genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.607.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  607  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190053233--190053437	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
190062874--190063044	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
190062869--190063041	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
190084049--190084220	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
190087143--190087293	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
190087180--190087309	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
190096165--190096212	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
190096256--190096314	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
190096260--190096314	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
190096365--190096507	24	6.0	23	90	4	207	29	21	22	26	1.99
190096365--190096507	47	3.0	46	88	7	207	29	21	22	26	1.99
190096698--190096761	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
190104266--190104313	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
190104361--190104414	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
190104356--190104414	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
190104465--190104606	23	6.0	23	89	6	198	29	21	22	26	1.99
190104796--190104859	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
190105774--190105804	13	2.5	13	94	5	55	0	22	0	77	0.77
190108842--190108894	25	2.1	26	96	3	99	35	20	3	39	1.71
190110712--190110895	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
190110752--190110940	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
190118828--190119011	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190118868--190119056	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
190126940--190127123	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
190126980--190127168	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
190131318--190131894	27	21.6	27	85	6	728	40	9	22	27	1.85
190131318--190131894	80	7.2	81	84	6	701	40	9	22	27	1.85
190134986--190135174	24	8.0	24	92	4	296	28	21	22	28	1.99
190135007--190135173	23	7.1	23	95	2	280	28	20	22	28	1.99
190135007--190135174	47	3.6	47	93	3	293	28	20	22	28	1.98
190135230--190135286	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
190135218--190135288	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
190135223--190135277	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
190136600--190137179	27	21.6	27	85	4	674	40	8	22	28	1.84
190136601--190137179	54	10.8	54	86	3	751	40	8	22	28	1.84
190136601--190137179	81	7.2	81	86	4	787	40	8	22	28	1.84
190140394--190140564	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
190140386--190140561	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
190142938--190143025	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
190142938--190143016	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
190142949--190143025	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
190145944--190146117	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
190145952--190146121	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	20	1.98
190147391--190149519	541	3.9	541	94	0	3625	33	11	18	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190149063--190149985	466	2.0	466	92	1	1548	34	11	17	36	1.87
190149529--190151599	541	3.8	540	95	0	3565	33	10	18	37	1.86
190152704--190152813	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
190154419--190154531	27	4.2	27	83	7	122	17	23	22	36	1.95
190154418--190154531	54	2.1	54	86	3	158	17	23	21	36	1.94
190156647--190156812	27	6.1	27	85	2	199	16	24	23	35	1.95
190156647--190156812	54	3.1	54	93	1	271	16	24	23	35	1.95
190156647--190156812	81	2.0	81	88	4	246	16	24	23	35	1.95
190159163--190159351	27	7.0	27	88	4	265	34	22	24	17	1.95
190161551--190161695	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
190166408--190166516	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
190168297--190168582	136	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
190172336--190172436	26	3.9	26	94	1	177	32	4	25	36	1.78
190174217--190174501	135	2.1	137	97	1	538	24	18	25	31	1.98
190174297--190174508	64	3.2	64	64	22	157	24	20	25	28	1.99
190178240--190178347	26	4.2	26	94	2	184	33	4	25	37	1.76
190179826--190179877	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
190180125--190180410	136	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
190184148--190184255	25	4.2	26	95	3	184	32	5	25	37	1.79
190184148--190184255	51	2.1	51	96	0	198	32	5	25	37	1.79
190185733--190185785	26	2.0	27	82	7	65	35	24	15	24	1.94
190186033--190186318	137	2.1	136	96	0	527	24	18	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190189117--190189147	12	2.6	12	100	0	62	32	16	9	41	1.80
190191812--190191844	15	2.1	16	88	5	50	21	18	0	60	1.36
190193312--190193413	19	5.2	21	88	8	85	35	17	9	37	1.83
190193329--190193426	19	5.2	19	91	7	155	35	17	10	36	1.84
190193351--190193407	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
190193329--190193426	36	2.6	37	88	9	144	35	17	10	36	1.84
190194272--190194810	84	6.4	84	89	3	784	25	22	22	29	1.99
190194327--190194468	43	3.3	43	70	15	132	25	21	22	30	1.99
190194279--190194811	250	2.1	247	88	3	780	25	22	22	29	1.99
190194577--190194800	43	5.3	43	64	14	133	28	22	20	28	1.99
190194485--190194767	41	6.9	42	65	18	121	26	23	22	28	1.99
190195757--190195817	1	61.0	1	76	0	50	8	4	0	86	0.69
190195756--190195806	20	2.5	20	87	3	75	11	1	0	86	0.66
190195758--190195817	25	2.4	24	83	8	75	8	5	0	86	0.69
190195757--190195817	11	5.9	11	81	14	60	8	4	0	86	0.69
190203355--190203522	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
190211362--190211528	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
190217337--190217398	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
190225356--190225485	47	2.8	47	76	14	133	30	21	26	21	1.98
190226972--190227192	40	5.6	40	87	2	270	23	26	22	27	2.00
190238038--190238138	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
190245983--190246083	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190251232--190251339	40	2.7	39	73	11	103	24	23	21	31	1.98
190255657--190255717	32	1.9	32	96	3	115	31	9	21	37	1.86
190258474--190258587	45	2.6	45	84	8	146	26	28	21	23	1.99
190258755--190258999	43	5.7	43	93	1	357	35	20	13	30	1.92
190275079--190275243	40	4.2	40	82	3	201	25	27	21	26	1.99
190275098--190275281	40	4.7	38	82	7	167	25	27	21	26	1.99
190291282--190291489	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
190299277--190299484	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
190306457--190306490	4	8.5	4	86	0	50	44	0	32	23	1.54
190306923--190306954	15	2.2	14	94	5	55	0	28	12	59	1.34
190318970--190319007	19	2.0	19	100	0	58	36	10	15	36	1.82
190334657--190334786	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
190342710--190342839	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
190348815--190348927	43	2.6	43	83	2	138	30	15	22	31	1.95
190350812--190350858	20	2.3	20	89	7	69	36	10	21	31	1.88
190350908--190351056	25	5.8	26	94	1	232	26	22	22	28	1.99
190356644--190356690	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
190356740--190356863	26	4.8	26	95	2	207	27	20	23	28	1.99
190372094--190372208	47	2.5	46	85	7	144	28	28	8	33	1.87
190374757--190374797	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
190376994--190377057	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
190377250--190377394	24	6.0	24	85	10	197	27	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190377250--190377393	71	2.0	72	89	9	222	27	21	20	29	1.98
190377452--190377508	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
190377448--190377510	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
190378752--190378845	27	3.5	26	90	7	136	21	25	20	32	1.97
190378903--190379102	108	1.8	110	80	6	244	31	8	19	40	1.82
190378901--190379102	27	7.3	27	71	15	135	31	8	19	40	1.82
190379081--190379353	27	9.8	27	77	10	219	40	8	22	28	1.83
190379168--190379248	38	2.2	37	86	2	108	40	7	28	23	1.81
190379207--190379380	54	3.3	51	77	4	159	38	8	24	28	1.85
190381631--190381731	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770