1.79
156693375--156693454	41	2.0	41	92	0	133	20	21	31	27	1.98
156693598--156693661	22	2.9	22	79	9	76	20	21	23	34	1.97
156696630--156696780	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
156696667--156696796	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
156700192--156700380	6	30.3	6	67	20	86	49	15	15	19	1.80
156700192--156700380	19	10.1	18	66	20	86	49	15	15	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156700206--156700380	31	5.6	31	88	0	242	49	15	16	19	1.80
156700517--156700590	27	2.8	26	85	6	87	36	21	22	18	1.95
156700517--156700591	26	2.8	27	86	6	91	36	21	22	20	1.96
156700543--156700608	26	2.6	26	83	7	64	37	19	24	18	1.93
156700749--156700813	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
156701240--156701622	27	14.3	27	88	4	515	24	21	20	33	1.97
156701606--156701953	27	12.9	27	76	10	131	32	9	19	38	1.84
156701662--156701974	27	11.6	27	84	0	347	30	9	20	39	1.84
156701714--156701974	54	4.8	54	90	0	405	31	8	20	39	1.83
156702831--156702930	27	3.7	27	84	0	101	40	23	9	28	1.84
156702809--156703038	54	4.2	52	77	10	158	41	20	8	28	1.82
156702809--156703000	81	2.4	81	78	3	199	40	20	9	29	1.84
156702863--156703069	27	7.6	27	80	5	161	42	19	8	28	1.81
156702886--156703096	27	7.8	27	78	5	97	43	18	8	29	1.80
156703330--156703413	41	2.0	41	90	0	132	21	17	29	30	1.96
156703554--156703618	22	3.0	22	77	8	69	23	24	21	30	1.99
156707662--156707739	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
156707842--156707964	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
156711066--156711164	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
156711648--156711957	29	10.7	29	95	1	496	24	32	17	25	1.97
156713971--156714048	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
156714151--156714273	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156717376--156717474	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
156717958--156718267	29	10.7	29	95	1	496	24	32	17	25	1.97
156724027--156724212	40	4.7	40	98	0	363	26	23	29	21	1.99
156724027--156724276	120	2.1	120	87	1	358	26	23	28	22	1.99
156730113--156730299	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
156730136--156730299	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
156730136--156730333	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
156743528--156743698	93	1.8	93	83	2	227	29	28	19	22	1.98
156743523--156743714	46	4.2	46	69	15	128	30	28	18	22	1.98
156758821--156758915	29	3.3	29	86	1	129	30	31	13	24	1.94
156758974--156759007	18	1.9	18	88	5	52	17	35	23	23	1.95
156763786--156763915	40	3.2	40	83	4	165	23	24	28	23	2.00
156775851--156775999	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
156775892--156775999	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
156778294--156778333	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
156778299--156778341	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
156784074--156784342	43	6.3	43	74	6	224	24	19	27	27	1.99
156784091--156784349	86	3.0	86	80	5	294	25	19	27	27	1.99
156789406--156789557	49	3.0	49	80	3	169	30	24	18	26	1.98
156791157--156791216	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
156797319--156797364	15	3.0	15	83	3	56	50	36	6	6	1.54
156797447--156797526	13	6.8	13	72	21	77	37	53	0	8	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156797441--156797513	22	3.3	22	96	0	137	35	56	0	8	1.29
156797447--156797526	35	2.3	34	80	6	88	37	53	0	8	1.32
156797469--156797537	35	2.0	35	91	0	111	36	53	0	10	1.35
156797445--156797531	44	2.0	44	84	4	113	36	55	0	8	1.30
156797905--156797946	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
156797931--156798012	33	2.3	39	83	12	104	35	12	0	52	1.39
156800804--156800846	19	2.3	19	88	8	61	30	23	6	39	1.81
156805449--156805635	80	2.3	80	82	8	220	26	22	26	25	2.00
156805485--156805639	40	3.9	40	81	3	186	25	23	26	25	2.00
156813545--156813725	78	2.3	78	80	11	187	25	22	25	25	2.00
156813579--156813729	40	3.9	39	77	8	148	25	23	25	25	2.00
156813659--156813744	40	2.2	40	82	2	111	25	25	25	23	2.00
156820344--156820441	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
156822092--156822149	5	11.2	5	79	20	66	18	3	0	77	0.91
156822094--156822172	6	13.3	6	75	12	65	15	6	0	78	0.94
156822092--156822167	31	2.5	31	87	6	102	15	5	0	78	0.91
156827242--156827302	29	2.1	29	96	0	113	31	14	16	37	1.89
156829403--156829443	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
156831426--156831560	39	3.5	39	94	0	234	18	22	29	28	1.98
156834231--156834413	39	4.7	39	87	7	255	26	27	22	23	1.99
156838221--156838434	40	5.3	40	85	1	248	24	25	22	27	2.00
156838248--156838434	81	2.3	82	86	3	254	24	25	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156845607--156845788	39	4.7	39	87	7	246	26	28	21	23	1.99
156845607--156845788	77	2.3	81	85	9	252	26	28	21	23	1.99
156851000--156851100	29	3.5	28	80	8	96	21	15	32	29	1.95
156856959--156857031	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
156864828--156865003	40	4.7	40	80	10	156	24	31	21	22	1.98
156864899--156865002	32	2.9	35	78	17	124	24	29	22	24	1.99
156864858--156865003	39	3.9	38	81	13	187	25	31	20	22	1.98
156870476--156870523	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
156870560--156870626	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
156870678--156870773	47	2.1	47	96	2	176	28	20	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770