Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  183  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54801482--54801511
15
2.0
15
100
0
60
46
26
6
20
1.75
54803684--54803771
46
1.9
46
97
0
167
28
27
19
25
1.99
54810286--54810355
27
2.5
28
95
2
124
30
12
25
31
1.93
54810286--54810367
27
3.0
27
87
5
76
30
14
23
31
1.94
54813447--54813520
28
2.6
28
91
4
114
28
14
25
31
1.95
54818176--54818236
30
2.0
30
83
0
77
29
22
8
39
1.83
54833608--54833784
47
3.8
49
78
16
198
28
29
20
20
1.98
54833615--54833784
93
1.8
91
94
2
304
28
30
20
21
1.98
54833611--54833793
46
4.0
46
73
17
148
28
30
19
21
1.98
54837256--54837281
12
2.2
12
100
0
52
30
26
15
26
1.96
54841127--54841304
45
3.8
49
78
15
198
28
29
21
20
1.98
54841134--54841304
93
1.8
92
94
1
306
28
29
21
20
1.98
54841723--54841779
30
1.9
30
85
0
78
28
22
5
43
1.75
54850486--54850545
31
2.0
28
84
9
75
36
16
3
43
1.65
54850624--54850649
9
2.9
9
100
0
52
65
23
0
11
1.25
54853726--54854039
46
6.7
49
76
10
250
23
29
18
28
1.98
54853726--54854039
94
3.4
93
76
13
283
23
29
18
28
1.98
54853726--54854042
140
2.2
141
80
8
342
23
29
19
28
1.98
54863432--54863602
40
4.2
40
80
5
175
24
25
22
27
2.00
54887082--54887115
14
2.5
13
86
9
50
44
8
0
47
1.34
54889271--54889461
48
4.0
48
84
0
247
36
28
17
17
1.93
54891627--54891734
26
4.2
26
92
0
180
32
6
24
37
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54897714--54897874
43
3.7
43
79
6
191
24
16
27
31
1.97
54898739--54898805
34
2.0
34
96
0
125
29
10
14
44
1.79
54898747--54898837
34
2.6
34
82
8
103
35
5
14
45
1.68
54904907--54904931
10
2.5
10
100
0
50
20
44
20
16
1.87
54914562--54914617
21
2.7
21
100
0
112
32
3
0
64
1.11
54914562--54914687
21
6.2
20
78
9
96
38
2
0
58
1.17
54914629--54914717
45
2.0
45
84
8
119
43
0
2
53
1.13
54914602--54914762
57
2.8
55
83
13
184
42
1
1
55
1.16
54915260--54915303
22
2.0
22
82
8
54
56
0
0
43
0.99
54918817--54919023
53
3.8
53
78
5
200
20
23
17
38
1.93
54920677--54920711
18
2.0
18
88
5
54
68
0
0
31
0.90
54921001--54921091
19
4.9
19
86
8
134
37
14
8
39
1.77
54921033--54921070
17
2.5
15
87
12
51
34
15
10
39
1.82
54923979--54924036
29
1.9
31
89
6
93
27
5
1
65
1.23
54924159--54924222
18
3.4
18
79
10
67
29
1
3
65
1.17
54924159--54924231
9
7.9
9
75
15
51
30
1
2
65
1.15
54929469--54929529
25
2.5
25
81
2
70
24
1
1
72
1.03
54929477--54929528
19
2.8
18
82
5
59
25
1
1
71
1.07
54933098--54933175
29
2.7
29
83
0
102
21
33
17
26
1.96
54940949--54941027
29
2.7
29
86
0
86
22
32
16
27
1.96
54946685--54946709
11
2.3
11
100
0
50
32
0
8
60
1.26
54950585--54950628
23
1.9
23
86
9
63
18
6
6
68
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54952162--54952205
22
2.0
22
100
0
88
50
22
22
4
1.67
54957112--54957149
19
2.0
20
84
5
51
0
42
0
57
0.98
54967572--54967721
73
2.0
74
88
6
225
34
20
24
20
1.96
54970761--54970816
29
1.9
29
100
0
112
37
21
7
33
1.81
54971527--54971698
86
2.0
86
94
0
299
28
22
19
29
1.98
54973238--54973401
71
2.3
71
97
0
310
18
28
18
34
1.95
54973238--54973435
71
2.8
70
90
3
249
20
28
17
32
1.96
54980751--54980935
70
2.7
68
90
8
254
18
28
18
33
1.95
54980774--54980935
70
2.3
71
96
2
301
19
28
18
33
1.95
54980774--54980969
71
2.8
70
89
5
240
20
28
17
32
1.96
54986759--54986907
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
54986800--54986907
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
54991242--54991312
11
6.5
11
79
6
63
12
2
45
39
1.57
54991229--54991312
22
3.8
22
79
3
80
14
3
46
35
1.62
54994421--54994588
40
4.2
40
82
1
185
24
26
22
26
2.00
54998857--54998993
6
22.3
6
70
15
93
48
