Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  159  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
46818042--46818097
29
2.0
28
89
3
85
33
26
1
37
1.67
46823393--46823540
40
3.7
39
79
8
147
26
26
22
24
2.00
46832239--46832370
29
4.6
29
82
1
140
25
32
17
25
1.97
46834539--46834652
40
2.8
40
82
1
129
26
27
21
25
1.99
46838461--46838561
10
10.4
10
71
13
59
30
5
0
63
1.18
46838461--46838554
41
2.4
39
78
8
93
30
6
0
62
1.20
46838528--46838561
18
1.9
18
88
5
52
29
8
0
61
1.26
46838876--46838901
12
2.2
12
100
0
52
80
0
19
0
0.71
46842967--46843021
25
2.1
26
83
10
67
65
0
1
32
1.03
46843786--46843822
20
1.9
20
88
5
58
40
0
8
51
1.32
46843820--46843866
3
16.3
3
79
16
55
29
2
0
68
1.02
46843824--46843866
11
4.2
10
83
13
52
30
2
0
67
1.03
46843827--46843868
14
3.2
13
78
21
52
30
2
0
66
1.04
46843820--46843856
17
2.2
16
90
4
56
27
2
0
70
1.01
46846001--46846228
46
5.0
46
92
1
341
39
14
23
22
1.90
46859718--46859744
12
2.2
12
100
0
54
44
14
7
33
1.73
46861016--46861060
23
2.0
23
86
0
63
44
2
2
51
1.26
46866629--46866675
15
3.1
15
81
0
58
63
4
8
23
1.40
46869352--46869432
43
1.9
42
84
2
108
22
30
20
25
1.98
46869592--46869693
28
3.6
28
91
0
150
29
23
11
35
1.90
46873368--46873397
15
1.9
16
93
6
53
36
16
0
46
1.47
46873463--46873568
42
2.5
43
81
1
124
29
25
17
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
46876049--46876106
21
2.7
21
73
21
57
41
0
20
37
1.53
46878208--46879038
414
2.0
414
93
0
1410
34
14
9
41
1.79
46880636--46880807
75
2.4
75
83
8
205
32
11
23
33
1.90
46880639--46880805
35
4.6
35
84
9
167
32
11
23
32
1.90
46880735--46880805
36
2.0
35
88
2
106
33
14
21
30
1.92
46900731--46900845
58
2.0
58
84
3
153
36
4
15
43
1.67
46904160--46904341
80
2.3
80
82
0
211
21
26
23
28
1.99
46904146--46904341
40
4.9
40
80
1
178
21
26
22
29
1.99
46908016--46908180
58
2.9
57
82
5
172
42
1
3
52
1.27
46908315--46908380
12
5.7
11
80
18
57
48
0
1
50
1.10
46908553--46908658
44
2.5
40
75
19
99
34
27
5
32
1.80
46908565--46908658
44
2.1
46
90
4
147
34
27
6
31
1.82
46908640--46908694
16
3.4
16
87
0
83
30
27
7
34
1.84
46911617--46911655
10
3.9
10
80
12
53
66
0
0
33
0.92
46911674--46911729
25
2.2
25
84
6
69
46
12
3
37
1.59
46913447--46913489
11
3.8
11
81
3
50
0
2
11
86
0.67
46921338--46921368
15
2.1
15
100
0
62
25
19
6
48
1.72
46921615--46921790
49
3.6
49
82
3
217
31
26
17
25
1.97
46921615--46921795
100
1.8
100
92
0
308
31
25
17
24
1.97
46933428--46933599
40
4.3
40
84
5
224
24
22
26
26
2.00
46933428--46933599
80
2.2
79
89
5
258
24
22
26
26
2.00
46935238--46935451
47
4.6
46
78
12
183
27
19
29
23
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
46935144--46935451
94
3.3
94
81
4
288
27
19
29
23
1.98
46937184--46937309
47
2.7
47
93
0
216
29
29
6
34
1.82
46937212--46937287
22
3.3
22
67
16
64
27
28
10
32
1.90
46940751--46940844
28
3.3
28
73
8
82
27
31
18
22
1.97
46940973--46941240
43
6.3
43
94
0
448
32
30
22
14
1.93
46940985--46941233
128
1.9
128
95
0
444
33
29
22
14
1.93
46943222--46943394
47
3.7
47
93
0
283
28
31
6
32
1.84
46943297--46943372
22
3.3
22
67
16
64
27
31
10
30
1.90
46947449--46947632
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
46947489--46947677
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
46955544--46955726
40
4.6
39
75
8
138
26
24
27
22
2.00
46955587--46955735
80
1.9
80
81
2
183
22
24
30
22
1.99
46960717--46960776
30
2.0
30
90
0
93
28
25
8
38
1.84
46965181--46965387
40
5.2
40
80
5
204
25
23
25
25
2.00
46965182--46965387
79
2.6
80
82
5
229
24
23
25
25
2.00
46969587--46969917
178
1.9
178
94
0
590
44
21
18
16
1.87
46974742--46974895
40
3.8
40
81
3
184
28
22
25
24
1.99
46982765--46982916
40
3.8
40
80
6
173
27
21
26
25
1.99
