genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  164  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48452976--48453018	21	2.0	21	100	0	86	27	0	34	37	1.57
48452976--48453034	25	2.3	26	77	11	61	28	0	32	38	1.57
48454373--48454426	26	2.0	28	86	10	78	51	0	5	42	1.25
48456299--48456323	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
48470063--48470294	49	4.7	50	83	3	290	25	18	27	29	1.98
48470066--48470307	100	2.4	98	86	2	324	25	18	26	29	1.98
48470066--48470325	101	2.6	101	82	5	305	24	18	27	29	1.98
48473037--48473086	22	2.3	22	96	0	91	22	20	34	24	1.97
48473486--48473522	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
48476780--48476946	46	3.7	45	83	3	185	25	20	29	23	1.99
48479695--48479731	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
48483500--48483627	53	2.4	52	82	13	154	33	3	2	60	1.25
48483572--48483627	16	3.5	16	81	13	55	30	1	1	66	1.12
48491144--48491171	13	2.2	13	100	0	56	53	17	7	21	1.67
48496674--48497036	44	8.3	44	87	0	505	29	15	26	28	1.96
48496975--48497106	70	1.9	70	91	0	219	27	18	27	27	1.98
48496928--48497150	114	2.0	113	91	0	365	28	15	27	27	1.96
48497041--48497310	44	6.1	44	91	0	387	30	14	27	27	1.95
48496884--48497188	158	1.9	157	87	0	439	29	15	27	27	1.96
48498798--48498862	21	3.0	21	73	10	53	43	0	1	55	1.09
48498874--48498969	16	5.4	18	72	24	71	31	2	2	64	1.16
48498873--48498961	25	3.5	25	73	19	76	32	2	2	62	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48498795--48498969	16	11.2	16	63	22	61	36	1	2	60	1.20
48498795--48498966	73	2.2	79	77	14	180	36	1	2	59	1.20
48498898--48498985	41	2.1	42	81	6	99	31	4	1	62	1.23
48502664--48502710	23	2.0	25	84	15	66	10	34	6	48	1.63
48504952--48505159	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
48504952--48505157	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
48512933--48513140	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
48512933--48513138	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
48516962--48517028	10	6.6	10	80	11	66	35	7	19	37	1.80
48516968--48517028	21	2.9	20	80	4	68	36	8	19	36	1.82
48516970--48517025	16	3.6	15	71	17	51	35	7	21	35	1.81
48517078--48517148	25	2.9	24	78	14	65	25	22	23	28	2.00
48524796--48524847	11	4.9	11	81	6	63	36	9	21	32	1.86
48524796--48524856	21	2.9	20	85	4	77	36	9	19	34	1.85
48524798--48524856	5	11.4	5	75	7	55	35	8	20	35	1.83
48524790--48524856	10	6.6	10	81	11	75	35	8	19	35	1.83
48526314--48526733	208	2.0	209	96	0	779	39	15	13	31	1.86
48529981--48530059	39	2.0	39	100	0	158	46	20	15	17	1.83
48537546--48537691	43	3.5	42	75	9	145	30	27	16	26	1.97
48540714--48540847	52	2.6	50	89	2	196	25	13	26	34	1.93
48540714--48540889	50	3.5	50	86	2	208	25	15	26	32	1.96
48542555--48542651	29	3.3	29	89	0	158	24	13	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48561081--48561256	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
48561078--48561249	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
48568620--48568794	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
48576102--48576130	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
48582572--48582680	54	2.0	54	94	0	191	32	17	19	31	1.95
48583320--48583365	22	2.1	22	87	0	65	30	32	13	23	1.93
48587767--48587950	40	4.6	40	77	5	201	25	25	23	25	2.00
48590616--48590654	17	2.3	17	90	0	60	61	12	5	20	1.50
48598457--48598641	68	2.8	63	79	11	178	30	16	28	24	1.97
48602520--48602733	40	5.4	40	92	0	322	24	22	26	26	2.00
48605545--48605590	23	2.0	23	100	0	92	13	21	21	43	1.86
48609366--48609390	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
48610781--48610994	40	5.4	40	92	0	322	24	22	26	26	2.00
48613804--48613849	23	2.0	23	100	0	92	13	21	21	43	1.86
48619019--48619195	40	4.5	40	87	1	241	24	22	28	24	1.99
