genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.418.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  418  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128686879--128687029	40	3.8	39	77	10	119	23	26	23	27	2.00
128686879--128687028	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	27	2.00
128690881--128691061	77	2.3	79	80	6	206	23	28	23	24	1.99
128690883--128691063	40	4.6	39	77	9	163	23	28	23	24	2.00
128694433--128694481	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
128695302--128695452	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
128695338--128695468	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
128703452--128703618	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
128711415--128711565	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
128711452--128711581	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
128713658--128713766	43	2.6	43	83	12	152	32	25	16	25	1.96
128717339--128717427	44	2.0	44	86	0	124	35	20	14	29	1.92
128721349--128721495	42	3.4	43	80	8	156	26	19	27	27	1.99
128742941--128742970	13	2.3	13	100	0	60	43	20	0	36	1.52
128747817--128747956	60	2.3	60	83	8	169	26	24	20	29	1.99
128747946--128748001	20	2.8	20	83	2	69	33	28	16	21	1.95
128753329--128753389	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
128756533--128756581	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
128757400--128757570	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
128772237--128772418	39	4.6	39	81	7	163	23	26	22	28	1.99
128772269--128772418	39	3.8	40	85	5	171	22	26	22	28	1.99
128777060--128777281	49	4.5	49	79	4	248	30	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128777106--128777286	100	1.8	101	88	1	283	30	24	18	25	1.98
128784024--128784140	42	2.7	43	75	11	116	29	24	17	28	1.97
128784092--128784314	96	2.3	96	84	6	299	26	28	19	26	1.99
128784093--128784319	48	4.7	48	79	3	244	26	28	19	25	1.99
128792130--128792444	39	8.1	39	94	0	531	22	29	25	21	1.99
128797218--128797356	50	2.8	50	86	8	178	33	15	13	37	1.87
128802189--128802412	40	5.5	40	90	3	299	24	27	22	25	2.00
128802215--128802419	43	4.9	43	92	1	314	25	28	21	24	1.99
128809039--128809078	21	1.9	21	94	0	71	17	27	25	30	1.97
128809215--128809281	34	2.0	34	93	0	116	31	20	17	29	1.96
128811678--128811778	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
128819602--128819702	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
128822355--128822401	21	2.2	21	100	0	94	25	21	36	17	1.94
128825911--128825967	30	1.9	30	85	7	80	36	10	24	28	1.88
128826501--128826584	44	1.9	44	85	2	116	38	13	22	26	1.91
128828264--128828534	40	6.8	40	93	0	427	24	27	21	26	1.99
128830649--128831020	49	7.7	49	88	2	502	27	29	9	33	1.88
128830661--128831020	97	3.7	97	91	1	544	28	30	9	32	1.88
128830649--128831020	146	2.6	147	87	3	529	27	29	9	33	1.88
128833704--128833735	4	8.2	4	93	6	57	21	0	0	78	0.76
128834727--128834787	28	2.1	29	90	3	97	29	11	27	31	1.92
128840552--128840588	14	2.5	15	91	8	67	16	13	40	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128845284--128845356	34	2.2	34	87	7	105	27	24	21	26	2.00
128847038--128847140	42	2.4	43	80	11	122	30	22	18	29	1.97
128851452--128851501	19	2.6	19	80	0	64	24	20	18	38	1.93
128855170--128855241	33	2.1	34	89	2	110	30	19	27	22	1.98
128855776--128856009	55	4.4	54	80	8	250	22	23	17	36	1.95
128856289--128856443	75	2.1	75	97	0	292	35	7	14	42	1.74
128867762--128867802	21	2.0	21	90	4	66	34	0	24	41	1.55
128870425--128870608	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
128880399--128880552	29	5.6	29	76	12	144	26	32	15	25	1.95
128880472--128880515	22	2.0	22	95	0	79	31	29	9	29	1.88
128887892--128888051	29	5.6	29	83	7	184	26	31	16	26	1.96
128887892--128888051	57	2.8	58	84	4	200	26	31	16	26	1.96
128890782--128890867	42	2.0	43	97	2	165	27	16	13	41	1.86
128901121--128901154	11	3.2	11	87	8	52	82	0	5	11	0.83
128904918--128905194	123	2.2	124	89	3	409	37	12	5	44	1.67
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128908392--128908434	18	2.4	18	84	7	52	48	11	4	34	1.60
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128916280--128916594	137	2.3	137	97	0	594	24	18	25	31	1.97
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128918717--128918759	11	4.1	10	82	8	50	37	23	0	39	1.55
128918702--128918751	16	3.2	16	75	8	50	36	20	0	44	1.52
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128919129--128919166	17	2.2	18	85	4	51	39	10	0	50	1.37
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128929448--128929532	36	2.3	38	78	12	95	56	4	5	32	1.44
128929512--128929573	25	2.5	25	78	2	63	53	3	4	38	1.39
128929504--128929559	25	2.2	26	84	12	71	57	1	5	35	1.32
128929887--128929950	20	3.3	20	68	24	57	51	3	6	39	1.43
128929834--128929960	60	2.2	57	84	9	168	54	3	3	37	1.38
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128929837--128930037	23	9.6	20	69	23	80	57	3	3	34	1.34
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128943181--128943230	18	2.7	18	87	6	73	90	0	10	0	0.47
128943178--128943230	21	2.5	21	87	0	79	90	0	9	0	0.45
128943178--128943230	25	2.3	22	90	9	79	90	0	9	0	0.45
128955026--128955098	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128962954--128963026	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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