genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.462.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  462  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142567296--142567567	96	2.8	96	84	3	361	28	16	29	26	1.97
142567279--142567562	144	2.0	144	82	4	349	27	16	29	26	1.97
142570515--142570585	35	2.0	35	97	0	133	28	8	26	36	1.86
142572306--142572492	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
142572329--142572492	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
142572329--142572526	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
142579896--142580059	71	2.3	71	97	2	312	18	28	17	35	1.94
142579896--142580093	71	2.8	71	89	6	264	20	28	17	33	1.95
142581755--142581871	31	3.5	35	86	13	119	23	23	15	37	1.93
142581778--142581871	31	3.1	31	96	1	172	23	22	14	39	1.91
142582063--142582197	45	2.9	47	85	7	177	28	21	22	26	1.99
142582063--142582202	23	6.0	24	85	9	173	27	21	22	28	1.99
142582251--142582310	20	3.0	20	92	0	102	31	21	10	36	1.87
142582353--142582400	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
142583626--142583661	18	1.9	19	88	5	56	44	16	16	22	1.86
142585073--142585239	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
142593458--142593608	40	3.8	40	89	6	218	23	25	28	22	1.99
142599215--142599385	31	5.5	31	91	0	270	30	25	17	26	1.97
142599605--142599674	25	2.8	25	95	0	122	21	24	28	25	1.99
142600483--142600570	27	3.3	26	72	12	79	20	19	22	37	1.94
142600601--142600910	27	11.4	27	76	7	164	31	9	20	38	1.84
142600578--142600937	54	6.6	54	75	8	246	32	9	20	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142600869--142600964	27	3.6	27	85	0	129	40	9	23	26	1.85
142603674--142603817	39	3.7	39	92	0	243	22	29	21	27	1.99
142610936--142611049	48	2.7	39	76	22	129	21	29	22	25	1.99
142610951--142611042	48	1.9	48	100	0	184	20	30	23	25	1.99
142612611--142612792	40	4.6	40	93	2	305	23	23	25	28	2.00
142615930--142616366	47	9.3	47	91	0	696	32	9	30	28	1.88
142615930--142616366	234	1.9	235	94	0	768	32	9	30	28	1.88
142622148--142622407	41	6.3	41	88	3	380	35	25	20	18	1.95
142629005--142629229	124	1.8	124	84	1	308	31	11	23	33	1.90
142629224--142629353	40	3.2	40	80	4	156	23	23	28	24	2.00
142637615--142637769	42	3.7	42	82	8	199	30	15	23	30	1.95
142640017--142640228	40	5.3	40	79	1	212	25	25	23	25	2.00
142642863--142642947	29	2.9	29	100	0	170	27	14	31	27	1.94
142650561--142650692	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
142657682--142657891	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
142663703--142663900	40	4.9	40	92	3	310	24	20	27	27	1.99
142686563--142686607	23	1.9	23	82	13	56	35	22	6	35	1.80
142690140--142690345	40	5.2	40	82	6	208	26	21	27	25	1.99
142690140--142690345	79	2.6	79	79	6	220	26	21	27	25	1.99
142697408--142697498	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
142697594--142697799	49	4.4	49	86	10	313	28	32	9	29	1.89
142697615--142697794	89	2.0	89	95	0	324	28	32	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142701190--142701382	29	6.7	29	96	0	341	24	32	16	26	1.96
142701556--142701757	40	5.1	39	93	2	289	24	27	20	27	1.99
142703574--142703664	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
142703760--142704005	49	5.4	49	89	8	330	28	32	9	28	1.89
142703830--142703951	40	3.0	40	100	0	244	27	34	9	27	1.89
142707542--142707710	45	3.8	46	91	4	274	22	32	8	36	1.85
142707542--142707706	91	1.8	89	92	5	278	23	32	8	35	1.85
142707734--142708026	47	6.2	47	96	0	505	24	28	12	34	1.92
142707784--142707857	22	3.2	22	66	23	62	20	29	17	32	1.95
142707853--142707977	23	5.2	25	62	30	76	28	29	11	31	1.91
142707691--142708026	94	3.6	94	90	1	514	25	29	12	33	1.92
142709821--142709852	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
142711256--142711308	25	2.1	25	89	6	81	28	30	11	30	1.91
142711469--142711866	40	10.0	40	89	0	595	26	29	21	22	1.99
142713349--142713521	46	3.8	46	95	0	301	21	32	10	34	1.89
142713548--142713810	22	11.3	22	63	27	82	25	28	12	33	1.92
