Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  699  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
220548858--220548888
14
2.3
14
94
5
55
12
12
9
64
1.50
220548873--220549110
73
3.3
73
91
4
367
26
17
21
34
1.95
220549090--220549118
14
2.1
14
100
0
58
13
13
6
65
1.45
220548962--220549276
166
1.9
166
90
2
508
29
17
21
32
1.96
220549128--220549612
73
6.5
73
88
4
675
29
16
22
31
1.96
220548890--220549648
225
3.3
225
89
5
1054
28
16
22
32
1.96
220549626--220549666
13
2.9
15
82
10
50
14
12
7
65
1.45
220550423--220550523
30
3.4
30
98
0
193
28
48
3
18
1.66
220550423--220550502
18
5.1
18
62
32
58
26
48
3
21
1.66
220550423--220550567
30
4.8
30
88
1
177
27
46
4
21
1.69
220551075--220551231
58
2.7
58
79
13
148
35
5
3
56
1.40
220551148--220551248
27
3.6
27
70
12
71
33
5
4
55
1.46
220551215--220551273
25
2.5
24
78
10
68
33
8
6
50
1.59
220551231--220551279
25
2.0
25
91
0
80
34
8
6
51
1.57
220551427--220551490
24
2.7
24
85
9
87
31
1
1
65
1.11
220551431--220551490
8
7.5
8
85
7
77
31
1
1
65
1.13
220553659--220553737
28
2.8
29
84
9
101
27
16
34
21
1.95
220561447--220561524
29
2.7
29
83
0
102
26
17
33
21
1.96
220569075--220569178
29
3.6
28
84
5
136
29
16
25
27
1.97
220573773--220573829
30
1.9
30
100
0
114
29
8
28
33
1.87
220577090--220577193
29
3.6
28
84
5
136
29
16
25
27
1.97
220584803--220584986
40
4.6
40
84
6
239
25
23
26
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
220584803--220584986
80
2.3
80
88
3
264
25
23
26
24
2.00
220587987--220588062
38
2.0
38
92
0
125
39
9
19
31
1.83
220592465--220592640
40
4.5
40
90
4
261
22
22
28
26
1.99
220592465--220592640
79
2.2
80
90
3
277
22
22
28
26
1.99
220596913--220597042
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
220596929--220597079
40
3.8
40
78
6
146
22
26
23
27
2.00
220596929--220597077
80
1.9
79
83
6
194
22
26
24
26
2.00
220607131--220607203
29
2.5
29
90
0
92
24
31
16
27
1.96
220608376--220608431
24
2.3
24
84
9
69
7
16
1
75
1.11
220615030--220615102
29
2.5
29
86
4
76
26
28
16
28
1.97
220617813--220618261
27
16.6
27
85
4
548
40
9
22
27
1.85
220625766--220625819
11
5.4
10
78
12
58
35
11
18
35
1.86
220625866--220625960
25
3.8
25
91
0
136
27
25
22
25
2.00
220625866--220625985
50
2.4
50
81
5
145
28
24
22
25
1.99
220625866--220625985
25
4.8
24
83
7
116
28
24
22
25
1.99
220629338--220629507
40
4.2
40
82
3
216
25
24
27
21
1.99
220633075--220633242
80
2.1
80
83
5
207
25
22
26
25
2.00
220633075--220633242
40
4.2
40
77
6
171
25
22
26
25
2.00
220641159--220641326
80
2.1
80
83
5
207
25
22
26
25
2.00
220641159--220641326
40
4.2
40
77
6
171
25
22
26
25
2.00
220649218--220649419
40
5.1
39
83
6
246
23
20
29
26
1.99
220649214--220649423
79
2.7
80
86
3
309
24
20
28
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
220663425--220663555
28
4.6
28
80
6
122
42
15
15
26
1.86
220665991--220666125
29
4.7
29
86
3
155
23
31
15
29
1.95
220665937--220666126
58
3.3
58
77
4
179
24
33
16
26
1.96
220674080--220674214
29
4.7
29
86
3
155
23
31
15
29
1.95
220674026--220674215
58
3.3
58
77
4
179
24
33
16
26
1.96
220675963--220676094
29
4.6
29
83
5
153
27
31
15
26
1.96
220675964--220676095
57
2.3
58
84
1
167
28
31
15
25
1.95
220681642--220681767
41
3.0
43
74
13
116
31
26
17
24
1.97
220684864--220684921
30
2.0
29
82
3
71
24
10
6
58
1.55
220685197--220685254
17
3.4
16
77
20
55
32
3
3
60
1.30
220685209--220685254
18
2.6
17
83
13
58
34
4
0
60
1.16
220685210--220685254
21
2.2
20
88
4
63
35
4
0
60
1.17
220685335--220685394
18
3.3
18
80
11
61
30
1
1
66
1.11
220685343--220685394
14
3.7
14
78
14
54
32
0
1
65
1.04
220697407--220697830
220
1.9
220
87
0
616
33
17
21
27
1.96
220697817--220698198
44
8.7
44
89
0
575
30
14
27
26
1.95
220697817--220698198
177
2.2
175
88
1
566
30
14
27
26
1.95
220697792--220698196
221
1.8
221
89
3
636
30
15
26
27
1.96
