genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.703.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  703  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221901076--221901251	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
221901073--221901244	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
221907397--221907579	39	4.7	39	91	0	303	27	21	28	22	1.99
221912817--221912951	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
221912763--221912952	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
221918619--221918689	29	2.4	30	97	2	135	35	14	25	25	1.93
221926482--221926642	30	5.5	30	89	6	231	32	13	25	27	1.94
221926482--221926642	58	2.8	58	89	4	227	32	13	25	27	1.94
221933700--221933808	26	4.2	26	94	2	184	36	24	5	33	1.79
221933700--221933808	51	2.1	52	93	1	184	36	24	5	33	1.79
221939436--221939541	25	4.2	26	89	7	166	36	24	4	33	1.77
221939436--221939541	49	2.1	51	91	6	173	36	24	4	33	1.77
221944982--221945081	29	3.6	28	83	8	123	27	16	33	24	1.95
221952908--221953010	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
221960863--221961026	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
221960863--221961060	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
221976012--221976092	29	2.8	29	86	0	90	23	32	16	28	1.96
221980747--221980884	40	3.5	40	82	6	140	22	28	23	24	1.99
221982587--221982754	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
221982587--221982754	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
221990594--221990760	40	4.2	39	84	8	196	23	21	28	26	1.99
221990594--221990760	79	2.1	79	85	5	221	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221995295--221995389	29	3.4	28	85	5	120	28	29	16	25	1.97
221997677--221997836	38	4.4	38	83	13	228	22	22	16	38	1.92
221997736--221997812	30	2.5	31	93	2	129	23	20	12	42	1.87
221997698--221997836	68	2.0	69	97	1	262	23	21	15	39	1.91
221998027--221998121	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
221998027--221998120	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
221998172--221998230	20	3.0	20	87	5	93	32	18	11	37	1.87
221998273--221998320	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
222001990--222002090	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
222009938--222010038	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
222013925--222013969	22	2.0	22	100	0	90	31	24	17	26	1.97
222017871--222017971	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
222022061--222022138	24	3.2	24	92	3	129	21	17	24	35	1.95
222022061--222022210	48	3.5	45	74	25	135	20	16	25	38	1.93
222022154--222022218	24	2.7	24	95	0	112	20	15	26	38	1.92
222029976--222030146	24	7.1	24	95	0	288	21	17	25	36	1.95
222032111--222032156	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
222032118--222032162	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
222038843--222038912	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
222038843--222038924	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
222051315--222051388	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
222051256--222051388	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222053837--222053986	50	3.0	49	88	7	216	28	19	20	32	1.97
222053817--222053986	24	7.0	24	86	7	218	28	20	20	30	1.98
222054033--222054099	20	3.3	20	85	0	89	32	19	11	35	1.88
222058901--222059033	40	3.3	40	82	8	155	27	21	25	25	2.00
222060907--222060979	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
222068729--222068801	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
222069961--222070002	18	2.4	17	88	11	59	7	11	0	80	0.88
222076743--222076965	40	5.6	39	86	6	272	22	22	28	25	1.99
222076742--222076965	79	2.8	79	85	6	285	23	22	28	25	1.99
222076739--222076988	40	6.3	40	85	7	255	24	22	28	25	2.00
222076783--222076988	79	2.6	79	81	7	251	23	22	28	25	1.99
222084844--222085090	40	6.2	40	80	12	253	23	23	28	25	2.00
222084844--222085067	119	1.9	120	86	2	326	22	23	28	25	1.99
222084884--222085090	79	2.6	79	86	3	283	23	23	28	25	2.00
222086688--222086867	40	4.6	40	90	3	269	26	23	27	21	1.99
222094618--222094837	40	5.6	40	91	2	331	26	24	27	21	1.99
222103119--222103230	39	2.8	39	94	1	188	23	19	32	25	1.98
222110678--222110808	6	21.3	6	70	16	90	48	13	19	19	1.81
222110687--222110786	37	2.7	37	90	0	146	48	13	20	19	1.81
222110699--222110808	31	3.4	31	77	14	112	47	13	20	19	1.82
222110690--222110808	37	3.4	36	75	13	113	47	13	19	19	1.81
222110926--222110979	27	2.0	27	85	0	72	33	20	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222111908--222112290	27	14.2	27	86	1	489	40	7	21	30	1.80
222112312--222112436	27	4.7	27	77	8	76	30	7	21	40	1.80
222112282--222112436	54	2.9	54	76	4	143	30	9	20	40	1.83
222113551--222113611	30	2.0	30	100	0	122	26	37	3	32	1.73
222117457--222117644	39	4.8	39	88	0	223	23	30	21	23	1.99
222117493--222117645	39	3.9	39	92	0	243	23	31	20	24	1.98
222117462--222117644	78	2.3	79	88	1	260	22	30	22	24	1.99
222135906--222136056	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
222135943--222136072	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
222143918--222144068	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
222143955--222144084	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
222148807--222148994	64	2.9	64	87	7	218	32	13	28	24	1.94
222148841--222148994	64	2.3	67	93	4	260	31	13	30	24	1.93
222148874--222149068	66	2.9	67	81	11	188	33	15	29	21	1.94
222151573--222151770	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
222151639--222151756	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
222151607--222151770	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
222159134--222159331	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
222159200--222159317	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
222159168--222159331	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
222160860--222160926	28	2.4	28	90	5	100	26	11	26	34	1.91
222162445--222162547	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222170359--222170431	29	2.5	29	82	4	85	28	31	17	21	1.97
222174330--222174447	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
222174298--222174461	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
222181859--222181976	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
222181827--222181990	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
222187343--222187587	49	5.0	49	81	4	276	28	26	18	25	1.98
222187345--222187580	99	2.4	99	86	2	323	29	26	18	25	1.98
222190640--222190857	43	5.5	36	87	10	126	24	28	22	24	1.99
222190640--222190861	81	2.8	81	88	10	300	24	27	21	25	1.99
222190696--222190861	43	4.0	42	96	3	302	26	27	21	25	1.99
222204295--222204424	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
222204311--222204461	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
222204295--222204461	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
222207363--222207388	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
222215722--222215786	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
222227514--222227720	40	5.2	40	82	1	200	26	22	26	25	2.00
222227515--222227720	79	2.6	80	81	6	229	25	22	26	25	2.00
222230000--222230237	38	6.3	38	95	0	404	20	22	26	30	1.98
222231756--222231885	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
222231756--222231919	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
222239799--222239964	40	4.2	40	78	6	160	22	27	23	25	2.00
222241740--222241771	10	3.1	11	91	8	50	9	0	53	37	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222246723--222246840	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
222246691--222246854	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
222250505--222250660	28	5.5	28	86	8	192	25	24	14	35	1.93
222250506--222250660	55	2.8	56	83	8	199	25	23	14	36	1.93
222258310--222258439	29	4.5	29	94	4	219	23	23	14	37	1.92
222258310--222258439	59	2.3	56	93	4	215	23	23	14	37	1.92
222266147--222266278	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
222266147--222266278	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
222278788--222279012	40	5.7	41	88	5	279	25	25	21	27	1.99
222282407--222282829	206	2.0	212	91	5	687	36	9	28	25	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770