genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.485.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  485  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149862192--149862345	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
149862196--149862378	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
149862196--149862413	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
149870711--149870853	39	3.6	39	88	0	187	23	22	31	23	1.98
149875976--149876015	14	2.9	13	88	3	53	17	2	2	77	0.99
149884288--149884496	40	5.2	40	88	2	296	22	28	23	25	1.99
149892420--149892629	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
149900783--149900884	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
149908761--149908862	28	3.5	29	78	6	100	28	26	14	30	1.95
149915585--149915622	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
149915838--149916015	46	3.8	49	80	14	189	28	28	21	21	1.99
149915846--149916015	92	1.8	93	93	1	297	27	28	21	21	1.99
149918377--149918424	15	3.2	15	81	0	60	58	14	14	12	1.64
149921353--149921527	46	3.8	46	76	13	189	30	28	20	20	1.98
149926100--149926202	29	3.6	29	77	2	100	28	31	16	24	1.96
149934081--149934154	29	2.5	28	80	4	76	29	35	14	20	1.93
149935346--149935404	24	2.4	24	86	11	84	28	22	22	27	1.99
149935346--149935418	24	3.0	23	86	8	83	27	23	21	27	1.99
149935604--149935687	31	2.7	31	92	1	134	33	16	25	25	1.96
149939296--149939342	2	23.0	2	95	4	85	48	0	2	48	1.13
149942177--149942311	56	2.4	56	92	0	225	28	11	24	35	1.91
149952839--149953006	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149958992--149959037	17	2.7	17	93	0	74	43	8	6	41	1.61
149959093--149959137	18	2.3	20	81	7	58	53	15	0	31	1.43
149960696--149960736	21	2.0	21	85	9	57	19	29	39	12	1.88
149961800--149962080	48	5.8	48	80	3	269	25	27	18	28	1.98
149961800--149962080	96	2.9	97	83	4	320	25	27	18	28	1.98
149961815--149962080	144	1.8	146	83	4	351	25	27	18	29	1.98
149967021--149967045	13	1.9	13	100	0	50	24	20	0	56	1.43
149968740--149968807	35	1.9	35	100	0	136	48	11	29	10	1.73
149969922--149969964	21	2.0	21	90	0	68	37	6	16	39	1.75
149969925--149969975	21	2.5	21	83	3	59	39	5	15	39	1.72
149972093--149972274	39	4.6	39	88	0	238	23	31	21	23	1.98
149972123--149972275	39	3.9	39	92	0	243	24	32	20	23	1.98
149975913--149975972	27	2.2	27	87	0	84	33	21	10	35	1.87
149975924--149976027	27	3.9	27	92	0	154	28	21	8	41	1.82
149976005--149976278	27	10.2	27	77	7	184	41	21	7	29	1.80
149975911--149976054	54	2.7	54	77	0	144	34	20	8	36	1.82
149976005--149976334	54	6.1	54	75	5	236	41	20	8	30	1.81
149976007--149976276	81	3.3	81	85	3	339	41	21	7	29	1.80
149976289--149976340	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
149976395--149976453	27	2.2	27	87	0	82	35	23	25	15	1.94
149976402--149976485	27	3.1	27	89	3	116	30	25	25	19	1.98
149977293--149977386	25	3.8	25	88	1	136	27	26	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149977606--149977682	31	2.5	31	93	0	127	27	19	25	27	1.99
149989552--149989654	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
149990148--149990195	24	2.0	24	96	4	89	37	25	4	33	1.75
149997595--149997695	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
149997683--149997813	29	4.5	29	87	1	174	25	31	16	27	1.96
150005510--150005608	28	3.4	28	86	6	110	30	26	13	30	1.94
150005625--150005688	29	2.2	29	85	0	83	26	32	14	26	1.94
150005635--150005697	29	2.2	29	91	0	99	25	28	14	31	1.95
150014920--150014969	16	3.2	16	78	15	52	30	24	4	42	1.73
150016907--150017120	40	5.3	40	93	1	331	22	19	28	30	1.98
150016898--150017150	80	3.2	80	87	5	336	23	18	27	30	1.98
150024901--150025148	40	6.2	40	96	1	437	23	20	27	29	1.99
150028653--150028710	30	1.9	30	85	0	80	27	36	24	12	1.91
150030350--150030519	47	3.6	47	87	0	232	30	14	22	33	1.93
150030488--150030564	38	2.0	38	89	0	118	31	15	24	28	1.96