220699954--220700054
39
2.5
40
85
1
132
30
22
24
21
1.99
220699954--220700136
40
4.6
40
82
3
181
27
22
26
23
1.99
220708071--220708252
40
4.6
40
82
4
181
28
21
26
23
1.99
220711082--220711249
40
4.2
40
85
5
207
26
28
22
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
220711082--220711249
80
2.1
80
87
4
241
26
28
22
23
1.99
220719083--220719250
40
4.2
40
85
5
198
26
27
22
23
1.99
220719083--220719250
80
2.1
80
86
4
232
26
27
22
23
1.99
220735961--220736061
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
220743892--220743992
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
220748363--220748462
40
2.5
40
81
3
112
26
29
23
22
1.99
220748404--220748515
40
2.8
39
81
8
118
24
28
23
24
2.00
220751233--220751334
51
2.0
51
98
0
195
40
11
26
21
1.88
220751682--220751844
39
4.2
39
91
0
263
23
33
20
22
1.97
220757349--220757480
29
4.6
29
83
1
149
25
32
16
25
1.96
220762457--220762505
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
220763327--220763492
40
4.2
39
79
6
165
25
21
27
25
1.99
220770468--220770516
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
220771339--220771505
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
220774324--220774433
47
2.4
46
83
7
143
35
23
15
25
1.94
220775188--220775220
4
8.5
4
93
6
59
0
24
0
75
0.80
220781558--220781668
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
220782425--220782457
4
8.2
4
100
0
66
0
24
0
75
0.80
220788972--220789072
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
220800998--220801099
29
3.6
28
85
6
116
27
28
17
26
1.98
220801322--220801352
8
3.9
8
100
0
62
9
25
25
38
1.86
220802584--220802615
16
2.0
16
93
0
55
9
6
34
50
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
220805857--220806023
40
4.2
40
82
2
185
25
27
21
25
1.99
220805857--220806023
80
2.1
79
83
7
205
25
27
21
25
1.99
220806847--220806892
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
220814824--220814952
46
2.8
46
96
0
231
19
21
29
29
1.98
220818728--220818874
24
6.1
24
94
0
240
36
25
17
21
1.95
220826632--220826802
24
7.1
24
95
0
288
36
25
17
21
1.95
220828895--220828963
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
220828886--220828973
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
220831359--220831487
46
2.8
46
96
0
231
19
21
29
29
1.98
220834401--220834469
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
220834392--220834479
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
220836860--220837035
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
220836856--220837027
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
220845936--220846036
28
3.5
29
86
6
125
29
27
13
28
1.95
220847819--220847928
37
3.0
37
98
0
211
26
18
32
22
1.97
220852164--220852335
24
6.9
26
70
15
91
19
23
19
37
1.94
220852181--220852271
26
3.6
25
77
16
98
19
20
19
39
1.93
220852344--220852409
25
2.5
26
78
4
71
24
24
19
31
1.98
220859433--220859531
28
3.5
28
81
9
112
29
25
16
29
1.96
220867443--220867472
12
2.5
12
100
0
60
46
0
16
36
1.47
220870775--220870947
46
3.7
46
78
13
210
21
21
27
28
1.99
220870772--220870942
93
1.8
93
96
0
315
21
21
28
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
220878330--220878501
46
3.8
45
80
11
215
21
21
27
29
1.99
220878327--220878496
92
1.8
92
96
0
313
21
21
28
28
1.99
220882597--220882726
40
3.3
39
78
10
147
23
28
25
22
1.99
220895012--220895099
29
3.0
29
80
8
97
56
15
17
10
1.66
220895012--220895090
15
5.4
15
77
10
83
58
13
17
10
1.63
220895023--220895099
15
5.2
15
75
9
77
55
15
16
11
1.68
220900830--220901036
40
5.2
40
80
5
186
25
25
21
27
2.00
220900845--220901032
80
2.3
80
83
3
218
23
25
22
27
2.00
220902379--220902989
305
2.0
305
99
0
1204
31
23
13
32
1.93
220904781--220904917
40
3.4
40
86
4
172
25
26
22
25
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770