142713545--142713836	47	6.2	47	94	0	505	25	28	11	34	1.91
142713568--142713849	140	2.0	140	88	2	415	27	26	11	34	1.91
142717781--142717827	18	2.6	18	83	6	60	46	17	17	19	1.84
142718153--142718340	27	7.0	27	90	0	268	43	18	13	24	1.87
142722224--142722616	51	7.9	51	95	1	667	31	7	29	31	1.85
142722751--142722837	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
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142731227--142731251	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
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142747625--142747797	46	3.7	46	77	13	192	28	30	19	21	1.98
142747632--142747803	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	21	1.98
142747676--142747819	46	3.1	44	73	15	123	29	28	19	22	1.98
142757100--142757200	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
142757217--142757289	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
142759499--142759557	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
142759608--142759750	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	27	1.99
142759608--142759750	47	3.0	47	89	5	198	28	21	22	27	1.99
142759608--142759751	71	2.0	72	87	4	211	29	21	22	27	1.99
142759942--142760036	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
142765826--142765881	24	2.3	24	75	0	67	14	42	3	39	1.63
142767359--142767477	45	2.7	45	90	1	195	29	16	26	27	1.97
142767636--142767794	54	2.9	54	86	0	201	43	18	11	26	1.84
142767627--142767798	27	6.4	27	80	0	175	42	18	13	25	1.87
142767637--142767797	81	2.0	81	82	2	198	42	17	13	26	1.86
142768163--142768198	18	2.0	18	100	0	72	33	22	27	16	1.95
142773519--142773626	25	4.4	25	88	5	141	28	22	21	27	1.99
142773674--142773720	20	2.3	20	89	7	69	34	21	10	34	1.88
142781768--142781812	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
142785036--142785087	13	4.1	13	83	11	72	32	7	23	36	1.83
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142787882--142787983	29	3.5	29	91	0	177	29	14	28	27	1.95
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142794710--142794858	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
142794751--142794858	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
142802818--142802966	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
142802859--142802966	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
142805300--142805472	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
142805297--142805467	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
142812872--142813044	46	3.7	46	77	10	190	23	20	27	29	1.99
142821795--142821952	68	2.3	68	77	13	153	20	27	15	35	1.94
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142833102--142833254	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
142841139--142841291	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
142843570--142843765	39	5.0	39	82	4	193	29	27	20	22	1.98
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142850672--142850808	29	4.8	28	71	7	114	24	29	20	24	1.99
142850666--142850814	57	2.6	57	90	3	228	26	28	20	23	1.99
142850861--142851068	43	4.9	43	97	0	382	32	32	22	12	1.92
142851051--142851224	40	4.2	42	72	10	142	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142852401--142852434	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
142853089--142853305	49	4.5	49	91	3	361	30	29	6	33	1.84
142854563--142854593	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
142865009--142865168	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
142865009--142865168	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
142866906--142867156	40	6.3	39	86	2	286	31	16	20	30	1.95
142866923--142867155	120	1.9	120	86	3	326	32	16	21	29	1.95
142867478--142867546	28	2.4	29	80	2	86	24	0	24	50	1.49
142867530--142867596	21	3.1	21	80	6	64	23	0	43	32	1.54
142867537--142867613	7	10.9	7	73	2	64	24	0	46	28	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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