150033279--150033407	40	3.3	39	82	2	168	24	27	23	24	2.00
150033294--150033444	40	3.8	39	80	8	155	22	26	23	27	1.99
150033279--150033444	79	2.1	79	83	6	203	23	26	22	27	2.00
150035793--150035843	27	1.9	26	84	4	66	45	15	15	23	1.85
150039485--150039598	46	2.4	46	81	9	124	24	26	20	28	1.99
150050234--150050271	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
150052805--150052977	48	3.6	48	82	6	199	27	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150055318--150055364	23	2.0	23	100	0	94	29	4	21	44	1.71
150055491--150055577	40	2.2	40	97	0	165	35	8	6	49	1.59
150059170--150059277	54	2.0	54	96	0	198	33	7	35	24	1.83
150060331--150060382	27	1.9	27	81	14	63	25	11	30	32	1.91
150063058--150063098	11	3.9	10	87	9	55	82	2	14	0	0.76
150063058--150063136	18	4.1	19	75	18	74	79	2	13	3	0.97
150063058--150063137	19	4.3	19	78	7	65	78	2	15	3	0.99
150063844--150063925	43	1.9	42	85	2	110	51	1	21	25	1.56
150069336--150069543	40	5.2	40	83	2	231	25	21	26	26	1.99
150072497--150072541	20	2.2	20	92	0	72	35	11	2	51	1.50
150082453--150082524	36	2.0	36	89	5	110	41	18	18	22	1.90
150084988--150085175	40	4.7	41	85	4	220	25	22	26	25	2.00
150084988--150085205	80	2.7	80	82	3	242	26	23	26	23	2.00
150084988--150085219	40	5.8	39	81	8	191	27	23	26	23	2.00
150085148--150085231	40	2.1	40	82	4	98	27	27	26	19	1.99
150093062--150093269	39	5.3	39	83	5	206	26	23	26	23	2.00
150093055--150093241	39	4.8	39	85	2	223	25	22	27	24	2.00
150093056--150093283	78	2.9	79	82	3	237	26	23	27	22	2.00
150093104--150093295	39	4.8	41	86	4	155	27	24	26	21	2.00
150095685--150095744	24	2.5	24	94	0	102	28	21	28	21	1.99
150098888--150098935	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
150098979--150099037	20	3.0	20	89	0	91	37	13	20	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150099086--150099166	24	3.4	24	89	6	121	29	19	24	25	1.99
150099086--150099180	24	4.0	24	86	5	113	28	20	24	27	1.99
150099372--150099435	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
150099389--150099501	44	2.8	38	80	18	147	39	14	22	23	1.90
150099389--150099484	43	2.2	44	94	3	167	42	11	19	26	1.85
150102598--150102640	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
150102598--150102640	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
150107255--150107297	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
150107255--150107297	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
150113384--150113423	20	2.1	19	90	4	62	47	7	0	45	1.31
150114497--150114522	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
150116148--150116199	26	2.0	26	92	0	86	19	7	15	57	1.62
150124686--150124720	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
150124729--150124784	21	2.7	20	73	13	51	19	0	48	32	1.49
150124948--150124992	14	3.2	14	90	0	72	22	0	28	48	1.50
150125016--150125058	15	3.0	15	80	10	54	20	0	32	46	1.51
150125011--150125053	22	2.0	22	81	9	52	23	0	30	46	1.52
150125638--150125760	7	17.0	7	92	4	183	69	1	0	27	1.03
150127046--150127084	21	1.9	20	84	5	51	66	2	2	28	1.18
150127700--150127782	43	1.9	43	82	2	103	25	30	16	27	1.97
150127748--150128293	206	2.6	206	88	2	792	29	21	18	30	1.97
150136371--150136407	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150136427--150136456	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
150152010--150152202	39	4.9	38	87	3	215	23	32	20	23	1.98
150152009--150152204	77	2.5	78	85	4	243	23	32	19	24	1.98
150152049--150152204	39	4.0	39	87	5	226	22	32	19	26	1.97
150154162--150154259	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
150161822--150161919	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
150166646--150166814	40	4.3	39	75	12	148	26	26	21	26	2.00
150166669--150166812	40	3.6	39	84	5	157	27	27	20	25	1.99
150166669--150166822	79	1.9	79	83	8	197	26	28	20	24	1.99
150170842--150171049	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770