genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  226  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67745436--67745500	29	2.2	29	88	0	94	27	30	16	24	1.97
67746981--67747013	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
67760689--67760783	41	2.3	41	90	3	147	17	20	24	37	1.93
67767291--67767468	41	4.3	41	85	7	236	19	20	23	37	1.94
67767294--67767469	83	2.1	81	87	7	248	19	20	23	36	1.95
67771450--67771519	28	2.5	28	88	0	104	25	12	31	30	1.93
67774097--67774127	14	2.2	14	100	0	62	29	29	6	35	1.82
67775542--67775700	43	3.7	43	79	5	151	23	16	26	32	1.96
67780834--67780983	6	24.8	6	75	16	141	49	14	16	20	1.80
67780834--67780958	30	4.4	30	83	11	172	50	14	15	20	1.78
67781101--67781159	27	2.2	26	82	5	73	37	22	23	16	1.94
67781340--67781397	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
67781485--67781567	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
67781587--67781827	27	8.9	27	88	4	353	40	10	22	26	1.87
67781582--67781827	54	4.6	54	92	2	395	40	10	22	26	1.87
67783841--67784027	6	30.8	6	77	16	190	48	14	17	19	1.82
67783820--67784027	30	7.1	30	81	12	227	48	14	17	19	1.82
67783841--67784027	85	2.2	85	97	0	347	48	14	17	19	1.82
67784145--67784202	27	2.2	27	87	3	82	36	24	24	15	1.94
67784385--67784441	22	2.6	22	85	0	69	35	22	24	17	1.95
67784533--67784612	27	3.0	26	87	3	97	33	21	22	22	1.97
67784626--67784872	27	9.2	27	89	6	369	40	10	23	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67786885--67787071	30	6.4	30	80	13	219	49	13	16	20	1.78
67786885--67787071	85	2.2	85	95	0	329	49	13	16	20	1.78
67786885--67787046	6	26.8	6	74	17	140	50	13	15	20	1.77
67787189--67787254	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
67787189--67787262	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
67787213--67787270	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
67787427--67787485	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
67787573--67787655	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
67787854--67788019	26	6.3	27	84	4	194	26	19	18	35	1.95
67787872--67788019	53	2.8	54	83	6	196	25	18	19	36	1.94
67787873--67788019	79	1.9	79	89	2	233	25	18	19	36	1.94
67788024--67788402	27	14.2	27	84	6	447	40	10	22	27	1.86
67788039--67788399	54	6.7	55	86	7	494	40	9	22	27	1.86
67790411--67790645	6	38.8	6	76	17	229	48	14	17	19	1.81
67790518--67790889	187	2.0	187	96	0	690	43	23	15	18	1.88
67790702--67790807	6	17.5	6	74	16	94	50	13	16	20	1.78
67790730--67790832	30	3.4	30	86	6	145	49	16	15	18	1.80
67790950--67791007	27	2.2	27	87	3	82	36	24	24	15	1.94
67791189--67791246	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
67791334--67791416	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
67791614--67791809	27	7.3	27	86	0	230	26	18	18	36	1.94
67791814--67792195	27	14.2	27	83	4	445	40	9	22	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67792180--67792266	27	3.3	26	72	22	90	27	9	24	39	1.85
67791819--67792192	54	6.9	54	86	4	497	40	9	22	27	1.84
67792178--67792292	53	2.1	54	95	3	214	28	11	23	36	1.89
67792207--67792292	27	3.2	26	73	11	93	29	10	23	37	1.88
67794188--67794236	21	2.3	21	89	0	80	34	8	18	38	1.80
67804029--67804098	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
67804029--67804110	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
67808380--67808547	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
67812016--67812182	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
67822211--67822239	15	1.9	15	100	0	58	51	0	13	34	1.42
67823385--67823435	25	2.0	25	96	0	93	33	0	29	37	1.58
67834435--67834527	40	2.3	40	76	9	100	27	16	26	29	1.97
67838023--67838173	40	3.8	40	80	6	155	26	23	27	22	2.00
67838060--67838189	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
