Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  29  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8440723--8440766
23
1.9
23
90
0
70
40
0
15
43
1.47
8441197--8441259
28
2.2
28
85
0
90
33
6
28
31
1.82
8446601--8446663
28
2.2
28
91
0
99
30
7
31
30
1.86
8447508--8447585
23
3.2
24
77
15
90
26
26
15
30
1.96
8451463--8451517
26
2.1
26
96
0
101
38
1
18
41
1.61
8451469--8451524
26
2.2
26
90
0
85
39
1
17
41
1.60
8451715--8451755
2
20.5
2
100
0
82
51
0
0
48
1.00
8456669--8456776
57
1.9
57
94
0
189
37
12
9
41
1.74
8460200--8460383
91
2.0
91
93
0
314
39
16
14
30
1.88
8460921--8460953
12
2.8
12
100
0
66
24
18
48
9
1.76
8463014--8463126
59
1.9
59
90
3
183
25
20
19
34
1.96
8466527--8466566
18
2.2
19
86
8
57
12
22
45
20
1.84
8466524--8466654
66
2.0
66
81
3
156
19
22
38
19
1.94
8468752--8468796
18
2.6
16
83
13
54
35
2
4
57
1.31
8468985--8469037
14
3.8
14
70
9
54
56
5
5
32
1.46
8468989--8469047
28
2.1
28
87
6
84
49
5
8
37
1.55
8469231--8469269
17
2.3
17
86
0
51
38
5
0
56
1.22
8471027--8471066
5
8.2
5
89
10
57
22
0
0
77
0.77
8471070--8471118
24
2.1
23
85
14
66
44
0
2
53
1.12
8471115--8471169
22
2.6
21
85
8
67
36
1
1
60
1.18
8471401--8471453
18
2.8
20
80
8
56
13
7
3
75
1.15
8471401--8471442
20
2.2
19
86
4
57
11
7
4
76
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8471465--8471490
4
6.5
4
100
0
52
23
0
0
76
0.78
8471531--8471593
22
2.8
22
83
11
83
38
1
0
60
1.07
8471537--8471608
22
3.3
20
79
12
65
45
1
0
52
1.09
8471658--8471716
22
2.7
23
75
19
72
33
0
3
62
1.12
8471954--8472108
67
2.3
66
75
15
149
59
1
1
37
1.17
8472049--8472105
22
2.6
23
81
10
66
59
0
3
36
1.14
8472201--8472227
8
3.4
8
100
0
54
77
0
11
11
0.99
8472173--8472226
28
2.0
27
82
17
67
75
0
12
11
1.04
8475088--8475127
19
2.1
19
85
4
53
40
5
7
47
1.54
8475787--8475836
17
3.1
16
78
21
59
44
2
0
54
1.11
8475423--8475840
147
2.8
152
82
8
503
43
6
4
45
1.50
8475423--8475864
154
2.9
151
81
8
513
42
7
4
44
1.54
8476473--8476524
24
2.2
24
85
0
68
40
3
9
46
1.55
8476794--8476829
18
2.1
18
90
10
58
38
16
5
38
1.72
8477614--8477884
136
2.0
136
91
0
443
31
15
13
39
1.86
8480619--8480643
8
3.1
8
100
0
50
24
0
0
76
0.80
8481335--8481365
14
2.2
14
94
0
53
58
3
29
9
1.46
8483320--8483415
42
2.3
42
80
7
115
28
27
15
29
1.96
8483320--8483430
42
2.6
41
76
10
109
29
24
14
31
1.94
8483935--8483984
26
1.9
25
84
15
66
32
26
4
38
1.75
8487041--8487112
38
1.9
37
85
2
99
45
1
5
47
1.34
8487285--8487328
16
2.8
16
96
0
79
27
9
4
59
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8496806--8496836
11
2.8
11
90
0
53
67
0
0
32
0.91
8497854--8497887
15
2.3
15
89
0
50
35
2
23
38
1.70
8498053--8498086
16
2.1
17
94
5
61
23
11
0
64
1.26
8498376--8498400
11
2.3
11
100
0
50
56
0
0
44
0.99
8499537--8499566
15
2.0
15
93
0
51
70
0
0
30
0.88
8501163--8501207
19
2.4
19
88
0
72
60
2
0
37
1.09
8501821--8501855
17
2.0
18
88
5
54
31
8
11
48
1.69
8503122--8503163
21
2.0
21
90
0
66
38
26
16
19
1.92
8504303--8504358
21
2.5
23
77
8
62
46
1
3
48
1.30
8504450--8504518
35
2.0
35
85
5
95
50
0
2
46
1.16
8509282--8509339
22
2.6
21
73
10
53
60
0
8
31
1.27
8509299--8509439
50
2.8
49
79
12
121
60
2
5
31
1.31
8509356--8509472
57
2.1
57
81
12
134
59
0
3
35
1.20
8509408--8509470
17
3.8
17
77
14
60
61
0
1
36
1.05
8509408--8509531
50
2.5
51
78
18
127
58
0
4
35
1.25
8513596--8513703
26
4.2
26
91
0
180
35
24
8
32
1.85
8516661--8517452
