genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.658.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  658  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206745792--206745921	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
206753744--206753909	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
206758560--206758743	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
206758600--206758788	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
206766673--206766856	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
206766713--206766901	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
206775626--206775805	40	4.5	40	81	6	195	26	24	26	23	2.00
206775627--206775805	80	2.2	81	84	4	229	26	24	26	22	2.00
206775661--206775845	80	2.3	80	80	6	205	28	24	24	22	1.99
206775627--206775831	40	5.1	41	79	10	147	26	24	26	22	2.00
206783677--206783856	40	4.5	40	81	6	195	26	24	26	23	2.00
206783678--206783856	80	2.2	81	84	4	229	26	24	26	22	2.00
206783712--206783896	80	2.3	80	80	6	205	28	24	24	22	1.99
206783678--206783882	40	5.1	41	79	10	147	26	24	26	22	2.00
206787776--206787994	121	1.8	121	85	4	307	30	10	24	34	1.90
206787991--206788119	40	3.2	40	83	5	165	22	24	29	24	1.99
206791328--206791402	27	2.8	26	86	6	105	26	14	16	42	1.86
206791342--206791430	27	3.3	27	87	0	124	23	16	19	40	1.91
206791328--206791430	54	1.9	53	84	2	134	26	15	17	40	1.89
206793321--206793393	34	2.1	34	84	2	92	39	16	9	34	1.81
206796967--206797139	93	1.9	93	85	4	242	31	27	19	21	1.97
206805283--206805386	54	1.9	54	94	3	183	44	13	5	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206805328--206805352	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
206807374--206807403	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
206810179--206810329	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
206810216--206810345	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
206818443--206818640	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
206818509--206818626	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
206818477--206818640	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
206826008--206826205	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
206826074--206826191	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
206826042--206826205	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
206827567--206827755	27	7.0	27	90	1	290	23	21	21	33	1.97
206827567--206827754	80	2.3	81	90	0	288	23	21	20	33	1.97
206827777--206827923	54	2.7	54	85	3	163	29	8	20	41	1.81
206827799--206827923	53	2.3	54	88	1	180	29	7	21	41	1.80
206827799--206827923	27	4.7	27	89	2	180	29	7	21	41	1.80
206827799--206828162	27	13.6	27	83	3	173	35	8	21	34	1.84
206827799--206827937	53	2.6	53	84	5	154	30	7	23	39	1.81
206827797--206827948	80	1.9	81	80	4	182	31	7	23	38	1.82
206827916--206828124	54	3.9	54	86	1	278	40	7	22	30	1.81
206827916--206828124	81	2.6	79	89	2	319	40	7	22	30	1.81
206831344--206831510	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
206831360--206831510	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206837979--206838168	27	7.0	27	91	0	299	23	22	21	33	1.97
206838189--206838335	54	2.7	54	85	3	172	29	8	20	41	1.81
206838211--206838335	27	4.7	27	90	3	182	29	7	21	41	1.80
206838211--206838349	54	2.6	52	84	7	154	30	7	23	39	1.81
206838328--206838538	27	7.8	27	87	0	296	40	7	21	29	1.81
206838337--206838538	81	2.5	81	93	1	343	41	7	21	28	1.81
206838328--206838563	27	8.7	27	86	0	256	38	8	22	30	1.83
206841762--206841928	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
206844790--206844918	29	4.4	29	95	1	222	25	23	13	37	1.91
206844790--206844918	59	2.2	59	92	1	224	25	23	13	37	1.91
206846226--206846261	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
206854208--206854340	40	3.3	40	84	3	171	31	23	20	24	1.98
206856473--206856661	24	8.0	24	86	5	269	27	21	22	28	1.99
206856494--206856660	23	7.1	23	89	3	253	28	20	22	28	1.99
206856494--206856662	47	3.6	47	94	0	293	27	20	23	28	1.99
206856719--206856775	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
206856707--206856777	20	3.5	20	98	0	133	33	21	9	35	1.86
206856712--206856766	11	5.4	11	75	16	64	32	20	10	36	1.87
206856814--206856861	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
206864635--206864796	22	7.1	23	92	3	267	29	21	20	27	1.98
206864853--206864909	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
206864841--206864911	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206864846--206864900	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
206864948--206864995	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
206868716--206868868	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
206876711--206876862	40	3.8	40	79	9	143	23	23	28	25	1.99
206879026--206879192	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
206879042--206879192	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
206886947--206887113	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
206886963--206887113	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
206888649--206888750	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
206893763--206893829	29	2.3	30	92	5	111	29	25	20	23	1.99
206896937--206896983	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
206897032--206897151	24	5.0	24	84	11	149	29	23	21	25	1.99
206897034--206897152	47	2.5	47	86	9	161	29	22	21	26	1.99
206897304--206897367	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
206904853--206904900	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
206905010--206905129	24	5.0	24	87	9	156	29	22	21	26	1.99
206905012--206905130	47	2.5	47	88	9	170	29	21	21	26	1.99
206905322--206905385	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
206910289--206910359	28	2.6	27	86	6	97	28	14	29	28	1.95
206918135--206918204	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
206918136--206918244	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
206920780--206920929	40	3.8	40	75	8	128	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206920779--206920929	78	1.9	80	82	5	191	25	23	27	23	2.00
206923137--206923330	40	4.8	40	82	5	205	25	20	27	26	1.99
206923173--206923356	79	2.3	77	79	10	192	27	20	26	26	1.99
206925571--206925664	25	3.8	25	75	0	98	32	23	19	24	1.97
206930898--206931072	46	3.8	46	78	14	207	20	21	29	29	1.98
206930895--206931065	92	1.8	93	94	1	308	21	21	29	28	1.98
206938438--206938613	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
206938435--206938606	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
206947177--206947327	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
206947214--206947343	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
206948705--206948826	42	2.9	42	81	4	122	33	22	13	31	1.92
206952125--206952184	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
206952227--206952278	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
206954729--206954868	40	3.5	42	81	6	157	30	16	25	27	1.96
206959755--206959966	46	4.5	46	75	11	173	30	18	28	23	1.97
206964459--206964500	21	2.0	21	100	0	84	52	14	0	33	1.42
206968074--206968141	26	2.6	26	95	4	120	27	27	29	14	1.95
206969602--206969753	40	3.8	40	87	4	218	26	27	21	25	1.99
206969723--206969782	29	2.1	28	87	3	84	31	25	20	23	1.98
206971660--206971844	40	4.7	40	88	5	243	27	27	20	24	1.99
206971660--206971844	79	2.3	82	84	7	247	27	27	20	24	1.99
206974151--206974191	19	2.2	19	100	0	82	29	21	9	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206979834--206980019	40	4.7	40	88	5	243	27	27	20	24	1.99
206990953--206990982	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
207004081--207004211	29	4.7	29	73	6	99	25	30	19	24	1.98
207004078--207004220	55	2.6	55	90	2	223	26	30	18	24	1.98
207004271--207004483	43	5.0	43	98	0	399	31	32	23	12	1.92
207004462--207004635	40	4.2	42	71	10	133	25	28	22	23	1.99
207005812--207005839	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
207006493--207006757	49	5.5	49	92	3	441	30	29	7	33	1.84
207006493--207006757	146	1.8	143	94	2	467	30	29	7	33	1.84
207010096--207010198	29	3.6	29	71	10	93	26	32	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770