genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.320.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  320  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97957775--97957963	38	4.8	40	88	2	208	24	31	21	22	1.98
97957811--97957971	38	4.2	38	89	5	234	24	32	20	22	1.98
97957819--97957973	76	2.0	78	92	2	260	22	31	20	25	1.98
97963953--97964115	39	4.2	39	93	0	272	24	32	20	22	1.98
97971460--97971502	20	2.2	20	82	0	50	44	2	2	51	1.27
97972369--97972537	90	1.9	92	91	2	279	28	27	21	22	1.99
97972364--97972533	46	3.7	46	76	14	190	29	27	21	22	1.99
97973933--97973960	14	2.0	14	100	0	56	42	28	0	28	1.56
97976783--97976807	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
97977866--97977953	31	2.5	35	80	19	121	23	21	11	43	1.85
97977876--97977970	31	3.1	31	96	0	172	24	22	14	38	1.91
97978162--97978328	24	7.0	24	91	3	248	26	21	22	29	1.99
97978161--97978328	71	2.3	71	89	4	248	26	21	22	29	1.99
97978378--97978438	20	3.0	20	95	0	113	34	19	9	36	1.85
97978378--97978433	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
97978481--97978528	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
97979686--97979742	27	2.1	27	83	6	71	21	22	22	33	1.97
97979819--97980111	27	10.9	27	80	10	158	39	7	24	28	1.82
97979821--97980111	54	5.4	55	82	6	346	39	7	25	28	1.82
97979821--97980111	81	3.6	81	93	1	469	39	7	25	28	1.82
97980108--97980206	27	3.7	27	79	5	103	31	10	19	39	1.85
97980100--97980204	54	2.0	53	83	9	133	31	10	20	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97980116--97980221	27	3.9	27	74	9	74	34	9	17	37	1.83
97982394--97982559	46	3.6	45	82	6	167	24	30	18	26	1.98
97984401--97984466	32	2.1	32	100	0	132	34	34	12	18	1.88
97989965--97990087	47	2.6	47	81	5	140	25	29	17	27	1.98
97990151--97990324	46	3.7	46	77	4	161	25	28	19	27	1.99
97994190--97994226	19	1.9	19	88	0	56	48	13	0	37	1.43
97996615--97996723	50	2.2	51	91	6	186	36	15	22	25	1.93
97998109--97998209	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
97999872--98000017	31	4.7	31	85	8	208	24	19	28	27	1.99
98000093--98000252	42	3.7	43	79	8	139	30	14	26	28	1.95
98000136--98000250	42	2.7	43	86	4	153	30	14	26	27	1.95
98004573--98004613	19	2.2	19	95	0	73	43	14	7	34	1.73
98005323--98005367	22	2.0	22	100	0	90	22	13	26	37	1.91
98005331--98005380	22	2.3	22	82	6	57	30	14	22	34	1.93
98005445--98005475	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
98006989--98007079	39	2.3	39	90	3	139	29	28	16	25	1.97
98022456--98022569	55	2.1	55	96	0	210	35	10	21	32	1.88
98025765--98025942	40	4.5	40	90	3	245	24	28	24	22	1.99
98029026--98029126	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
98036980--98037080	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
98038213--98038361	71	2.1	71	100	0	298	20	27	17	34	1.95
98038213--98038395	71	2.6	70	90	4	228	21	27	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98045763--98045926	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98045763--98045960	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
98051606--98051673	27	2.5	28	92	2	111	30	27	13	27	1.94
98057970--98058190	40	5.6	40	83	5	254	28	21	27	23	1.99
98061346--98061378	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
98066644--98066695	6	8.8	6	91	4	88	15	0	1	82	0.75
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98069599--98069631	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
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98076059--98076123	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
98076059--98076112	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
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98089180--98089323	78	1.8	78	83	2	191	22	22	29	26	1.99
98089180--98089343	78	2.1	78	80	5	181	22	21	28	26	1.99
98093028--98093090	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
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98128535--98128762	119	1.9	120	81	7	277	25	21	26	26	1.99
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98131112--98131242	40	3.3	40	81	2	156	25	21	26	26	1.99
98139892--98140113	40	5.6	39	88	5	290	25	21	27	25	1.99
98139892--98140111	77	2.8	78	86	6	302	25	21	27	25	2.00
98139892--98140113	117	1.9	118	85	6	308	25	21	27	25	1.99
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98150532--98150629	29	3.5	28	73	10	83	31	30	15	22	1.95
98150504--98150632	56	2.3	57	85	5	172	31	29	15	23	1.95
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98159956--98160085	30	4.5	30	84	10	162	28	26	13	31	1.94
98159955--98160085	57	2.3	58	84	5	167	28	26	13	31	1.94
98161711--98161962	40	6.3	40	94	0	441	26	27	20	25	1.99
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98182346--98182415	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
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98195831--98195939	37	2.9	37	91	0	173	25	30	20	23	1.98
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98196085--98196506	137	3.0	137	92	3	673	30	28	6	34	1.83
98197223--98197381	87	1.8	87	100	0	318	26	27	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98198745--98198893	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
98198786--98198893	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
98202453--98202519	28	2.4	28	89	0	98	28	23	13	34	1.93
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98208773--98209160	27	14.4	27	74	10	172	40	21	8	29	1.82
98208816--98209132	27	11.7	27	77	8	245	42	21	8	28	1.82
98208841--98209134	55	5.4	53	76	8	216	42	20	8	28	1.82
98208826--98209130	109	2.8	108	81	8	293	42	20	8	27	1.82
98208765--98209133	54	6.8	54	76	9	249	41	20	8	29	1.82
98209399--98209504	41	2.6	41	87	0	140	23	20	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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