46982769--46982951
40
4.6
40
78
9
140
28
22
25
23
1.99
46991884--46992055
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
46991876--46992051
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
46994434--46994522
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
46994434--46994513
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
46994445--46994522
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
46997438--46997609
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
46997430--46997605
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
47003358--47003409
21
2.5
21
80
0
50
21
28
28
21
1.98
47007719--47007896
46
3.9
46
90
0
266
25
29
8
35
1.86
47007920--47008160
47
5.1
47
95
0
437
25
28
12
34
1.92
47013160--47013205
17
2.7
17
100
0
92
58
17
0
23
1.38
47013160--47013205
10
5.2
10
71
28
50
58
17
0
23
1.38
47020783--47020943
43
3.8
42
84
5
173
19
18
31
31
1.96
47020819--47020943
43
2.9
43
90
1
180
21
19
28
30
1.97
47024870--47024926
24
2.4
24
82
2
71
22
22
19
35
1.96
47027430--47027578
74
2.0
74
97
0
280
34
20
10
34
1.87
47028460--47028501
20
2.2
18
87
8
57
47
0
7
45
1.30
47031770--47031899
40
3.2
40
76
4
129
24
23
27
24
2.00
47059627--47059682
15
3.7
15
88
7
87
12
16
10
60
1.58
47078653--47078781
46
2.8
46
96
0
231
19
22
29
28
1.98
47081727--47081805
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
47081718--47081804
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
47084189--47084364
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
47084185--47084356
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
47088427--47088496
35
2.0
35
100
0
140
31
11
22
34
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47096576--47096761
40
4.7
40
84
6
218
26
22
25
25
2.00
47096629--47096784
80
2.0
79
82
11
194
27
21
25
25
1.99
47103431--47103460
6
4.8
6
95
4
51
16
30
0
53
1.44
47116377--47116561
40
4.6
39
85
4
203
25
25
21
26
2.00
47118518--47118552
2
17.5
2
87
0
52
51
0
45
2
1.16
47121359--47121394
18
2.0
18
100
0
72
16
16
16
50
1.79
47139199--47139389
39
4.9
39
92
0
310
24
23
30
21
1.99
47142972--47143103
29
4.6
29
84
1
149
25
16
32
25
1.96
47150832--47150962
29
4.6
29
82
3
140
24
16
32
25
1.96
47150832--47150903
28
2.5
29
95
2
128
26
15
30
27
1.96
47156083--47156270
40
4.7
40
88
4
243
21
14
26
37
1.92
47156333--47156382
24
2.1
24
92
0
82
38
10
14
38
1.79
47161256--47161517
40
6.5
40
82
4
303
23
17
25
34
1.96
47161578--47161653
33
2.3
33
95
2
136
40
5
15
38
1.70
47162309--47162359
22
2.3
21
75
15
50
19
7
25
47
1.76
47162571--47162679
53
2.1
53
91
0
173
27
26
22
23
1.99
47162728--47162762
12
2.9
12
95
0
61
34
42
14
8
1.76
47166285--47166334
26
1.9
26
100
0
100
28
12
36
24
1.91
47171686--47171834
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
47171727--47171834
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
47179804--47179952
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
47179845--47179952
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47188268--47188434
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
47189257--47189302
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
47196270--47196436
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
47197254--47197299
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
47201166--47201206
18
2.3
19
79
8
50
39
7
36
17
1.77
47204364--47204576
38
5.5
39
89
7
269
25
29
22
22
1.99
47204364--47204575
78
2.7
77
84
10
265
25
29
22
22
1.99
47212414--47212591
40
4.5
40
90
3
254
24
28
23
23
1.99
47233691--47233715
12
2.1
12
100
0
50
24
20
24
32
1.98
47234484--47234802
48
6.5
48
82
7
311
28
29
16
26
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770