genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.421.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  421  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129827667--129827860	71	2.8	70	89	5	254	34	16	28	21	1.95
129827701--129827860	71	2.3	70	97	2	304	35	16	28	19	1.94
129835309--129835426	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
129835277--129835440	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
129838659--129838732	28	2.6	30	79	12	84	52	1	14	31	1.50
129839009--129839051	19	2.2	20	83	4	52	32	0	0	67	0.91
129839163--129839223	27	2.3	27	79	0	68	19	19	24	36	1.95
129842971--129843098	40	3.2	39	80	2	123	25	25	21	28	1.99
129855264--129855338	38	2.0	38	100	0	150	40	8	10	41	1.69
129856221--129856256	18	2.0	18	88	0	54	55	5	13	25	1.60
129856373--129856431	31	1.9	31	86	6	84	37	15	16	30	1.90
129857510--129857538	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
129859537--129859597	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
129863977--129864037	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
129867673--129867982	94	3.3	94	78	4	315	28	20	28	23	1.99
129867673--129867893	47	4.7	46	72	13	155	28	21	28	22	1.99
129873053--129873273	54	4.1	54	88	1	318	35	17	20	25	1.95
129873053--129873274	27	8.3	27	87	2	286	35	18	20	25	1.95
129873481--129873573	25	3.7	25	91	0	150	23	25	22	27	2.00
129873484--129873586	25	4.2	25	84	8	106	25	24	22	28	1.99
129876700--129876816	23	5.1	23	69	10	78	40	16	18	24	1.91
129876698--129876816	45	2.6	46	77	10	129	39	15	19	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129876700--129876838	23	5.9	24	71	13	69	38	17	18	25	1.92
129877459--129877496	19	2.0	19	100	0	76	52	15	5	26	1.64
129885808--129885937	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
129891174--129891333	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
129905074--129905207	29	4.6	29	90	1	180	27	29	14	28	1.96
129912978--129913111	29	4.6	29	90	1	180	27	29	14	28	1.96
129918800--129918828	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
129931140--129931364	124	1.8	124	86	1	326	31	9	24	35	1.88
129931359--129931488	40	3.2	40	80	4	147	23	25	27	23	2.00
129939244--129939468	124	1.8	124	86	1	326	31	10	23	35	1.88
129945450--129945578	40	3.3	39	78	6	145	24	27	24	24	2.00
129958538--129958607	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
129958538--129958619	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
129964108--129964206	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
129967285--129967365	26	3.2	26	62	22	64	25	14	27	32	1.95
129967227--129967367	51	2.8	51	85	2	196	26	19	25	28	1.99
129970067--129970140	30	2.4	32	82	8	100	12	16	16	55	1.69
129970078--129970131	15	3.5	15	94	2	90	14	12	14	57	1.66
129970067--129970160	30	3.1	30	80	10	86	12	15	15	55	1.70
129971848--129971972	27	4.6	27	80	4	117	40	22	8	28	1.83
129971856--129972053	54	3.7	53	80	4	182	38	21	9	29	1.85
129971868--129972055	27	7.0	27	81	4	159	38	21	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129971855--129972070	81	2.7	81	81	4	231	38	21	9	30	1.86
129972099--129972342	27	9.1	27	87	2	330	35	20	20	23	1.96
129975839--129976023	50	3.7	49	83	2	226	24	18	27	29	1.98
129979618--129979669	25	2.1	25	89	3	79	23	19	23	34	1.96
129979701--129979731	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
129979864--129980111	27	9.2	27	86	0	343	40	8	21	29	1.83
129979864--129980125	81	3.2	81	85	2	382	39	8	21	30	1.83
129979864--129980156	81	3.6	80	81	6	347	38	8	21	31	1.83
129987052--129987218	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
129987052--129987218	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
129988044--129988089	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
129991268--129991360	34	2.8	32	80	12	107	22	22	24	30	1.99
129992000--129992099	47	2.2	45	85	8	130	48	12	9	31	1.71
129996110--129996298	35	5.3	35	85	3	236	16	11	29	42	1.83
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130020171--130020290	27	4.4	27	83	4	134	29	17	14	39	1.89
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130087222--130087336	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
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130089983--130090051	23	2.8	24	80	10	68	65	2	0	31	1.08
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130181965--130182007	15	3.2	15	69	30	51	65	0	6	27	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130181958--130182007	25	2.0	25	100	0	100	64	0	8	28	1.22
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130187769--130187929	13	11.8	14	66	26	55	66	1	3	28	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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