67841413--67841530	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67841381--67841544	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67848734--67848884	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
67848771--67848900	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
67858153--67858337	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
67858154--67858345	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
67858153--67858370	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
67864982--67865082	50	2.0	49	83	11	125	23	25	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67865032--67865117	40	2.2	40	86	0	118	24	25	27	22	1.99
67869756--67869812	6	9.3	6	78	17	64	47	15	19	17	1.83
67869756--67869812	19	3.1	18	80	14	64	47	15	19	17	1.83
67869765--67869843	31	2.5	31	87	0	104	49	12	17	20	1.79
67869958--67870024	28	2.4	27	83	9	82	37	20	20	20	1.95
67870603--67871095	27	18.3	27	83	1	594	25	19	18	36	1.94
67870604--67871095	54	9.1	54	87	1	655	25	19	18	36	1.94
67871143--67871314	27	6.4	27	78	7	75	30	9	21	38	1.85
67871131--67871529	81	4.9	81	82	2	424	30	9	20	39	1.85
67871191--67871529	27	12.5	27	84	0	435	30	9	19	40	1.84
67871215--67871529	54	5.8	54	91	0	495	30	9	20	40	1.83
67873270--67873472	39	5.1	40	82	8	229	24	21	28	25	1.99
67873271--67873476	79	2.6	80	81	9	228	25	21	27	25	1.99
67876768--67876830	6	10.3	6	77	16	67	47	14	19	19	1.82
67876782--67876861	31	2.6	31	89	0	115	48	12	17	21	1.80
67876975--67877057	28	3.1	26	83	8	94	37	21	21	19	1.94
67877215--67877266	22	2.4	22	80	0	59	32	21	25	21	1.98
67877515--67878007	27	18.3	27	84	1	567	26	19	17	35	1.94
67878055--67878121	27	2.5	27	75	0	80	29	11	22	35	1.90
67878039--67878441	81	5.0	81	80	6	251	30	9	21	38	1.85
67878127--67878448	54	5.9	54	91	0	509	30	9	20	39	1.84
67878103--67878441	27	12.5	27	85	0	444	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67880416--67880502	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
67880416--67880524	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
67880416--67880524	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
67883463--67883528	6	10.8	6	78	15	73	48	16	18	16	1.82
67883477--67883556	31	2.6	31	89	0	115	48	15	16	20	1.81
67883671--67883752	28	3.0	26	82	8	92	36	21	21	19	1.95
67884316--67884808	27	18.3	27	84	1	567	27	18	18	36	1.94
67884858--67884935	27	2.9	27	76	3	77	29	11	21	37	1.89
67884904--67885187	27	10.5	27	85	0	388	30	10	19	39	1.85
67884790--67885187	81	4.9	81	81	2	404	30	10	21	37	1.86
67884928--67885187	108	2.4	107	92	2	430	30	9	20	39	1.84
67887059--67887230	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
67887052--67887227	46	3.8	46	77	12	189	28	29	20	21	1.98
67887103--67887246	46	3.1	44	75	15	132	28	28	20	22	1.99
67889333--67889505	41	4.2	41	89	2	267	50	5	20	23	1.69
67889337--67889494	83	1.9	83	93	2	273	49	5	20	24	1.70
67890590--67890627	19	2.1	18	90	5	58	28	15	0	55	1.41
67902010--67902047	8	4.9	8	87	3	51	60	0	36	2	1.11
67908112--67908322	40	5.3	40	83	3	257	25	27	22	24	2.00
67919779--67919968	38	4.9	38	86	3	220	20	19	25	34	1.96
67924997--67925263	45	6.0	45	92	1	430	29	27	20	22	1.98
67926089--67926207	25	4.7	25	86	2	157	47	11	14	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67930339--67930475	56	2.4	56	93	0	238	27	13	24	33	1.94
67937250--67937486	27	8.8	27	80	6	194	45	21	5	27	1.73
67937267--67937477	54	3.9	52	83	6	217	46	20	5	27	1.72
67937293--67937477	81	2.3	81	82	3	221	46	20	4	28	1.71
67937486--67937538	27	2.0	27	92	0	88	37	11	15	35	1.83
67937795--67937914	41	2.9	41	89	0	186	23	21	26	28	1.99
67942155--67942195	19	2.1	20	95	4	75	75	4	19	0	0.98
67944499--67944534	10	3.6	10	84	0	54	25	27	16	30	1.97
67944499--67944537	20	2.0	20	100	0	78	25	25	15	33	1.95
67948826--67948944	43	2.8	44	83	8	120	21	22	30	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770