13
18
18
1.81
54998866--54998993
37
3.5
37
75
12
136
48
13
19
18
1.81
54998865--54998983
43
2.7
43
85
1
157
47
13
20
19
1.83
54998883--54998993
31
3.6
31
78
7
102
46
14
19
18
1.83
54999505--54999617
27
4.2
27
90
2
174
38
8
23
28
1.85
54999505--54999644
54
2.6
52
84
8
172
36
9
24
30
1.87
55001377--55001462
27
3.2
27
68
12
77
36
16
26
20
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55001389--55001474
25
3.3
25
69
12
73
36
16
25
22
1.94
55001413--55001500
27
3.2
29
66
12
85
39
15
23
20
1.91
55001377--55001511
54
2.5
54
95
0
234
36
16
25
22
1.94
55001404--55001489
27
3.2
27
68
12
86
38
13
24
23
1.91
55003938--55004126
29
6.6
28
77
8
121
39
20
12
27
1.88
55003938--55004133
58
3.4
56
80
4
178
39
20
12
27
1.89
55003960--55004119
87
1.8
87
81
10
202
41
19
13
26
1.88
55003970--55004167
29
6.8
29
78
7
145
39
19
15
25
1.91
55003966--55004219
29
8.9
28
73
11
80
38
20
14
25
1.92
55007401--55007560
64
2.5
64
89
0
257
18
28
23
29
1.98
55009718--55009907
29
6.6
29
88
0
227
27
15
32
24
1.95
55017854--55017985
29
4.6
29
88
0
165
29
15
31
24
1.95
55019588--55019663
32
2.4
31
82
8
91
69
1
25
3
1.13
55019598--55019655
24
2.5
24
83
10
77
72
0
22
5
1.04
55019583--55019655
30
2.4
31
80
13
89
72
0
23
4
1.01
55021461--55021530
27
2.5
28
93
2
115
27
14
28
30
1.95
55021461--55021542
27
3.0
27
84
8
69
28
15
25
30
1.96
55026519--55026638
41
2.9
40
82
7
152
33
23
23
20
1.97
55026624--55026855
41
5.7
41
80
5
229
25
18
23
31
1.97
55026632--55026867
81
2.9
81
71
6
217
26
17
22
33
1.96
55027477--55027537
28
2.1
30
84
6
81
49
22
1
26
1.59
55027613--55027655
21
2.0
21
86
8
61
20
2
32
44
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55028027--55028090
8
8.6
7
89
3
74
65
6
1
26
1.25
55028001--55028096
8
11.9
8
79
10
63
62
6
1
30
1.26
55028027--55028090
15
4.3
15
88
6
85
65
6
1
26
1.25
55028035--55028090
16
3.7
16
88
11
82
66
7
0
26
1.18
55047478--55047560
28
2.9
29
87
3
116
28
15
26
28
1.96
55047478--55047588
28
3.9
28
83
6
93
28
15
28
27
1.96
55054678--55054712
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
55057098--55057128
16
1.9
16
93
0
53
51
32
6
9
1.60
55058352--55058382
16
1.9
16
93
0
53
54
22
19
3
1.58
55058340--55058384
24
1.9
23
86
4
63
53
17
20
8
1.70
55059919--55060094
46
3.8
46
78
4
201
19
19
30
30
1.97
55061425--55061462
19
2.0
19
100
0
76
26
15
26
31
1.96
55061400--55061490
47
1.9
48
84
6
123
28
15
28
27
1.96
55064079--55064128
21
2.4
20
81
15
57
72
0
26
2
0.96
55064098--55064155
27
2.1
28
84
9
75
74
1
18
5
1.10
55070324--55070368
4
10.8
4
82
17
56
22
4
0
73
1.01
55070321--55070367
17
2.8
17
82
17
62
23
4
0
72
1.02
55070324--55070368
13
3.6
12
81
18
56
22
4
0
73
1.01
55073484--55073635
40
3.8
39
79
3
151
24
23
26
25
2.00
55073482--55073635
80
1.9
80
82
2
193
24
23
26
25
2.00
55083818--55083894
31
2.5
31
91
0
127
24
28
16
29
1.97
55084113--55084181
25
2.8
25
93
0
111
24
23
26
26
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
55086859--55086897
20
1.9
21
85
15
55
41
5
2
51
1.38
55088046--55088089
18
2.4
18
92
7
72
45
18
15
20
1.85
55088403--55088616
27
8.0
27
82
2
252
43
19
10
25
1.83
55088733--55088771
18
2.2
19
86
9
55
12
41
25
20
1.88
55095789--55095910
49
2.5
49
82
5
140
26
27
17
28
1.97
55095741--55096053
98
3.3
97
78
7
275
24
27
19
28
1.98
55095840--55096050
46
4.5
46
78
7
194
23
28
18
29
1.98
55102863--55103012
43
3.5
43
83
3
160
34
24
16
25
1.96
55102972--55103099
62
2.1
62
95
0
229
35
25
12
26
1.92
55108793--55108830
2
19.0
2
94
0
67
50
2
0
47
1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770