206
3.8
207
91
0
1221
28
22
18
30
1.97
8529690--8529805
3
39.0
3
70
22
59
61
0
3
35
1.13
8529690--8529818
30
4.2
31
75
12
108
61
0
3
34
1.15
8529631--8529774
50
2.8
50
81
11
136
61
1
4
31
1.25
8529589--8529818
23
10.2
23
67
22
89
60
0
4
33
1.24
8529586--8529818
13
16.3
14
67
24
71
60
0
4
33
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8529586--8529808
20
11.8
19
68
23
82
60
0
4
34
1.23
8532682--8532840
27
5.9
27
79
11
157
36
22
22
18
1.95
8532700--8532840
54
2.6
54
89
2
212
36
23
21
17
1.94
8532958--8533018
28
2.3
27
88
5
88
29
13
19
37
1.90
8535197--8535261
3
21.7
3
75
6
60
60
3
3
33
1.28
8535424--8535466
3
14.3
3
100
0
86
67
0
0
32
0.91
8536957--8537222
46
5.9
46
69
9
147
26
16
22
34
1.95
8536826--8537349
179
2.9
178
89
1
753
28
16
21
33
1.95
8538057--8538250
46
4.2
46
87
0
244
24
26
14
34
1.94
8541853--8541997
74
2.0
74
98
0
281
26
20
15
37
1.92
8543423--8543447
5
5.0
5
100
0
50
80
20
0
0
0.72
8545074--8545158
3
28.0
3
95
2
152
65
0
1
32
1.00
8550536--8550656
58
2.1
59
83
6
149
49
6
16
27
1.70
8576008--8576056
21
2.3
21
82
6
55
22
2
2
73
1.04
8577944--8578013
33
2.1
33
82
15
83
40
0
5
54
1.24
8578256--8578299
12
3.6
12
87
3
61
75
0
25
0
0.81
8578256--8578299
6
7.2
6
81
2
52
75
0
25
0
0.81
8578260--8578294
18
1.9
18
94
0
61
71
0
28
0
0.86
8578996--8579081
40
2.2
40
80
0
100
36
6
16
40
1.75
8579289--8579395
45
2.4
45
87
0
142
22
17
17
42
1.89
8586429--8586483
15
3.7
15
79
13
60
60
5
3
30
1.37
8590929--8590959
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8591480--8591522
3
14.3
3
100
0
86
67
0
0
32
0.91
8594366--8594429
32
2.1
32
85
5
87
45
3
4
46
1.39
8600113--8600183
35
2.1
35
91
2
117
49
7
22
21
1.73
8605844--8605918
37
2.0
37
94
0
132
24
22
8
45
1.79
8618722--8618756
13
2.7
13
90
0
52
28
25
20
25
1.99
8624756--8624808
11
4.9
11
79
4
54
33
0
1
64
1.05
8626396--8626551
33
4.7
33
69
10
86
30
16
25
26
1.97
8626613--8626821
91
2.3
91
80
4
240
47
12
20
20
1.82
8626613--8626798
46
4.1
46
86
1
230
47
12
19
19
1.81
8626623--8626829
46
4.5
46
85
1
227
46
13
20
19
1.83
8626652--8626851
91
2.2
91
82
1
231
47
13
20
19
1.83
8631738--8631772
8
4.4
8
92
0
61
22
2
0
74
0.95
8632172--8632206
18
1.9
18
88
11
54
14
8
2
74
1.17
8632267--8632307
17
2.3
18
84
16
50
24
2
17
56
1.53
8633335--8633388
6
8.5
6
76
11
54
14
1
5
77
1.03
8638129--8638298
71
2.4
71
83
3
207
30
25
16
27
1.97
8642497--8642565
16
4.3
16
71
12
61
42
24
5
27
1.77
8643485--8643582
50
2.0
50
82
8
119
29
8
15
46
1.74
8650578--8650716
33
4.2
33
74
12
108
20
44
5
30
1.72
8653181--8653288
56
2.0
55
94
3
191
40
12
8
37
1.74
8658171--8658279
57
1.9
56
92
3
184
40
12
8
38
1.74
8659051--8659355
76
4.1
76
90
2
472
38
6
11
43
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8659051--8659355
150
2.0
151
90
0
477
38
6
11
43
1.66
8662778--8662846
28
2.6
26
77
8
75
24
13
10
52
1.71
8666978--8667074
50
1.9
52
91
4
162
23
29
7
39
1.82
8666976--8667118
50
2.8
51
81
9
150
23
32
6
37
1.80
8683441--8683471
9
3.3
9
91
8
53
77
0
0
22
0.77
8687366--8687395
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
8690740--8690764
10
2.5
10
100
0
50
60
0
0
40
0.97
8695543--8695693
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
8695579--8695709
40
3.3
40
79
2
156
25
23
27
23
2.00
8702196--8702223
13
2.2
13
100
0
56
32
28
17
21
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770