48620006--48620057	22	2.4	22	100	0	104	50	9	17	23	1.75
48620854--48620893	13	3.1	13	96	0	71	20	37	27	15	1.92
48622113--48622165	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
48623650--48623757	26	4.2	26	91	0	180	36	24	6	33	1.81
48625697--48625732	14	2.6	14	100	0	72	22	13	27	36	1.92
48628520--48628585	33	2.0	33	100	0	132	33	30	0	36	1.58
48633450--48633672	43	5.2	43	88	2	322	30	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48635995--48636042	21	2.2	21	85	7	60	41	4	10	43	1.58
48637757--48637924	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
48645743--48645910	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
48653829--48653888	32	1.9	31	83	6	77	26	35	23	15	1.94
48658577--48658663	24	3.6	24	90	4	131	36	25	16	21	1.94
48658555--48658666	24	4.7	24	85	6	122	34	23	16	25	1.95
48664423--48664509	24	3.6	24	90	4	131	36	25	16	21	1.94
48664401--48664512	24	4.7	24	85	6	122	34	23	16	25	1.95
48674851--48674879	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
48676843--48677058	40	5.5	40	90	4	316	25	27	23	24	2.00
48676843--48677058	79	2.7	79	90	5	314	25	27	23	24	2.00
48684806--48684984	40	4.5	40	88	3	238	27	28	20	23	1.99
48684771--48684986	80	2.7	79	85	4	260	26	28	21	23	1.99
48687140--48687380	45	5.6	45	72	14	195	25	15	28	31	1.96
48687138--48687347	86	2.4	86	88	4	300	24	15	27	32	1.95
48689299--48689364	32	2.1	32	100	0	132	31	9	27	31	1.88
48700288--48700319	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
48708663--48708745	41	2.0	41	97	0	157	44	24	13	18	1.85
48728546--48728607	25	2.5	25	76	2	81	38	8	8	45	1.63
48728600--48728686	29	3.0	29	94	0	156	24	20	13	41	1.89
48736178--48736308	29	4.5	29	97	0	235	23	22	14	38	1.91
48743113--48743228	61	1.9	61	82	3	144	25	31	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48753076--48753151	40	1.9	40	86	5	109	31	22	17	28	1.96
48755100--48755331	49	4.7	49	79	3	239	30	28	16	25	1.97
48755558--48755611	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
48766427--48766558	29	4.6	29	83	1	158	26	31	16	25	1.96
48773831--48773962	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
48783451--48783633	78	2.3	80	82	9	216	24	24	27	24	2.00
48783452--48783641	39	4.8	40	77	11	151	24	24	27	23	2.00
48791422--48791603	40	4.7	40	79	8	180	24	22	27	25	2.00
48791422--48791603	79	2.3	78	83	8	210	24	22	27	25	2.00
48791423--48791610	39	4.8	40	79	9	149	25	22	28	24	1.99
48792939--48792968	5	6.0	5	100	0	60	0	20	0	80	0.72
48795241--48795375	43	3.1	41	86	6	164	25	27	18	28	1.98
48795358--48795464	56	1.9	54	86	3	151	37	26	10	26	1.88
48795442--48795502	31	1.9	32	90	3	97	29	27	14	27	1.95
48796068--48796098	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
48796568--48796594	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
48802761--48802838	29	2.6	30	86	8	97	21	25	21	30	1.98
48802862--48802953	42	2.2	42	86	3	123	34	21	14	29	1.93
48803097--48803338	26	9.5	26	85	3	330	28	22	21	27	1.99
48803097--48803338	51	4.7	52	91	2	366	28	22	21	27	1.99
48803097--48803338	77	3.2	77	89	2	362	28	22	21	27	1.99
48803388--48803474	20	4.3	20	89	2	131	29	18	11	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48804182--48804245	27	2.4	27	84	5	85	23	25	15	35	1.94
48804276--48804428	27	5.7	27	78	3	132	28	8	22	40	1.83
48804279--48804428	54	2.8	52	82	7	156	27	8	23	41	1.82
48804315--48804428	54	2.1	54	86	3	158	27	7	22	42	1.81
48804460--48804551	27	3.4	26	87	3	112	39	9	23	27	1.86
48806901--48806992	42	2.2	42	88	0	130	33	20	15	30	1.93
48807138--48807276	51	2.7	51	90	5	219	30	21	23	24	1.99
48807125--48807285	26	6.3	26	85	4	206	28	21	21	27	1.99
48807335--48807401	20	3.3	20	93	4	109	31	19	10	38	1.85
48807352--48807414	9	6.3	10	71	17	51	31	19	11	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770